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p452_1

至尊木虫 (知名作家)

[交流] 交流:晶体结构精修完了,生成完整的晶体结构报表指南已有16人参与

有些同学和同事,晶体结构解析完成了,却受困惑于怎样生成完整的晶体结构报表。完整的结构参数表格是主要根据cif文件生成的,所以要想有完整的晶体结构报表,之前必须要首先产生尽量完整的cif文件。要想通过xcif产生完整的结构参数表格,需要做好以下几步:

1、最好在单晶收衍射数据设置时候,就把晶体的形状、颜色、大小尺寸和测试温度输入进去,这样产生的p4p文件里会自动记录下这些有用的信息,在解析晶体结构时候,生成的pcf文件里就会存有这些信息。另外,这些信息的录入对正确地吸收校正原始衍射数据有好处。

2、首先需要在ins文件中加入几行关于结构参数的指令如下:
acta (生成cif文件)
bond $H(所有键长键角,包括H的)
conf(关于扭转角的)
htab (关于氢键的)
SIZE (晶体的大小尺寸)
TEMP (测试温度)
等等,如果需要更多的结构参数列表,还需要加入相关的命令,保存。

3、使用这个ins文件进行精修,注意精修的最大偏差归零,产生新的cif文件。

4、编辑pcf文件。首先检查对称性和空间群是否正确,然后检查晶体的形状、颜色和大小尺寸,还有测试温度,以及试验的密度,如果不对或者为零的,需要填写。一般试验的密度那一行填写‘?’表示你没有测试密度,吸收校正那一行,可以填写‘multi-scan’,你可以根据自己做的吸收校正类型进行填写。

5、pcf文件主要用来在Xcif中改写cif文件,补充cif文件中必须要填写的信息。这个操作是Xcif中的 'C' 选项,需要先做,基本上follow电脑上出现的选项即可。

6、下面作结构参数表格,是Xcif中的 'T' 选项,需要使用cif文件和数据文件(与cif文件名字相同)。

7、需要根据要求,首先给出结构表格的名称。注意扩展名可以选择rtf或者tex,然后一步,对应于rtf文件,需要选择rta格式;如果是tex格式,就要选择ang或者def格式。然后根据自己的需要,在各种结构表格选项后选择Yes或者No,生成结构参数表格,最后选择退出Xcif即可。

8、结构参数表格的rtf文件容易出错,比如氢键列表,如果在ins文件中,虽然给出了htab命令,但是没有给出具体的每个氢键根据对称操作的列表,那么在cif文件中就不会有对应的具体氢键列出来。这样在结构表格选项的最后一项是氢键列表,选择No可以,如果选择Yes就会出错,导致生成的结构参数表格打不开,所以一定要避免。

以上列出的几点操作和注意事项属于个人经验,欢迎专家和爱好者多来交流,批评指正。


[ Last edited by p452_1 on 2012-2-27 at 02:30 ]
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老歪博
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p452_1

至尊木虫 (知名作家)

这些知识应该是在科研工作者中普及的知识,我以前也曾经受困于此,以上为自己的经验,与各位分享。
老歪博
9楼2012-02-27 16:15:27
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p452_1

至尊木虫 (知名作家)

引用回帖:
16楼: Originally posted by fuck332 at 2014-11-05 20:01:05
你好,我是刚上手晶体解析的。我现在解出来一个数据,然后放到checkcif网站上,拿到了pdf报告,那个报告上面给出的晶体的球棍模型图,把我的分子的苯环弄的位置不太好,我想在生成的报告上显示出自己想要的分子球棍 ...

报告上面给出的晶体的球棍模型图,一般我看都不看,因为不重要。
你若想显示出自己想要的分子球棍模型的展现位置,最好自己画。
可以使用Diamond软件作图。
老歪博
17楼2014-11-06 02:03:25
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