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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主

[求助] Guassian和VASP计算过渡态的原理和算法上差别在哪里?

VASP是在周期性模型中,用string, elastic band等模型来描述反应路径的。实际上是分析势能面上的能量走势。

Gaussian怎么算过渡态呢?是不是一样的原理?有什么差别?
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zhou2009(金币+3): 2012-01-10 16:48:35
Gaussian是在零维模型中,用TS(实际上是berny算法,RFO/P-RFO法或牛顿法),QSTn(n=2,3,QST2是二次同步转变方法;而QST3是由用户自己为QST2提供TS的初猜)等模型来描述反应路径的。而不管是过渡态的计算还是IRC的计算,实际上仍旧是分析势能面上的能量走势。
2楼2012-01-10 16:33:32
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

★ ★
zhou2009(金币+2): 2012-01-10 16:49:04
其实从根子来说,VASP和Gaussian没区别,都是薛定谔的直系后裔,咱们才是一家人。
对咱们来说,做力场的那些人才是异端,统统绑上火刑柱,点火烧了
3楼2012-01-10 16:37:28
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

【答案】应助回帖

cenwanglai(金币+5): ★★★很有帮助 谢谢 2012-01-10 16:50:59
干脆把量化版和第一版合并吧,称为“正教版”
把分子模拟板改名为“邪教版”或者“异端版”
4楼2012-01-10 16:46:54
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coolrainbow

木虫 (著名写手)

未来国家冻凉

引用回帖:
4楼: Originally posted by yjcmwgk at 2012-01-10 16:46:54:
干脆把量化版和第一版合并吧,称为“正教版”
把分子模拟板改名为“邪教版”或者“异端版”

应该把计算的所有版合并改名为星相占卜版
技术博客:http://hi.baidu.com/coolrainbow/blog
5楼2012-01-10 17:12:29
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫


【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
cenwanglai(金币+5): ★★★★★最佳答案 非常感谢sobereva MM 2012-01-11 09:24:05
VASP和Gaussian所用到的搜索过渡态、确定IRC的方法在这里详细讨论过
http://hi.baidu.com/sobereva/blo ... Stamp=1326195337907
http://hi.baidu.com/sobereva/blo ... ee62da572c841f.html

string、NEB这类方法,获得的是势能面上两个极小点之间的最小能量路径,以化学的角度来说,就是一次性将IRC和过渡态同时确定了。原理可以简单描述为将一串珠子的两端分别固定在势能面上反应物和产物的位置上,然后让这串珠子自行弛豫,最后这串珠子就描述出了最小能量路径(或称IRC),而这个路径也经过了过渡态位置。
实际上在Gaussian中path=N的方法也可以达到同样的目的,但是原理还是很不同的。

在Gaussian中用的方法都是人为指定(opt=ts)或者以自动方式(QST2,QST3)给出初猜位置,然后通过不同的迭代方法(berny、GEDIIS等)从这个初猜位置逐渐收敛到过渡态位置。若再想获得IRC则从过渡态位置开始顺着虚频矢量方向以不同方法做迭代。

无论是VASP还是Gaussian用的方法,研究的都是势能面结构,只不过算法的思路有本质不同。原理上讲,VASP的那些方法可以用在Gaussian上,Gaussian的方法也能用在VASP里。
6楼2012-01-10 19:50:17
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

引用回帖:
5楼: Originally posted by coolrainbow at 2012-01-10 17:12:29:
应该把计算的所有版合并改名为星相占卜版

嗯。量化版各个子板可以分别改名
Gaussian子板:罗盘版
NBO/AIM版:塔罗版
Molpro/Molcas版:笔仙版
ADF版:招魂版
等等
7楼2012-01-10 19:51:34
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Jasminer

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by yjcmwgk at 2012-01-10 16:46:54:
干脆把量化版和第一版合并吧,称为“正教版”
把分子模拟板改名为“邪教版”或者“异端版”

BOMD/CPMD之类的咋办?算卧底么?
8楼2012-01-12 14:49:21
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

引用回帖:
8楼: Originally posted by Jasminer at 2012-01-12 14:49:21
BOMD/CPMD之类的咋办?算卧底么?
...

额……它们就像西红柿,说不清楚到底是水果还是蔬菜啦
水果军团和蔬菜军团打架呢,眼看蔬菜军团大势已去就要输了。这时候西红柿从蔬菜军团跑向水果军团,边跑边喊“我是卧底!我是卧底”
9楼2012-07-08 18:47:28
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beefly

专家顾问 (职业作家)

地沟油冶炼专家

引用回帖:
7楼: Originally posted by yjcmwgk at 2012-01-10 19:51:34
嗯。量化版各个子板可以分别改名
Gaussian子板:罗盘版
NBO/AIM版:塔罗版
Molpro/Molcas版:笔仙版
ADF版:招魂版
等等
...

这个建议很好。

今天Molpro托梦给我,说是程序要改名叫MPic。看到此帖,才知道原来是成仙了。
beefly《西太平洋大学现代英汉词典》[bi:fli]牛肉一般地
10楼2012-07-08 21:24:00
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