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汕头大学海洋科学接受调剂
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shiluslu

金虫 (正式写手)

[求助] 为什么cif后面加上氢键信息会出现A类错误

在cif后面加上氢键信息:
loop_
_geom_hbond_atom_site_label_D
_geom_hbond_atom_site_label_H
_geom_hbond_atom_site_label_A
_geom_hbond_distance_DH
_geom_hbond_distance_HA
_geom_hbond_distance_DA
_geom_hbond_angle_DHA
_geom_hbond_site_symmetry_A
_geom_hbond_publ_flag
#
#D   H   A   D - H  H...A   D...A    D - H...A  symm(A)
#
N3      H3A     O5          0.8600     2.0600   2.901(4)     165.00   7_645 yes
N6      H6A     O10         0.8600     2.1200   2.956(4)     164.00   7_645 yes
C5      H5A     O3          0.9300     2.5000   3.168(4)     129.00   6_456 yes

就出现了9个A类错误,这是怎么回事啊,怎么才能解决啊,哎呀,愁死了这个问题,希望高人能帮帮我啊~~~~
PLAT707_ALERT_1_A D...A   Calc   25.722(6), Rep    2.901(4), Dev..    3803.50 Sigma
              N3   -O5      1.555   7.645
PLAT707_ALERT_1_A D...A   Calc   26.535(7), Rep    2.956(4), Dev..    3368.43 Sigma
              N6   -O10     1.555   7.645
PLAT707_ALERT_1_A D...A   Calc   35.997(8), Rep    3.168(4), Dev..    4103.63 Sigma
              C5   -O3      1.555   6.456                                      
PLAT726_ALERT_2_A H...A   Calc    25.11000, Rep     2.06000 Dev...      23.05 Ang.
              H3A  -O5      1.555   7.645
PLAT726_ALERT_2_A H...A   Calc    26.24000, Rep     2.12000 Dev...      24.12 Ang.
              H6A  -O10     1.555   7.645                                      
PLAT726_ALERT_2_A H...A   Calc    36.28000, Rep     2.50000 Dev...      33.78 Ang.
              H5A  -O3      1.555   6.456                                      
PLAT728_ALERT_1_A D-H..A  Calc      134.00, Rep      165.00 Dev...      31.00 Deg.
              N3   -H3A  -O5      1.555   1.555   7.645      #         72      
PLAT728_ALERT_1_A D-H..A  Calc      109.00, Rep      164.00 Dev...      55.00 Deg.
              N6   -H6A  -O10     1.555   1.555   7.645      #         72      
PLAT728_ALERT_1_A D-H..A  Calc       72.00, Rep      129.00 Dev...      57.00 Deg.
              C5   -H5A  -O3      1.555   1.555   6.456      #         72
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努力,尽力,不放弃,要放轻松,心态很重要!
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shiluslu

金虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by wormma at 2011-12-10 00:37:46:
PLAT707_ALERT_1_A D...A   Calc   25.722(6), Rep    2.901(4), Dev..    3803.50 Sigma
              N3   -O5      1.555   7.645

这个错误信息是说 程序计算的D-A 距离为 25.722(6)A, 而你报告的是2 ...

应该是对称码出错了,应该怎么修改他了
努力,尽力,不放弃,要放轻松,心态很重要!
3楼2011-12-10 18:01:27
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wormma

木虫 (正式写手)

One for All, All for One

【答案】应助回帖

shiluslu(金币+5): 2011-12-10 18:01:38
PLAT707_ALERT_1_A D...A   Calc   25.722(6), Rep    2.901(4), Dev..    3803.50 Sigma
              N3   -O5      1.555   7.645

这个错误信息是说 程序计算的D-A 距离为 25.722(6)A, 而你报告的是2.901(4),二者的偏差为3803.5sigma. 可能的原因是你的对称码给错了。
也可能有其他原因,从这里看不出来。
OneforAll,AllforOne
2楼2011-12-10 00:37:46
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wormma

木虫 (正式写手)

One for All, All for One

【答案】应助回帖

如果你用XP, 里面的envi 命令可以查到相应的对称码
OneforAll,AllforOne
4楼2011-12-11 02:40:59
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