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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 结构优化过程中的一个小问题
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泽润东方

金虫 (正式写手)

[求助] 结构优化过程中的一个小问题

计算模型：有机分子/金属基底。
目的：优化有机分子的结构，优化的过程中，不对金属基底的几何结构做优化。



部分输入文件的信息如下。

******************************************
Gaussian 09:  AM64L-G09RevB.01 12-Aug-2010
                30-Dec-2011
******************************************
%mem=11100MW
%nprocshared=2
Will use up to    2 processors via shared memory.
%chk=c42.chk
----------------------------------------------------------------------
#p opt RHF/gen guess=save pop=(nbo,full) geom=connectivity 5D 7F scf=(
direct,tight,maxcycle=200)
----------------------------------------------------------------------
**************有机分子的几何坐标**（略去）**********
****************************************************
以下是部分金属基底原子的坐标。
Cu                   -5.17992   5.23672   2.07599
Cu                   -2.58484   5.23672   2.07599
Cu                    0.01024   5.23672   2.07599
Cu                    2.60532   5.23672   2.07599
Cu                    5.20041   5.23672   2.07599
Cu                    3.90287  -6.00031   2.07599
****************************************************
****************************************************
下面定义对金属基底原子固定，做结构优化过程中这些金属原子固定不动。
Cu 20 F
Cu 21 F
Cu 22 F
Cu 23 F
Cu 24 F
Cu 25 F
Cu
LANL2DZ
******
C H N
6-311G**
******
……………………输入文件完毕。……………………
**********************************************
**********************************************
**********************************************

但是计算不能正常进行。输出文件结尾关于错误的提示如下。

General basis read from cards:  (5D, 7F)
Unrecognized atomic symbol F
Error termination via Lnk1e in /opt/gaussian/g09/l301.exe at Fri Dec 30 11:58:40 2011.
**********************************************
**********************************************
**********************************************
请各位高手指教，该如何解决这个问题。
万分感谢。

[ Last edited by 泽润东方 on 2012-1-4 at 16:44 ]
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希望就在不远处，成功就在路尽头。
1楼 2011-12-30 12:07:04
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泽润东方

金虫 (正式写手)
请高手不吝赐教啊，谢谢。帖子不要沉。
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2楼2012-01-10 20:42:40
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nyzhaoyin

新虫 (正式写手)
不太清楚  不过你这个明显是输入文件格式有问题  检查检查空行 什么的   有些地方该有 有些不该有
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3楼2012-01-11 11:04:10
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泽润东方

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by nyzhaoyin at 2012-01-11 11:04:10:
不太清楚  不过你这个明显是输入文件格式有问题  检查检查空行 什么的   有些地方该有 有些不该有

为了方便大家阅读，这里贴出来的文件格式跟我的输入文件不完全一样。
问题的关键是计算的过程中，错误提示如下“Unrecognized atomic symbol F ”。
事实上，这个“F”不是什么原子符号，而是定义这些原子在结构优化的过程中保持位置不变。
不知道各位高手有没有用过这个方法做结构优化。
如果各位有什么建议，希望大家不吝赐教。
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4楼2012-01-11 13:14:05
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nyzhaoyin

新虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 泽润东方 at 2012-01-11 13:14:05:
为了方便大家阅读，这里贴出来的文件格式跟我的输入文件不完全一样。
问题的关键是计算的过程中，错误提示如下“Unrecognized atomic symbol F ”。
事实上，这个“F”不是什么原子符号，而是定义这些原子在结 ...


这个没认出来的F  实际上就是由于格式错误  gaussian把它当成了元素

格式正确（输入文件无错误的话）  肯定不会这么出错
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5楼2012-01-11 13:34:41
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xiaowandouer

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
泽润东方(金币+2): ★有帮助 2012-01-16 11:10:22
其实楼主可以把你输入文件完整给出来。这样方便大家帮你纠错。

另外，我记得固定要原子，似乎要加关键词modredundant,或者addredundant，格式是opt=（modredundant）
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6楼2012-01-16 10:33:58
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泽润东方

金虫 (正式写手)
Co   0.01103   0.06895  13.09560
N    1.92433   0.05957  13.21899
N   -0.00212  -1.84745  13.16228
N   -1.90278   0.07952  13.20453
N    0.02398   1.98665  13.15982
N    2.44282   2.46752  13.15756
N    2.41146  -2.35283  13.19750
N   -2.42242  -2.32667  13.13431
N   -2.38744   2.49450  13.18408
C    2.77428   1.17640  13.23163
C    1.11690  -2.69440  13.15757
C   -2.75671  -1.03453  13.20352
C   -1.09306   2.83536  13.14461
C   -2.73614   1.20829  13.23686
C   -1.12958  -2.68317  13.12233
C    2.76156  -1.06631  13.25048
C    1.15082   2.82278  13.12392
C    4.17599   0.75965  13.27972
C    0.70535  -4.09360  13.08558
C   -4.15877  -0.61006  13.24225
C   -0.68179   4.23354  13.06610
C   -4.14287   0.81291  13.26597
C   -0.72822  -4.08832  13.06383
C    4.16893  -0.66303  13.28908
C    0.75233   4.22711  13.05144
C    5.38816   1.49714  13.26309
C    1.44270  -5.30451  13.07772
C   -5.38122  -1.33140  13.21881
C   -1.41791   5.44620  13.06374
C   -5.33908   1.57424  13.25675
C   -1.46948  -5.29897  13.04688
C    5.37500  -1.40842  13.27789
C    1.49676   5.43613  13.04564
H    5.38005   2.60093  13.27810
H    2.54285  -5.29707  13.16408
Cu  -1.30243  -9.00115  10.46810
Cu  -2.60453  -6.74298  10.45092
Cu   0.00845  -6.77443  10.54910
Cu   2.61807  -6.74118  10.45197
Cu  -3.91196  -4.49235  10.46217
Cu  -1.31180  -4.48746  10.49076
Cu   1.32803  -4.48597  10.48732
Cu   3.92211  -4.48679  10.46262
Cu   6.48998  -4.45223  10.46165
Cu  -5.20462  -2.24056  10.46169
Cu  -2.61876  -2.25505  10.47381
Cu   0.00588  -2.21146  10.41941
Cu   2.62868  -2.25165  10.46550
Cu   5.21376  -2.23385  10.46356
Cu   7.81085  -2.24273  10.46500
Cu  10.39114  -2.23482  10.49206
Cu  -6.52845   0.00290  10.50049
Cu  -3.88968   0.00621  10.41364
Cu  -1.27447   0.01976  10.51239
Cu   1.28485   0.01665  10.51562
Cu   3.90083   0.00887  10.41343
Cu   6.53620   0.00817  10.49183
Cu  -5.16601  -6.73206  10.47485
Cu  -7.79890   2.26581  10.46392
Cu  -5.20885   2.25522  10.47415
Cu  -2.62013   2.28371  10.46327
Cu   0.00447   2.24262  10.41942
Cu   2.62971   2.28010  10.46824
Cu   5.21669   2.25512  10.47073
Cu  -6.47198  -4.47395  10.46280
Cu  -6.48083   4.48536  10.46595
Cu  -3.91382   4.51100  10.46744
Cu  -1.31471   4.51799  10.49075
Cu   1.32117   4.51408  10.49337
Cu   3.92027   4.51071  10.46557
Cu   6.47775   4.49200  10.46231
Cu  -2.60590   6.76554  10.45385
Cu  -0.00085   6.81357  10.55315
Cu   2.60927   6.76336  10.45251
Cu   5.17313   6.75121  10.47289
Cu   1.31333   9.02910  10.46460
Cu   3.89555   8.99805  10.48592
Cu  -2.58296  -8.23815   8.39259
Cu   0.00486  -8.22804   8.40750
Cu  -3.87722  -5.98582   8.38340
Cu  -1.27373  -5.99019   8.41943
Cu   1.28740  -5.99151   8.41980
Cu   3.89478  -5.98747   8.38329
Cu  -5.18254  -3.73643   8.38433
Cu  -2.58112  -3.74542   8.40270
Cu   0.00746  -3.74839   8.41750
Cu   2.59578  -3.74566   8.39947
Cu   5.19901  -3.74018   8.38405
Cu   7.79316  -3.74193   8.38581
Cu  -6.48306  -1.48582   8.39840
Cu  -3.88667  -1.49958   8.39021
Cu  -1.30008  -1.48889   8.40531
Cu   1.31419  -1.48716   8.40389
Cu   3.90320  -1.49997   8.38853
Cu   6.50103  -1.48765   8.39887
Cu   9.09652  -1.49344   8.39513
Cu  -7.77889   0.75116   8.40125
Cu  -5.19662   0.75037   8.40537
Cu  -2.57135   0.75652   8.40912
Cu   0.00692   0.74359   8.39200
Cu   2.58604   0.75648   8.41001
Cu   5.21218   0.74918   8.40217
Cu   7.79785   0.75339   8.39789
Cu  -9.07571   2.99799   8.38357
Cu  -6.48375   2.99713   8.38761
Cu  -3.89246   2.99440   8.39385
Cu  -1.29251   3.01084   8.40374
Cu   1.30493   3.00810   8.40566
Cu   3.90438   2.99535   8.39547
Cu   6.49701   2.99925   8.38951
Cu  -5.19130   5.24756   8.38387
Cu  -2.58751   5.24527   8.39883
Cu   0.00618   5.26162   8.44306
Cu   2.59717   5.24412   8.39974
Cu   5.19862   5.25146   8.38543
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7楼2012-01-16 18:20:16
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泽润东方

金虫 (正式写手)
泽润东方: 回帖置顶 2012-01-16 18:55:07
问题已解决。
应把‘Cu 58 F’ 改写为‘X 58 F’。
希望对大家有所帮助。
感谢给为的热心帮助。
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8楼2012-01-16 18:54:53
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