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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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zhengting000

新虫 (初入文坛)

[求助] NAMD中特殊bond定义问题

我现在有一个疑问:
现在我要定义这样一种作用形式:体系中有A-B-C排序的原子,A-B B-C 之间只有bond作用,忽略A和B之间以及B和C之间的相互作用而单纯靠定义bond作用来约束距离,A-C之间的相互作用要忽略

在同一个体系中 我定义D-E-F,同样D-E之间 E-F之间的相互作用力忽略且单纯靠定义的bond作用来约束,但是,此时我要求A-C之间的相互作用不能忽略

NAMD能不能实现这种要求?该怎么定义实现呢?

谢谢
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chenjung0825

木虫 (小有名气)

exclude   1-3
2楼2012-02-18 18:29:30
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chenjung0825

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
zhengting000(金币+5): ★★★很有帮助 谢谢 2012-02-20 09:29:04
请见namd2.8手册第47页。
3楼2012-02-18 18:32:19
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