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robertpeter2005

木虫 (正式写手)

[求助] 请问大家做径向分布函数的时候结果有没有趋近于1啊? 已有2人参与

请问大家做径向分布函数的三个结果,一般用哪个啊?论坛里面有人说用那个standard的,但是我发现用standard做出的图结果没有趋近于1啊,是不是不对啊?反而我用carnal.xmgr做出的图貌似结果最后是趋近于一的,难道是我做错了?看amber说明和官方邮件里面说

carnal style RDF contains un-normalized data, the
other two are normalized RDFs. The standard style RDF presumes a density
value of water unless assigned other-wise. The "volume" one is using volume
of the box to calculate the density,但是标准的并不归一啊?另外看到一些文献里面似乎都是用那个standard.xmgr做的图解释这个分布函数的,里面的值最后都没有趋近于1,这样的解释对吗?但是我在陈正隆的2007版分子模拟书里面看到径向分布函数图最后应该是趋近于1的啊?书里面应该不会错的。如果那样,那amber里面的那个standard又该怎么解释呢?另外,结果文件里面的那三行究竟是表示什么意思啊?

各位大侠,有人知道是为什么吗?还望不吝赐教啊!
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chaizhm

木虫 (著名写手)

径向分布函数是应该趋近于1的
壁立万仞,无欲则刚
2楼2011-12-20 10:51:17
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shengxiang

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
御剑江湖(金币+4): 谢谢 2011-12-21 18:44:43
基本上都是趋于1的~
As long as the gas is dilute, the correlations in the positions of the atoms that g(r) takes into account are due to the potential ϕ(r) that an atom at P feels owing to the presence of an atom at O. Using the Boltzmann distribution law, If ϕ(r) were zero for all r – i.e., if the atoms did not exert any influence on each other, then g(r) = 1 for all r.
3楼2011-12-21 08:52:04
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robertpeter2005

木虫 (正式写手)

但是我用amber算出来的结果,如果按标准的来画图的画,都没有趋近于1啊,而且我看好些用amber计算的径向分布函数也是没有趋近1啊?这是为什么呢?
4楼2011-12-21 18:37:11
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明月照清渠

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-12-09 10:21:32
只要趋近于某个值就可以~~
5楼2012-12-07 09:39:54
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zc081044

新虫 (初入文坛)

月只蓝: 应助指数-1, 非应助回帖 2014-05-16 19:15:53
我想问一下只有轨迹文件的话,如何得到rdf.谢谢

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
6楼2014-05-09 15:02:09
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sciencejoy

新虫 (著名写手)

【答案】应助回帖


月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-05-16 19:16:02
引用回帖:
4楼: Originally posted by robertpeter2005 at 2011-12-21 18:37:11
但是我用amber算出来的结果,如果按标准的来画图的画,都没有趋近于1啊,而且我看好些用amber计算的径向分布函数也是没有趋近1啊?这是为什么呢?

amber计算的径向分布函数公式是什么?你得知道他的计算原理才能理解所得的结果
7楼2014-05-09 15:35:36
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10132223

金虫 (著名写手)


月只蓝: 金币+1, 鼓励交流 2014-05-16 19:16:11
好像是用MS作的图,如果模型是镜面对称的话,数值就是不趋于1的。
8楼2014-05-09 17:19:35
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