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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » 其他 » 【活动：文献学习】从一篇PRB文献学习界面建模，静电势分析及按原子层投影DOS分析方法
汕头大学海洋科学接受调剂
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

[交流] 【活动：文献学习】从一篇PRB文献学习界面建模，静电势分析及按原子层投影DOS分析方法

要学习的文献在附件一中。附件二和三是两篇非常相关的试验文献。
参加文献学习有奖，奖励办法：

（1）根据图文章描述，做出模型来的奖励20~100金币。要求上传cif文件以供评判。以最先上传正确.cif文件的为准。
（2）跟帖讨论，发表对这篇文献的学习心得或者评论意见的，看情况奖励5~20金币。
（3）结合自己的研究课题或者在这篇文献的基础上做合理引申并跟帖讨论的，奖励10~50金币。






[ Last edited by cenwanglai on 2011-12-28 at 10:51 ]
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  • 附件 1 : 要看的.pdf
    • 2011-12-28 10:07:54, 505.67 K
  • 附件 2 : PhysRevLett[1].107.036104.pdf
    • 2011-12-28 10:49:26, 373.12 K
  • 附件 3 : Science-2006-Thiel-1942-5[1].pdf
    • 2011-12-28 10:49:27, 258.79 K

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1楼 2011-12-28 10:10:25
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回帖置顶 ( 共有4个 )

egogg

木虫 (小有名气)
★
cenwanglai(金币+1):谢谢参与
cenwanglai(金币+50): 谢谢回复，有一点点小问题。 2011-12-28 20:36:54
cenwanglai: 回帖置顶 2011-12-28 20:53:51
我用Material Studio做了一个，不知道对不对，希望大家讨论：

CIF附件：[ Last edited by egogg on 2011-12-28 at 16:34 ]
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  • 附件 1 : (LAO)4.5(LTO)4(LAO)4.5.cif
    • 2011-12-28 16:34:40, 24.07 K
24楼2011-12-28 16:32:23
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egogg

木虫 (小有名气)
★ ★
cenwanglai: 回帖置顶 2011-12-28 20:53:48
fzx2008(金币+2): 谢谢回帖交流！ 2011-12-28 22:05:11
我说一下我的思路吧，如果不对还请大家多多指教：
1、从ICSD数据库中找到LAO和STO的晶体结构导入到Material Studio中。
2、使用Surface切STO和LAO的表面，并构建相应的超晶胞。
3、使用Build Layers，构建(LAO)(STO)(LAO)层。
4、使用Build Vacuum Slab添加真空层。

疑问：
1、这个过程中，LAO和STO之间的层间距如何调整？
2、LAO和STO之间的层间距如何用Vasp进行优化？
3、STO晶格参数和LAO晶格参数不同，文献用STO做基地，STO晶格变形会产生应力，这个应力怎么计算？
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25楼2011-12-28 16:40:50
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
★
cenwanglai: 回帖置顶 2011-12-28 20:54:29
贺仪(金币+1): 欢迎讨论 2011-12-28 22:22:08
引用回帖:
25楼: Originally posted by egogg at 2011-12-28 16:40:50:
我说一下我的思路吧，如果不对还请大家多多指教：
1、从ICSD数据库中找到LAO和STO的晶体结构导入到Material Studio中。
2、使用Surface切STO和LAO的表面，并构建相应的超晶胞。
3、使用Build Layers，构建(LAO ...

非常感谢你的参与和回复。模型做得漂亮。

有个小地方与文中不同：

LAO真空层一侧是AlO2, STO一侧是LaO.你的模型在真空层一侧是LaO。

按照文中的模型，两边的LAO都是按照LaAlO3化学剂量比的。如果按照你这个模型，则不是。因此应在你的模型两端，各加一层AlO2层。

[ Last edited by cenwanglai on 2011-12-28 at 20:48 ]
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31楼2011-12-28 20:33:49
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
cenwanglai: 回帖置顶 2012-01-09 11:26:05
引用回帖:
41楼: Originally posted by egogg at 2011-12-29 16:26:31:
重新做了一个，还是层间距没法调整的问题，Material Studio中好像真的是没有办法调，看来只能手工调了。CryatalMaker中倒是可以方便地调整，但是只能画图用，没法输出好像。
新作的图：
[eimg]4a/3c/595607_132 ...

界面/表面如何区分n-type和p-type呢？他们表示什么物理意义？
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44楼2011-12-30 01:21:17
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)
★
cenwanglai(金币+1):谢谢参与
cenwanglai(金币+10): 谢谢valenhou001提供消息~ 2011-12-28 12:41:26
LaAlO3/SrTiO3界面体系的研究高潮已经快过去。有关这个体系的理论研究的综述可
Electronic Phenomena at Complex Oxide Interfaces: Insights from First Principles  
R. Pentcheva and W. E. Pickett  
J. Phys.: Condens. Matt. 22, 043001 (2010)
。W. E.Pickett组同其合作者对这个体系做的工作远比A. A. Demkov多。A. A. Demkov这个组做的东西都很细致。
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9楼2011-12-28 12:34:29
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
引用回帖:
3楼: Originally posted by WDD880227 at 2011-12-28 10:39:37:

mm，还提供了两篇参相关的实验文献，PRL&Science。
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5楼2011-12-28 10:57:15
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WDD880227

木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by cenwanglai at 2011-12-28 10:57:15:
mm，还提供了两篇参相关的实验文献，PRL&Science。

谢谢~~我下下来看看~~
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6楼2011-12-28 11:04:24
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huangll99

木虫 (职业作家)
★
cenwanglai(金币+1):谢谢参与
我要尝试
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7楼2011-12-28 11:38:10
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
引用回帖:
9楼: Originally posted by valenhou001 at 2011-12-28 12:34:29:
LaAlO3/SrTiO3界面体系的研究高潮已经快过去。有关这个体系的理论研究的综述可
Electronic Phenomena at Complex Oxide Interfaces: Insights from First Principles  
R. Pentcheva and W. E. Pickett  
J. P ...

valenhou,请问怎么评价哪些是研究热点呢？

没有解决的，有意义的科学或者技术问题不就是好问题吗？为什么要去关注热点？
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10楼2011-12-28 12:50:43
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ice_rain

铁杆木虫 (正式写手)
★
cenwanglai(金币+1):谢谢参与
cenwanglai(金币+5): 谢谢参与讨论，冰雨通知 2011-12-28 20:49:24
这个东西还是有人做的，关键是侧重点是啥。哈哈。这个模型也不是很难建。那个宏观平均静电势可以参看siesta里的那个处理的程序。
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16楼2011-12-28 13:25:55
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
引用回帖:
16楼: Originally posted by ice_rain at 2011-12-28 13:25:55:
这个东西还是有人做的，关键是侧重点是啥。哈哈。这个模型也不是很难建。那个宏观平均静电势可以参看siesta里的那个处理的程序。

我觉得，根据文章的意思来建模型是不难。

我觉得值得关注的是他们为什么要这样建。确定模型前的思考和判断我还没用弄清楚~
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18楼2011-12-28 13:39:29
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lastfreedom

木虫 (小有名气)
★
cenwanglai(金币+1):谢谢参与
关注~
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19楼2011-12-28 14:03:27
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风之梦

木虫 (小有名气)
★
cenwanglai(金币+1):谢谢参与
先收藏，有空了鼓捣鼓捣
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23楼2011-12-28 16:31:14
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hzhstar

铁杆木虫 (知名作家)
帮忙顶一下！
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27楼2011-12-28 16:53:10
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ranjing1985

金虫 (小有名气)
★
cenwanglai(金币+1):谢谢参与
学习了
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30楼2011-12-28 17:27:49
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
引用回帖:
24楼: Originally posted by egogg at 2011-12-28 16:32:23:
我用Material Studio做了一个，不知道对不对，希望大家讨论：

CIF附件：[ Last edited by egogg on 2011-1 ...

请教一下：中间的氧原子多面体是怎么做出来的？
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32楼2011-12-28 20:41:49
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egogg

木虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
31楼: Originally posted by cenwanglai at 2011-12-28 20:33:49:
非常感谢你的参与和回复。模型做得漂亮。

有个小地方与文中不同：

LAO真空层一侧是AlO2, STO一侧是LaO.你的模型在真空层一侧是LaO。

按照文中的模型，两边的LAO都是按照LaAlO3化学剂量比的。如果按 ...

这个我倒是没有弄仔细，明天再认真修改一下。

还是那个疑问，LAO和STO之间的层间距不知道在Material Studio中有没有什么地方可以设置？
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34楼2011-12-28 22:08:46
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egogg

木虫 (小有名气)
引用回帖:
32楼: Originally posted by cenwanglai at 2011-12-28 20:41:49:
请教一下：中间的氧原子多面体是怎么做出来的？

我是用Crystal Maker做的图。

首先绘制方式选择为多面体，然后在Model->Model Options选项中将其他原子的显示方式都设置为球，而把Ti的设置为多面体就行了。
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35楼2011-12-28 22:10:26
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gougou531

禁虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
本帖内容被屏蔽
36楼2011-12-29 10:09:09
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gougou531

禁虫 (正式写手)
★ ★
sunyang1988(金币+2): 谢谢交流 2011-12-30 10:33:01
本帖内容被屏蔽
37楼2011-12-29 10:11:07
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
★
sunyang1988(金币+1): 谢谢交流 2011-12-30 10:33:34
引用回帖:
37楼: Originally posted by gougou531 at 2011-12-29 10:11:07:
这是我建立的模型和egogg的思路是一样的，但是和egogg有一样的疑问，slab之间的距离如何调节？还有一个疑问就是为什么利用build layer这一步的时候选择build surface这一项，而不是直接选择build crystal这项？我 ...

调节距离在这里：
layer details 里面的参数可以调节。需要的试试看。
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38楼2011-12-29 12:52:33
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gougou531

禁虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
本帖内容被屏蔽
39楼2011-12-29 14:03:30
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egogg

木虫 (小有名气)
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
sunyang1988(金币+1): 谢谢交流 2011-12-30 10:34:20
引用回帖:
39楼: Originally posted by gougou531 at 2011-12-29 14:03:30:
这是调节两层之间真空层的距离的吧，两层之间还需要加真空层吗？区长，我又看了下建模，好像建立的模型和文献不一样，红色椭圆标注：在ab面内有4个La原子，而我们建立的模型只有3个，这是为什么啊？应该怎么切面 ...

做supercell的时候做成3*3的就行了。
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40楼2011-12-29 16:07:10
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egogg

木虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
liliangfang(金币+1): 鼓励交流 2011-12-29 20:06:03
重新做了一个，还是层间距没法调整的问题，Material Studio中好像真的是没有办法调，看来只能手工调了。CryatalMaker中倒是可以方便地调整，但是只能画图用，没法输出好像。
新作的图：

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  • 附件 1 : (LAO)5(STO)4.5(LAO)5.cif
    • 2011-12-29 16:26:25, 56.52 K
41楼2011-12-29 16:26:31
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gougou531

禁虫 (正式写手)
本帖内容被屏蔽
45楼2011-12-30 12:19:10
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dujunhui

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
31楼: Originally posted by cenwanglai at 2011-12-28 20:33:49:
非常感谢你的参与和回复。模型做得漂亮。

有个小地方与文中不同：

LAO真空层一侧是AlO2, STO一侧是LaO.你的模型在真空层一侧是LaO。

按照文中的模型，两边的LAO都是按照LaAlO3化学剂量比的。如果按 ...

“两边的LAO都是按照LaAlO3化学剂量比的”这点不知道该怎么理解，请指教。

[ Last edited by dujunhui on 2012-1-7 at 21:04 ]
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46楼2012-01-07 20:52:20
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dujunhui

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
41楼: Originally posted by egogg at 2011-12-29 16:26:31:
重新做了一个，还是层间距没法调整的问题，Material Studio中好像真的是没有办法调，看来只能手工调了。CryatalMaker中倒是可以方便地调整，但是只能画图用，没法输出好像。
新作的图：
[eimg]4a/3c/595607_132 ...

文中界面处是LaO/TiO2，不知您是笔误还是...？
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47楼2012-01-07 20:57:13
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
引用回帖:
46楼: Originally posted by dujunhui at 2012-01-07 20:52:20:
“两边的LAO都是按照LaAlO3化学剂量比的”这点不知道该怎么理解，请指教。
[ Last edited by dujunhui on 2012-1-7 at 21:04 ]

两侧的LAO的原子数之比：La:Al:O=1:1:3
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48楼2012-01-07 21:12:31
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dujunhui

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
cenwanglai(金币+10): 谢谢参与~~，我看看 2012-01-07 22:42:48
这是我做的，但是Build Layer后真空层加不上去了。不知道为什么，请各位指教。
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49楼2012-01-07 21:28:32
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dujunhui

金虫 (正式写手)
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  • 附件 1 : Layer (2).xsd
    • 2012-01-07 21:30:45, 115.54 K
50楼2012-01-07 21:30:53
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N22243楼
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