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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 综合其他 » 对宏基因组感兴趣的出来交流交流
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张晓梅ZXM

金虫 (正式写手)

[交流] 对宏基因组感兴趣的出来交流交流

想做某环境的宏基因组，想开展点除了物种多样性之外的工作：功能基因，不知道选哪个比较好；生态涉及的面太广，选不准从什么点下手……
     就是感觉很难确定科学问题，因为要自己想个毕业课题出来做，实在不容易。
   
  请教做过或是在做或是了解宏基因组方面的虫友们，传授经验，交流想法，多多益善……
   谢谢！
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1楼 2011-12-16 18:02:33
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

zhoubo2798

银虫 (小有名气)
★
张晓梅ZXM(金币+1):谢谢参与
zhang8826857(金币+1): 鼓励交流 2012-02-16 09:54:24
scelab: 回帖置顶 2012-02-16 16:08:15
引用回帖:
16楼: Originally posted by davidck at 2011-12-23 11:12:13:
应该是结合你自己实验的的大研究方向吧？
总不能自己在那无目的的找功能基因。
找本实验室最成熟的方向去做，这样比较省力气，因为啥都是现成的，就你的目的基因是新的，多好

同意16楼的意见
百尺竿头更进一步，这是成功的捷径
建议在你们实验室的基础上，跟老板充分探讨的前提下
明确实验目的，然后再去选择
感觉你现在还停留在找思路阶段，建议先大量阅读一下相关文献再进行下一步的工作
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24楼2012-02-15 10:24:27
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丰之第

铜虫 (正式写手)
★
张晓梅ZXM(金币+1):谢谢参与
送鲜花一朵
yyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyyy
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2楼2011-12-17 19:03:09
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真水无香1709

铜虫 (小有名气)
★
张晓梅ZXM(金币+1):谢谢参与
功能基因关键看什么功能的基因了
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3楼2011-12-17 20:17:11
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vszhang

金虫 (正式写手)
★
张晓梅ZXM(金币+1):谢谢参与
我感兴趣的是pan-genomics

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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4楼2011-12-17 21:25:17
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张晓梅ZXM

金虫 (正式写手)
zhang8826857(金币+1): 鼓励交流 2012-02-16 09:54:08
引用回帖:
3楼: Originally posted by 真水无香1709 at 2011-12-17 20:17:11:
功能基因关键看什么功能的基因了

对啊，就是不好选目标基因所以才想看看大家都是怎么做的。莫非只要感兴趣的基因都可以拿来做？还是针对不同环境的宏基因组来选择一些特别的基因？亦或是哪些个热门的基因的研究套路很清楚?
……
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5楼2011-12-18 17:14:04
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
张晓梅ZXM(金币+1):谢谢参与
zhang8826857(金币+1): 鼓励交流 2011-12-20 22:42:05
这东西相当烧钱啊，我觉得，做到组的话，可能选材方面，不能选太多生物的，可以选择人类，动物肠道里面的试试……
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6楼2011-12-19 14:56:14
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girlfisher

金虫 (小有名气)
★
张晓梅ZXM(金币+1):谢谢参与
数据分析工作量超大，而且必须有后续研究才会有深度
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7楼2011-12-20 09:07:06
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张晓梅ZXM

金虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by girlfisher at 2011-12-20 09:07:06:
数据分析工作量超大，而且必须有后续研究才会有深度

数据分析这个肯定是必不可少的~~
我想请问后续的深度研究都可以有哪些啊？
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8楼2011-12-20 14:01:17
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张晓梅ZXM

金虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by xp198766 at 2011-12-19 14:56:14:
这东西相当烧钱啊，我觉得，做到组的话，可能选材方面，不能选太多生物的，可以选择人类，动物肠道里面的试试……

想做烧钱也没办法呀。选材的话我们应该就会根据实验室前期的研究环境来，关键是研究的科学点不好选~~
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9楼2011-12-20 14:08:10
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girlfisher

金虫 (小有名气)
★
zhang8826857(金币+1): 鼓励交流 2011-12-20 22:42:15
寻找新基因，克隆，表达，测定酶活。

最近science的一篇Metagenomic Discovery of Biomass-Degrading Genes and Genomes from Cow Rumen

测了268G数据
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10楼2011-12-20 16:19:30
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 张晓梅ZXM at 2011-12-20 14:08:10:
想做烧钱也没办法呀。选材的话我们应该就会根据实验室前期的研究环境来，关键是研究的科学点不好选~~

我觉得这个得看投入产出比，做之前一定都得把实验设计想好了，要不花太多钱， 压力山大的……
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11楼2011-12-20 21:38:25
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张晓梅ZXM

金虫 (正式写手)
引用回帖:
10楼: Originally posted by girlfisher at 2011-12-20 16:19:30:
寻找新基因，克隆，表达，测定酶活。

最近science的一篇Metagenomic Discovery of Biomass-Degrading Genes and Genomes from Cow Rumen

测了268G数据

文章已看到，谢谢！
看出你是行家，想继续请教你
确实做宏基因组往后走肯定要克隆基因，异源表达。我现在面临的问题是：如何选择深入做的基因？1.自己感兴趣值得做的基因就行；2.根据环境的特性来选择与此相关的基因；3.先测序分析其基因所涉及的功能类型，再来确定可以做的基因……异或其他？


谢谢！
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12楼2011-12-21 21:36:38
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张晓梅ZXM

金虫 (正式写手)
引用回帖:
11楼: Originally posted by xp198766 at 2011-12-20 21:38:25:
我觉得这个得看投入产出比，做之前一定都得把实验设计想好了，要不花太多钱， 压力山大的……

你也是做宏基因组相关的么？那你的研究涉及的是什么方面的问题呢？分享下你的经验给大家学习学习……
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13楼2011-12-21 21:41:34
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girlfisher

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★
scelab(金币+5): good idea 2011-12-26 11:37:43
scelab: 回帖置顶 2011-12-26 11:38:08
引用回帖:
12楼: Originally posted by 张晓梅ZXM at 2011-12-21 21:36:38:
文章已看到，谢谢！
看出你是行家，想继续请教你
确实做宏基因组往后走肯定要克隆基因，异源表达。我现在面临的问题是：如何选择深入做的基因？1.自己感兴趣值得做的基因就行；2.根据环境的特性来选择与此相关 ...

当然是以2为主
举例来说，现在跟能源有关的基因就非常热门，比如纤维素降解或木质素降解，纤维素降解有可能出新东西的环境就是在草食动物的肠道，木质素降解最有希望的基因来源则是像白蚁肠道，大熊猫肠道之类。

首先要有逻辑关联才往下做，虽然everything is everywhere, 但相关环境更大可能出东西。
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14楼2011-12-22 09:28:52
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张晓梅ZXM

金虫 (正式写手)
引用回帖:
14楼: Originally posted by girlfisher at 2011-12-22 09:28:52:
当然是以2为主
举例来说，现在跟能源有关的基因就非常热门，比如纤维素降解或木质素降解，纤维素降解有可能出新东西的环境就是在草食动物的肠道，木质素降解最有希望的基因来源则是像白蚁肠道，大熊猫肠道之类。 ...

我懂了，非常感谢！
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15楼2011-12-22 13:04:47
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davidck

金虫 (正式写手)
★
张晓梅ZXM(金币+1):谢谢参与
应该是结合你自己实验的的大研究方向吧？
总不能自己在那无目的的找功能基因。
找本实验室最成熟的方向去做，这样比较省力气，因为啥都是现成的，就你的目的基因是新的，多好
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16楼2011-12-23 11:12:13
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qiangxhou

木虫 (职业作家)
★
张晓梅ZXM(金币+1):谢谢参与
病毒学研究的新技术！
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17楼2011-12-23 15:24:06
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张晓梅ZXM

金虫 (正式写手)
引用回帖:
16楼: Originally posted by davidck at 2011-12-23 11:12:13:
应该是结合你自己实验的的大研究方向吧？
总不能自己在那无目的的找功能基因。
找本实验室最成熟的方向去做，这样比较省力气，因为啥都是现成的，就你的目的基因是新的，多好

呵呵，如果能把宏基因组做起来，将是我们实验室的新方向，所以比较难。
能做出好的肯定好，做不出好的我至少要保证毕业啊，苦恼得很哪
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18楼2011-12-23 16:11:25
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davidck

金虫 (正式写手)
我的意思是，比如你们实验室研究的是纤溶酶，那么你筛功能基因的方向应该是纤溶酶类似的酶，用建立宏基因组的方法，找到你研究的对象
宏基因组说实话我也不大清楚，但我觉得它更多的应该是一种方法，偏重于应用来说就是找到新的强的功能性基因，呵呵
不妥之处，大家可以讨论指正下，呵呵
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19楼2011-12-26 09:08:59
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scelab

荣誉版主 (文坛精英)
★
张晓梅ZXM(金币+1):谢谢参与
引用回帖:
10楼: Originally posted by girlfisher at 2011-12-20 16:19:30:
寻找新基因，克隆，表达，测定酶活。

最近science的一篇Metagenomic Discovery of Biomass-Degrading Genes and Genomes from Cow Rumen

测了268G数据

烧钱，绝对的
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20楼2011-12-26 11:32:26
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girlfisher

金虫 (小有名气)
引用回帖:
20楼: Originally posted by scelab at 2011-12-26 11:32:26:
烧钱，绝对的

测序成本不高，大约30-40万rmb就能搞定，关键在于分析和后期工作
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21楼2011-12-26 15:04:09
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张晓梅ZXM

金虫 (正式写手)
引用回帖:
21楼: Originally posted by girlfisher at 2011-12-26 15:04:09:
测序成本不高，大约30-40万rmb就能搞定，关键在于分析和后期工作

三四十万，不高
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22楼2011-12-27 16:04:44
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xp198766

铁杆木虫 (著名写手)
做宏基因组，不如做宏基因，财力、分析成本都会降低N多，所以基因的选择很重要……
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23楼2011-12-28 16:07:17
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zhoubo2798

银虫 (小有名气)
zhang8826857(金币+1): 鼓励交流 2012-02-16 09:54:31
引用回帖:
22楼: Originally posted by 张晓梅ZXM at 2011-12-27 16:04:44:
三四十万，不高

现在测序技术发展迅速，具体一个样品的检测成本已经下降到了几千块（2000~4000），一个实验下来也许几万块就够了。所以实验设计非常重要，缜密的设计绝对可以收到事半功倍的效果
赞一下 回复此楼
25楼2012-02-15 10:26:59
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张晓梅ZXM

金虫 (正式写手)
引用回帖:
楼: Originally posted by zhoubo2798 at 2012-02-15 10:24:27:
同意16楼的意见
百尺竿头更进一步，这是成功的捷径
建议在你们实验室的基础上，跟老板充分探讨的前提下
明确实验目的，然后再去选择
感觉你现在还停留在找思路阶段，建议先大量阅读一下相关文献再进行下一步 ...

呵呵，是的，确实是在找思路。本实验室最成熟的就是资源与分类，我就想用宏基因组的话至少是个技术上的突破，可我不能光单纯地解决个资源多样性的问题。看别人文献跟生态结合的多，可我确实没有生态背景，所以就想往功能基因上靠，所以……
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26楼2012-02-16 09:32:05
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张晓梅ZXM

金虫 (正式写手)
引用回帖:
楼: Originally posted by zhoubo2798 at 2012-02-15 10:26:59:
现在测序技术发展迅速，具体一个样品的检测成本已经下降到了几千块（2000~4000），一个实验下来也许几万块就够了。所以实验设计非常重要，缜密的设计绝对可以收到事半功倍的效果

2到4千么，我前段时间跟华大打听的怎么是10000多~~
赞一下 回复此楼
27楼2012-02-16 09:33:30
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zhoubo2798

银虫 (小有名气)
引用回帖:
27楼: Originally posted by 张晓梅ZXM at 2012-02-16 09:33:30:
2到4千么，我前段时间跟华大打听的怎么是10000多~~

价格是可以谈的，报价跟实际产生的费用会差很多

我们实验室刚刚完成了一些类似的工作……

[ Last edited by zhoubo2798 on 2012-2-19 at 01:22 ]
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28楼2012-02-19 01:18:31
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张晓梅ZXM

金虫 (正式写手)
引用回帖:
28楼: Originally posted by zhoubo2798 at 2012-02-19 01:18:31:
价格是可以谈的，报价跟实际产生的费用会差很多

我们实验室刚刚完成了一些类似的工作……
[ Last edited by zhoubo2798 on 2012-2-19 at 01:22 ]

好啊好啊，既然是前辈，那等我碰到问题了来请教你，要不吝赐教噢
赞一下 回复此楼
29楼2012-02-19 10:14:26
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zhoubo2798

银虫 (小有名气)
引用回帖:
29楼: Originally posted by 张晓梅ZXM at 2012-02-19 10:14:26:
好啊好啊，既然是前辈，那等我碰到问题了来请教你，要不吝赐教噢

欢迎欢迎……

不过我们也是刚刚起步，建议关注一下华大基因王俊、上海交大赵立平等高手的文章
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30楼2012-02-21 00:17:35
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张建荣

银虫 (小有名气)
★
张晓梅ZXM(金币+1):谢谢参与
宏基因组中，提几种低温酶做做，然后克隆，异源表达即可，一个很文章就出来了
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32楼2012-02-21 16:42:11
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紫苏薄荷

铜虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
建议楼主建一个群讨论吧，呵呵，这样更方便一些
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33楼2012-06-08 17:26:44
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zhigenye

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
我就是要做宏基因组的新手，主要做土壤微生物的群落多样性分析的，可以请教下怎么入手吗？？？拜托拜托啦
赞一下 回复此楼
34楼2014-04-04 11:18:01
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southgene

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
想做下海水微生物的宏基因组测序，大概在什么价格呢，它的建库方法又是什么样的呢？
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35楼2015-02-03 16:15:17
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fangliu0823

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
先做个宏基因组de novo测序，找你需要的功能基因，再继续向下游做
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36楼2015-02-04 09:31:34
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张晓梅ZXM31楼
2012-02-21 09:57   回复  
引用回帖:
30楼: Originally posted by zhoubo2798 at 2012-02-21 00:17:35: 欢迎欢迎…… 不过我们也是刚刚起步，建议关注一下华大基因王俊、上海交大赵立平等高手的文章

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