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请教，晶体精修时 如何把不全的配体再cif结果文件中显示出来？
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审稿人提出来的意见如下，要求把配体从cif中能直接显示完全，而不是通过连接方法长全的。还请高手指点！谢谢！ Routine geometry checks show that the coordinates presented in the CIF for one of the ligands do not form a fully connected ligand set. Atoms will need to be moved togenerate a fully connected ligand |
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p452_1
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lichun1210(金币+5): 鼓励回帖交流~，希望能帮助楼主~ 2012-02-15 08:14:11
侯丽丽2010(金币+20): ★★★很有帮助 我试试删掉再长的方法，很有效呀。谢谢 2012-02-16 11:49:58
lichun1210(金币+5): 鼓励回帖交流~，希望能帮助楼主~ 2012-02-15 08:14:11
侯丽丽2010(金币+20): ★★★很有帮助 我试试删掉再长的方法，很有效呀。谢谢 2012-02-16 11:49:58
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Routine geometry checks show that the coordinates presented in the CIF for one of the ligands do not form a fully connected ligand set. Atoms will need to be moved togenerate a fully connected ligand 好像是说你的配体有一个形成的不够完整。你必须把配体长完整了，比如羧基上的氧可能在跟金属离子配位的位置上，为了配体的完整，你必须要把它们移到羧基的C上。一般方法有2种： 1、通过对称操作指令来搬迁这些原子，但是这种方法有时会产生比较复杂的对称操作，使得checkcif那里过不了关，产生A类问题。 2、另外一种方法就是把这些需要搬迁的原子删掉，重新精修，从长出的q峰再定出那些原子。一般那些删掉的O原子就会重新生长在配体上，这样你就会得到完整的配体了。 我不很清楚你的问题是否这样，但愿对你有所帮助。 |
2楼2012-02-15 03:08:53
3楼2012-02-15 15:30:35
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