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robertpeter2005木虫 (正式写手)
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[求助]
请问大家做径向分布函数的时候结果有没有趋近于1啊？已有2人参与
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请问大家做径向分布函数的三个结果，一般用哪个啊？论坛里面有人说用那个standard的，但是我发现用standard做出的图结果没有趋近于1啊，是不是不对啊？反而我用carnal.xmgr做出的图貌似结果最后是趋近于一的，难道是我做错了？看amber说明和官方邮件里面说 carnal style RDF contains un-normalized data, the other two are normalized RDFs. The standard style RDF presumes a density value of water unless assigned other-wise. The "volume" one is using volume of the box to calculate the density，但是标准的并不归一啊？另外看到一些文献里面似乎都是用那个standard.xmgr做的图解释这个分布函数的，里面的值最后都没有趋近于1,这样的解释对吗？但是我在陈正隆的2007版分子模拟书里面看到径向分布函数图最后应该是趋近于1的啊？书里面应该不会错的。如果那样，那amber里面的那个standard又该怎么解释呢？另外，结果文件里面的那三行究竟是表示什么意思啊？ 各位大侠，有人知道是为什么吗？还望不吝赐教啊！ |
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 MS计算模拟 |
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chaizhm
木虫 (著名写手)
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2楼2011-12-20 10:51:17