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p452_1至尊木虫 (知名作家)
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交流：晶体结构精修完了，生成完整的晶体结构报表指南 已有16人参与
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有些同学和同事，晶体结构解析完成了，却受困惑于怎样生成完整的晶体结构报表。完整的结构参数表格是主要根据cif文件生成的，所以要想有完整的晶体结构报表，之前必须要首先产生尽量完整的cif文件。要想通过xcif产生完整的结构参数表格，需要做好以下几步： 1、最好在单晶收衍射数据设置时候，就把晶体的形状、颜色、大小尺寸和测试温度输入进去，这样产生的p4p文件里会自动记录下这些有用的信息，在解析晶体结构时候，生成的pcf文件里就会存有这些信息。另外，这些信息的录入对正确地吸收校正原始衍射数据有好处。 2、首先需要在ins文件中加入几行关于结构参数的指令如下： acta (生成cif文件) bond $H（所有键长键角，包括H的） conf（关于扭转角的） htab (关于氢键的) SIZE (晶体的大小尺寸) TEMP (测试温度) 等等，如果需要更多的结构参数列表，还需要加入相关的命令，保存。 3、使用这个ins文件进行精修，注意精修的最大偏差归零，产生新的cif文件。 4、编辑pcf文件。首先检查对称性和空间群是否正确，然后检查晶体的形状、颜色和大小尺寸，还有测试温度，以及试验的密度，如果不对或者为零的，需要填写。一般试验的密度那一行填写‘？’表示你没有测试密度，吸收校正那一行，可以填写‘multi-scan’，你可以根据自己做的吸收校正类型进行填写。 5、pcf文件主要用来在Xcif中改写cif文件，补充cif文件中必须要填写的信息。这个操作是Xcif中的 'C' 选项，需要先做，基本上follow电脑上出现的选项即可。 6、下面作结构参数表格，是Xcif中的 'T' 选项，需要使用cif文件和数据文件（与cif文件名字相同）。 7、需要根据要求，首先给出结构表格的名称。注意扩展名可以选择rtf或者tex，然后一步，对应于rtf文件，需要选择rta格式；如果是tex格式，就要选择ang或者def格式。然后根据自己的需要，在各种结构表格选项后选择Yes或者No，生成结构参数表格，最后选择退出Xcif即可。 8、结构参数表格的rtf文件容易出错，比如氢键列表，如果在ins文件中，虽然给出了htab命令，但是没有给出具体的每个氢键根据对称操作的列表，那么在cif文件中就不会有对应的具体氢键列出来。这样在结构表格选项的最后一项是氢键列表，选择No可以，如果选择Yes就会出错，导致生成的结构参数表格打不开，所以一定要避免。 以上列出的几点操作和注意事项属于个人经验，欢迎专家和爱好者多来交流，批评指正。 [ Last edited by p452_1 on 2012-2-27 at 02:30 ] |
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14楼2014-07-23 12:03:32
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