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takeeasy123

银虫 (小有名气)

[求助] 一个用内坐标写的输入文件错误，希望能有人指点我

一个用内坐标写的输入文件错误，希望能有人指点我，最好能告诉小弟一些关于内坐标输入的规则和容易出错的地方。
图片附件为我想用内坐标表达的化合物。
文件附件为我的输入文件

希望各位指点，万分感谢！！
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    • 2011-11-30 20:15:39, 1.26 K

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1楼 2011-11-30 20:15:49
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中科院苦行僧

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

takeeasy123(金币+1): 不急的，麻烦了。 2011-12-01 09:09:07
急不急，我后天晚上可以给你看看，这几天有考试~·
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beayardstickogquality
2楼2011-11-30 23:10:51
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梅子908

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

takeeasy123(金币+1): 谢谢你 2011-12-02 17:28:31
刚刚帮你看了一下 #行多了 geom=connectivity 把这个去掉应该就可以了 不过你的mem给的也太大了，一般不给那么大，否则机子一直要等到内存那么多空闲的时候才会进行计算，你这个分子很小，有1GB就够了
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3楼2011-12-02 15:31:09
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takeeasy123

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 梅子908 at 2011-12-02 15:31:09:
刚刚帮你看了一下 #行多了 geom=connectivity 把这个去掉应该就可以了 不过你的mem给的也太大了，一般不给那么大，否则机子一直要等到内存那么多空闲的时候才会进行计算，你这个分子很小，有1GB就够了

谢谢，我想问一下的是，您知道如何把电荷加在具体的原子上吗？输入文件改如何去操作呢？
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4楼2011-12-02 17:28:15
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中科院苦行僧

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

takeeasy123(金币+3): 2011-12-11 19:16:35
我晚上看了一下，跟2楼说的一样
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beayardstickogquality
5楼2011-12-02 22:56:14
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takeeasy123

银虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 中科院苦行僧 at 2011-12-02 22:56:14:
我晚上看了一下，跟2楼说的一样

呵呵，其实我后来也发现了。但是我现在遇到一个新的问题，就那个化合物中间的S——N键断裂之后，如何正电荷在S上，我不知道输入文件该如何去写。如果在N上，又会是怎么样的呢？
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6楼2011-12-03 08:31:19
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