24小时热门版块排行榜    

查看: 6585  |  回复: 18
本帖产生 1 个 CMEI ,点击这里进行查看
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

p452_1

至尊木虫 (知名作家)

[交流] 交流:晶体结构精修完了,生成完整的晶体结构报表指南已有16人参与

有些同学和同事,晶体结构解析完成了,却受困惑于怎样生成完整的晶体结构报表。完整的结构参数表格是主要根据cif文件生成的,所以要想有完整的晶体结构报表,之前必须要首先产生尽量完整的cif文件。要想通过xcif产生完整的结构参数表格,需要做好以下几步:

1、最好在单晶收衍射数据设置时候,就把晶体的形状、颜色、大小尺寸和测试温度输入进去,这样产生的p4p文件里会自动记录下这些有用的信息,在解析晶体结构时候,生成的pcf文件里就会存有这些信息。另外,这些信息的录入对正确地吸收校正原始衍射数据有好处。

2、首先需要在ins文件中加入几行关于结构参数的指令如下:
acta (生成cif文件)
bond $H(所有键长键角,包括H的)
conf(关于扭转角的)
htab (关于氢键的)
SIZE (晶体的大小尺寸)
TEMP (测试温度)
等等,如果需要更多的结构参数列表,还需要加入相关的命令,保存。

3、使用这个ins文件进行精修,注意精修的最大偏差归零,产生新的cif文件。

4、编辑pcf文件。首先检查对称性和空间群是否正确,然后检查晶体的形状、颜色和大小尺寸,还有测试温度,以及试验的密度,如果不对或者为零的,需要填写。一般试验的密度那一行填写‘?’表示你没有测试密度,吸收校正那一行,可以填写‘multi-scan’,你可以根据自己做的吸收校正类型进行填写。

5、pcf文件主要用来在Xcif中改写cif文件,补充cif文件中必须要填写的信息。这个操作是Xcif中的 'C' 选项,需要先做,基本上follow电脑上出现的选项即可。

6、下面作结构参数表格,是Xcif中的 'T' 选项,需要使用cif文件和数据文件(与cif文件名字相同)。

7、需要根据要求,首先给出结构表格的名称。注意扩展名可以选择rtf或者tex,然后一步,对应于rtf文件,需要选择rta格式;如果是tex格式,就要选择ang或者def格式。然后根据自己的需要,在各种结构表格选项后选择Yes或者No,生成结构参数表格,最后选择退出Xcif即可。

8、结构参数表格的rtf文件容易出错,比如氢键列表,如果在ins文件中,虽然给出了htab命令,但是没有给出具体的每个氢键根据对称操作的列表,那么在cif文件中就不会有对应的具体氢键列出来。这样在结构表格选项的最后一项是氢键列表,选择No可以,如果选择Yes就会出错,导致生成的结构参数表格打不开,所以一定要避免。

以上列出的几点操作和注意事项属于个人经验,欢迎专家和爱好者多来交流,批评指正。


[ Last edited by p452_1 on 2012-2-27 at 02:30 ]
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

光催化专辑 初学晶体 单晶解析 科研工具
GSAS结构精修 晶体解析相关 初学晶体--单晶&共晶 晶体解析
晶体解析的方法和疑问 好帖子 加油站 我的
晶体方面 写作 结构解析 好帖收录

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

老歪博
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

p452_1

至尊木虫 (知名作家)

这些知识应该是在科研工作者中普及的知识,我以前也曾经受困于此,以上为自己的经验,与各位分享。
老歪博
9楼2012-02-27 16:15:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

p452_1

至尊木虫 (知名作家)

引用回帖:
16楼: Originally posted by fuck332 at 2014-11-05 20:01:05
你好,我是刚上手晶体解析的。我现在解出来一个数据,然后放到checkcif网站上,拿到了pdf报告,那个报告上面给出的晶体的球棍模型图,把我的分子的苯环弄的位置不太好,我想在生成的报告上显示出自己想要的分子球棍 ...

报告上面给出的晶体的球棍模型图,一般我看都不看,因为不重要。
你若想显示出自己想要的分子球棍模型的展现位置,最好自己画。
可以使用Diamond软件作图。
老歪博
17楼2014-11-06 02:03:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 p452_1 的主题更新
普通表情 高级回复(可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[教师之家] 有两个省级人才帽子跳槽找工作,难度怎么样 +5 akslis2024 2024-12-23 5/250 2024-12-23 20:21 by 9lxytv@m
[论文投稿] International Journal of Biological Macromolecules 10+4 123smiles 2024-12-22 5/250 2024-12-23 20:09 by TopEdit
[基金申请] 大论文改改变成项目申请书 +6 wusiqi2020 2024-12-21 6/300 2024-12-23 17:28 by 星雨寒Mos
[硕博家园] 有未就业的博士吗? +11 大发财树 2024-12-22 12/600 2024-12-23 17:21 by Zoeyhsyk
[论文投稿] MDPI投稿连续拒稿是什么原因?文章质量不好吗?还是其他原因? 2+9 多听多看多学 2024-12-17 19/950 2024-12-23 17:12 by maolC
[职场人生] 国企、民企行业不同,如何决择? +10 haihe623 2024-12-19 12/600 2024-12-23 16:02 by syl200707
[教师之家] 如果评职称不需要国家自然基金,还会有人去申请吗? +3 akslis2024 2024-12-19 3/150 2024-12-23 16:00 by syl200707
[职场人生] 网络游戏有意义吗 +4 神明.斯派克. 2024-12-16 4/200 2024-12-23 15:15 by 开心就好56
[微米和纳米] 【怎么确定一种物质呀】xrd测不出峰的材料 50+3 小裴想上学 2024-12-21 5/250 2024-12-23 14:23 by lyxy0217
[教师之家] 在学校是提拔成处长难度大还是教授难度大 +10 akslis2024 2024-12-17 13/650 2024-12-23 11:05 by 会飞的猪157
[找工作] 水电解制氢方向求职 +6 kyle1999 2024-12-19 13/650 2024-12-23 10:02 by kyle1999
[论文投稿] 投稿意见求助,没弄清回答的方向 8+4 moonlig 2024-12-18 4/200 2024-12-22 08:51 by steven_198377
[硕博家园] 博一 +10 幽皮皮皮 2024-12-17 16/800 2024-12-22 07:37 by Ermito
[教师之家] 你们都降薪了吗? +10 红枣葡萄干 2024-12-18 10/500 2024-12-20 17:32 by 开心就好56
[考博] 有偿聘请兼职硕士 +10 大发财树 2024-12-19 10/500 2024-12-20 17:30 by mopsite
[论文投稿] 投稿投错期刊,怎么撤稿? 200+4 birrd 2024-12-17 8/400 2024-12-20 14:53 by yiran909
[教师之家] 某老师在组会上总是针对我带的学生怎么办? +15 lice_1987 2024-12-17 23/1150 2024-12-20 04:50 by 胖胖的大海
[论文投稿] 求推荐5分二区以上肿瘤接受生信结合实验的期刊。。。 +3 lice_1987 2024-12-17 6/300 2024-12-19 17:01 by Andy_124
[教师之家] 删了哦 (EPI+-1)(金币-50) +5 原因在哪里 2024-12-18 6/300 2024-12-19 12:25 by keikofans
[考博] 有未就业的博士吗 +4 大发财树 2024-12-17 4/200 2024-12-18 14:13 by 她在学习
信息提示
请填处理意见