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baby0032

新虫 (初入文坛)

[求助] 关于GC含量高的模板

各位大侠，请求帮助~~
1.我的基因组是链霉菌，GC含量很高，有没有哪家测这方面比较靠谱的测序公司推荐一个呀？
2.之前测序了几个基因，但是都发现了同一个问题，比如送了一个基因的两个克隆子（菌液，即平行样）但是这两个的测序结果碱基竟然有7~8个不一样，是用EX TAQ做的，而且片段才将近1K，之前做克隆时都没发现这样的情况。请问这是什么问题呢？
小妹囊中羞涩，悬赏较少，还望各位大侠帮帮可怜的路人吧~~
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1楼 2011-12-13 16:58:42
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yabxxh

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
mengfei8336(MolEPI+1): 谢谢参与。 2011-12-15 09:26:03
baby0032(金币+1): 2011-12-16 11:13:54
呵呵，我刚做完了一个基因，GC含量片段前端局部高达87%，片段长3kb。Taq酶我也是一路涌过来的。不要用EXTAQ，也不要用LA TAQ，Prime Star with GC Buffer才是王道。ExTaq我没用过，因为它根本不入我的法眼，Lataq With GC buffer我前期一直用，效果不咋地，根本得不到片段，现在还有几管新的躺在我的冰箱。当然了，我的片段比较长，可能你的1KB能搞定也说不定。不过带gc buffer 的lataq和primestar价格方面来说，prime star才贵了50，我们为什么不一步到位直接用primestar呢。
希望对你有点帮助，好运
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8楼2011-12-15 09:13:55
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blackrose8089

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
西瓜(金币+1): 鼓励 2011-12-13 19:09:40
楼主的GC含量能达到百分之八十吗？可以用Takara的LA-TAQ + GC Buffer I试一下？测序可以到英俊或是生工试一下。
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jiayoubashaonian
2楼2011-12-13 18:49:53
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baby0032

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
楼: Originally posted by blackrose8089 at 2011-12-13 18:49:53:
楼主的GC含量能达到百分之八十吗？可以用Takara的LA-TAQ + GC Buffer I试一下？测序可以到英俊或是生工试一下。

大概70%左右，恩，我已经订购了LA TAQ准备试试，昨天用Fermentas的pfu做了下发现效果很不好~~不过因为换了台PCR仪。我的测序结果是英俊测的哦~~我很疑惑这样的测序结果如果基因组不纯会不会造成呢？
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3楼2011-12-14 09:10:41
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blackrose8089

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
西瓜(金币+2): Good！ 2011-12-16 12:08:33
引用回帖:
3楼: Originally posted by baby0032 at 2011-12-14 09:10:41:
大概70%左右，恩，我已经订购了LA TAQ准备试试，昨天用Fermentas的pfu做了下发现效果很不好~~不过因为换了台PCR仪。我的测序结果是英俊测的哦~~我很疑惑这样的测序结果如果基因组不纯会不会造成呢？

LA-TAQ 加上GC BUFFER 1应该没问题的，我们的物种GC含量也很高，平均到66%,一直用的这个组合还可以。
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jiayoubashaonian
4楼2011-12-14 12:31:46
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