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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 结构优化过程中的一个小问题
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泽润东方

金虫 (正式写手)

[求助] 结构优化过程中的一个小问题

计算模型：有机分子/金属基底。
目的：优化有机分子的结构，优化的过程中，不对金属基底的几何结构做优化。



部分输入文件的信息如下。

******************************************
Gaussian 09:  AM64L-G09RevB.01 12-Aug-2010
                30-Dec-2011
******************************************
%mem=11100MW
%nprocshared=2
Will use up to    2 processors via shared memory.
%chk=c42.chk
----------------------------------------------------------------------
#p opt RHF/gen guess=save pop=(nbo,full) geom=connectivity 5D 7F scf=(
direct,tight,maxcycle=200)
----------------------------------------------------------------------
**************有机分子的几何坐标**（略去）**********
****************************************************
以下是部分金属基底原子的坐标。
Cu                   -5.17992   5.23672   2.07599
Cu                   -2.58484   5.23672   2.07599
Cu                    0.01024   5.23672   2.07599
Cu                    2.60532   5.23672   2.07599
Cu                    5.20041   5.23672   2.07599
Cu                    3.90287  -6.00031   2.07599
****************************************************
****************************************************
下面定义对金属基底原子固定，做结构优化过程中这些金属原子固定不动。
Cu 20 F
Cu 21 F
Cu 22 F
Cu 23 F
Cu 24 F
Cu 25 F
Cu
LANL2DZ
******
C H N
6-311G**
******
……………………输入文件完毕。……………………
**********************************************
**********************************************
**********************************************

但是计算不能正常进行。输出文件结尾关于错误的提示如下。

General basis read from cards:  (5D, 7F)
Unrecognized atomic symbol F
Error termination via Lnk1e in /opt/gaussian/g09/l301.exe at Fri Dec 30 11:58:40 2011.
**********************************************
**********************************************
**********************************************
请各位高手指教，该如何解决这个问题。
万分感谢。

[ Last edited by 泽润东方 on 2012-1-4 at 16:44 ]
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希望就在不远处，成功就在路尽头。
1楼 2011-12-30 12:07:04
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nyzhaoyin

新虫 (正式写手)
不太清楚  不过你这个明显是输入文件格式有问题  检查检查空行 什么的   有些地方该有 有些不该有
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3楼2012-01-11 11:04:10
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泽润东方

金虫 (正式写手)
请高手不吝赐教啊，谢谢。帖子不要沉。
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希望就在不远处，成功就在路尽头。
2楼2012-01-10 20:42:40
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泽润东方

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by nyzhaoyin at 2012-01-11 11:04:10:
不太清楚  不过你这个明显是输入文件格式有问题  检查检查空行 什么的   有些地方该有 有些不该有

为了方便大家阅读，这里贴出来的文件格式跟我的输入文件不完全一样。
问题的关键是计算的过程中，错误提示如下“Unrecognized atomic symbol F ”。
事实上，这个“F”不是什么原子符号，而是定义这些原子在结构优化的过程中保持位置不变。
不知道各位高手有没有用过这个方法做结构优化。
如果各位有什么建议，希望大家不吝赐教。
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希望就在不远处，成功就在路尽头。
4楼2012-01-11 13:14:05
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nyzhaoyin

新虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 泽润东方 at 2012-01-11 13:14:05:
为了方便大家阅读，这里贴出来的文件格式跟我的输入文件不完全一样。
问题的关键是计算的过程中，错误提示如下“Unrecognized atomic symbol F ”。
事实上，这个“F”不是什么原子符号，而是定义这些原子在结 ...


这个没认出来的F  实际上就是由于格式错误  gaussian把它当成了元素

格式正确（输入文件无错误的话）  肯定不会这么出错
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5楼2012-01-11 13:34:41
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