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格格Caroline

新虫 (初入文坛)

[求助] 蛋白质很纯,但不长晶体

小妹刚刚学习蛋白质结晶,有很多不会的地方。
我做的蛋白350个aa,很纯了,点晶体就是不长,不是直接沉淀了就是透明的,预测了没有什么信号肽之类的,求助啊!!!!!!!就是不长~!!!!我应该在哪些方面在进行改进呢!!!谢谢谢谢!
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蛋白质实验技术 【分子生物】EPI帖

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BioChemCom

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
西瓜(金币+5, MolEPI+1): 辛苦~ 2012-02-15 22:22:07
格格Caroline(金币+3): ★★★★★最佳答案 2012-02-16 10:45:29
1. 如果是个“乙烯形成酶”(乙烯合成酶?),那么这个信息挺好的。你可以用Pfam,SMART或者Uniprot确定这个酶的domain区,一般来说,C端或者N端还是会有一些无规则序列。可以适当的截断,多尝试几种构建。

2. 在PDB里面,找找同源的晶体结构,其实Uniprot里面会提供。很多时候,SMART也会给出来,这里也可以获得很多结构信息或者序列信息。

3. 二级结构的预测,一般来说,PSIPRED比较权威。比较好使。

4. 不管有没有二硫键,只要有Cys的话,就要在纯化的过程中,加入一些DTT,巯基乙醇或者TECP。

5. 如果是金属辅酶的话,要看情况,在表达过程(可以和IPTG同时加)中或者裂解细胞过程中加入相应的盐溶液。

6. 最关键的地方是:看文献,看看以前的研究给出那些信息。

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6楼2012-02-15 20:44:13
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wgl365

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
格格Caroline: 回帖置顶 2012-02-15 20:30:22
格格Caroline: 取消置顶 2012-02-15 20:30:43
你点晶体要用那个筛选试剂盒呀!有很多条件的呀!都不长吗?
思想是行动的种子!
2楼2012-02-15 17:12:29
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BioChemCom

银虫 (小有名气)

格格Caroline: 回帖置顶 2012-02-15 20:26:04
西瓜(金币+3): Good! 2012-02-15 22:21:27
这个方面的问题,其实挺复杂的,你给出的哦信息也不够明确。我觉得有几件事情需要考虑。
1. 你的蛋白构建是不是够好,两端的无规则序列是否删除了?
2. 就算两端都删除了,还是要做一系列的截断构建,用于探索可能的稳定表达的结构域。这些可以通过已有的晶体结构、生物信息学相关的分析软件来获得信息。
3. 纯化过程,也有一些问题要考虑,温度、Ni-NTA,分子筛和离子柱。

希望有更详细的信息。
3楼2012-02-15 17:16:51
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nach

铜虫 (著名写手)

不让吃就去死

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
ph 和沉淀剂浓度 是最先考虑的
不让吃就去死
4楼2012-02-15 20:02:05
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