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小白如水

铁杆木虫 (小有名气)

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[求助] Amber tools 中的antechamber 必须要在安装了amber11的前体下才能使用么?

我想得到乙烯在amber力场下的键和参数，看到有人说antechamber可以得到这些参数，自己下了antechamber发现不能用，原来antechamber是ambertools的一部分，要有ambertool才可以，我又去下了ambertools，安装好发现还是不能用，照着说明说第一步的reduce sustiva.pdb > sustiva_h.pdb 和antechamber antechamber -i sustiva_new.pdb -fi pdb -o sustiva.mol2 -fo mol2 -c bcc -s 2 都找不到指令。难道必须有amber11才行么？amber11是收费的啊。。好郁闷

求大家帮忙。
或者谁帮我用antechamber算一下乙烯的amber力场参数，我有量化算好的乙烯的pdb文件。
不胜感激！

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1楼 2012-01-06 17:55:04

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小白如水

铁杆木虫 (小有名气)

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已经放弃这个方法了，我就是想获得乙烯在amber力场下的参数。查到了再opls中的参数，可是又不会换算到amber下的好郁闷。查了相关文献，有的把甲烷opls下的参数用到amber力场中，可是我前后对比发现怎么数值不对应呢？比如甲烷中的碳opls下L-J参数是0.35nm和0.276kj/mol，文献中引入到amber下，怎么就变成0.3207和0.251了呢？