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baby0032

新虫 (初入文坛)

[求助] 关于GC含量高的模板

各位大侠,请求帮助~~
1.我的基因组是链霉菌,GC含量很高,有没有哪家测这方面比较靠谱的测序公司推荐一个呀?
2.之前测序了几个基因,但是都发现了同一个问题,比如送了一个基因的两个克隆子(菌液,即平行样)但是这两个的测序结果碱基竟然有7~8个不一样,是用EX TAQ做的,而且片段才将近1K,之前做克隆时都没发现这样的情况。请问这是什么问题呢?
小妹囊中羞涩,悬赏较少,还望各位大侠帮帮可怜的路人吧~~
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yabxxh

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
mengfei8336(MolEPI+1): 谢谢参与。 2011-12-15 09:26:03
baby0032(金币+1): 2011-12-16 11:13:54
呵呵,我刚做完了一个基因,GC含量片段前端局部高达87%,片段长3kb。Taq酶我也是一路涌过来的。不要用EXTAQ,也不要用LA TAQ,Prime Star with GC Buffer才是王道。ExTaq我没用过,因为它根本不入我的法眼,Lataq With GC buffer我前期一直用,效果不咋地,根本得不到片段,现在还有几管新的躺在我的冰箱。当然了,我的片段比较长,可能你的1KB能搞定也说不定。不过带gc buffer 的lataq和primestar价格方面来说,prime star才贵了50,我们为什么不一步到位直接用primestar呢。
希望对你有点帮助,好运
8楼2011-12-15 09:13:55
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blackrose8089

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
西瓜(金币+1): 鼓励 2011-12-13 19:09:40
楼主的GC含量能达到百分之八十吗?可以用Takara的LA-TAQ + GC Buffer I试一下?测序可以到英俊或是生工试一下。
jiayoubashaonian
2楼2011-12-13 18:49:53
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baby0032

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
: Originally posted by blackrose8089 at 2011-12-13 18:49:53:
楼主的GC含量能达到百分之八十吗?可以用Takara的LA-TAQ + GC Buffer I试一下?测序可以到英俊或是生工试一下。

大概70%左右,恩,我已经订购了LA TAQ准备试试,昨天用Fermentas的pfu做了下发现效果很不好~~不过因为换了台PCR仪。我的测序结果是英俊测的哦~~我很疑惑这样的测序结果如果基因组不纯会不会造成呢?
3楼2011-12-14 09:10:41
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blackrose8089

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
西瓜(金币+2): Good! 2011-12-16 12:08:33
引用回帖:
3楼: Originally posted by baby0032 at 2011-12-14 09:10:41:
大概70%左右,恩,我已经订购了LA TAQ准备试试,昨天用Fermentas的pfu做了下发现效果很不好~~不过因为换了台PCR仪。我的测序结果是英俊测的哦~~我很疑惑这样的测序结果如果基因组不纯会不会造成呢?

LA-TAQ 加上GC BUFFER 1应该没问题的,我们的物种GC含量也很高,平均到66%,一直用的这个组合还可以。
jiayoubashaonian
4楼2011-12-14 12:31:46
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