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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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zhongyunxia

新虫 (小有名气)

[求助] 急!能量最小化出问题

各位,我用gromacs做能量最小化,开始是用的是steep,dt=0.001  nsteps=10000,结果说收敛机器精度但是最大力小于设定的emtol(1000),然后我用cg,结果报错:Fatall error:21 of the 14720 bonded interactions could not calculated because some atom involved moved further  apart than the multi-body cut-off distance (1.4nm) or the two_body  cut-off distance  (1.4nm),see option -rdd,for pairs and tabulated bonds also see option -ddcheck

请求给位高手相助,我感激不尽!
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你试一试把你模拟的盒子周期边界稍微调大一些,0.1~0.3nm 试试
2楼2011-12-15 16:02:56
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明月照清渠

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
zhongyunxia: 金币+2, 有帮助 2012-12-07 10:14:44
好好查查构型,应该是构型出错了~
3楼2012-12-07 10:10:34
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