24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 734  |  回复: 2

zhongyunxia

新虫 (小有名气)

[求助] 急!能量最小化出问题

各位,我用gromacs做能量最小化,开始是用的是steep,dt=0.001  nsteps=10000,结果说收敛机器精度但是最大力小于设定的emtol(1000),然后我用cg,结果报错:Fatall error:21 of the 14720 bonded interactions could not calculated because some atom involved moved further  apart than the multi-body cut-off distance (1.4nm) or the two_body  cut-off distance  (1.4nm),see option -rdd,for pairs and tabulated bonds also see option -ddcheck

请求给位高手相助,我感激不尽!
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你试一试把你模拟的盒子周期边界稍微调大一些,0.1~0.3nm 试试
2楼2011-12-15 16:02:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

明月照清渠

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
zhongyunxia: 金币+2, 有帮助 2012-12-07 10:14:44
好好查查构型,应该是构型出错了~
3楼2012-12-07 10:10:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 zhongyunxia 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 调剂 +3 是可乐不是可乐 2026-04-04 3/150 2026-04-04 17:21 by wxiongid
[考研] 求调剂 +4 xzghyuj 2026-04-04 4/200 2026-04-04 09:51 by 唐沐儿
[考研] 265求调剂 +17 林深温澜 2026-04-01 20/1000 2026-04-04 01:09 by userper
[考研] 化工求调剂 +11 荔香芝士椰奶 2026-04-03 11/550 2026-04-03 22:06 by 啵啵啵0119
[考研] 266求调剂 +18 阳阳哇塞 2026-04-01 18/900 2026-04-03 18:38 by zllcz
[考研] 266分,求材料相关专业调剂 +13 哇呼哼呼哼 2026-03-30 15/750 2026-04-03 15:24 by arrow8852
[考研] 326分求调剂 +3 于是乎呢 2026-04-01 5/250 2026-04-03 14:23 by 于是乎呢
[考研] 319求调剂 +18 太容易1018 2026-04-01 18/900 2026-04-03 11:18 by linyelide
[考研] 326求调剂 +10 崽崽仔 2026-04-02 10/500 2026-04-03 09:08 by 帕尔马拉特
[考研] 318求调剂,计算材料方向 +10 吸喵有害笙命 2026-04-01 11/550 2026-04-02 16:29 by oooqiao
[考研] 能源动力 调剂 +3 不破不立0 2026-04-02 3/150 2026-04-02 12:46 by ffffjjjj
[考研] 354求调剂 +4 lxb598 2026-03-31 5/250 2026-04-02 09:55 by Jaylen.
[考研] 284求调剂 +12 小熊~~ 2026-03-31 12/600 2026-04-01 20:23 by 花??
[考研] 086000生物与医药298调剂求助 +4 元元青青 2026-03-31 6/300 2026-04-01 11:13 by syh9288
[考研] 322求调剂 +8 三水sss 2026-04-01 8/400 2026-04-01 10:19 by 唐沐儿
[考研] 266求调剂 +3 哇呼哼呼哼 2026-03-29 3/150 2026-03-31 10:06 by cal0306
[有机交流] 甲基亚磺磺酸钠和甲基磺酸酯反应机理 10+3 kaobao456 2026-03-29 4/200 2026-03-30 23:16 by nBu锂
[考研] 11408总分309,一志愿东南大学求调剂,不挑专业 +5 天赋带到THU 2026-03-29 6/300 2026-03-30 20:49 by dick_runner
[考研] 调剂 +4 GK72 2026-03-30 4/200 2026-03-30 20:32 by dick_runner
[考研] 抱歉 +3 田洪有 2026-03-30 3/150 2026-03-30 19:11 by 迷糊CCPs
信息提示
请填处理意见