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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » pdb蛋白的处理
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蓝紫色玻璃心

新虫 (小有名气)

[求助] pdb蛋白的处理

在对接之前要确定pdb文件里面的残基是否缺失，或者残基的突变之类的，但是这个要怎么看？谢谢
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1楼 2011-12-06 10:01:08
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jumper158

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
chaizhm(金币+2): 谢谢 2011-12-06 15:28:03
任何一个软件都有蛋白准备，这个模块，在这里面看，
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游走于牛A与牛C之间，谁的青春不苦憋
2楼2011-12-06 11:12:16
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蓝紫色玻璃心

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jumper158 at 2011-12-06 11:12:16:
任何一个软件都有蛋白准备，这个模块，在这里面看，

你说的是DS里面的吧？但是我的DS中的PP不能用，还有其他软件也有这样的功能没有了呢？
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3楼2011-12-06 15:54:00
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libaowei

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
chaizhm(金币+1): 2011-12-07 09:42:24
蓝紫色玻璃心(金币+5): 2011-12-07 09:49:18
ds中，你找到原始序列，然后你直接比对序列就可以了呀
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漫漫人生路
4楼2011-12-07 09:12:51
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jumper158

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-12-08 20:27:11
引用回帖:
3楼: Originally posted by 蓝紫色玻璃心 at 2011-12-06 15:54:00:
你说的是DS里面的吧？但是我的DS中的PP不能用，还有其他软件也有这样的功能没有了呢？

薛定谔软件，autodock，gold 中都会有的，sybyl中也有
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游走于牛A与牛C之间，谁的青春不苦憋
5楼2011-12-07 18:35:55
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wnzhao

银虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-12-08 20:27:20
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-12-08 20:27:22
可以文本打开pdb文件，搜索missing可以找到丢失的residue、atom，然后使用软件（如sybyl、ds等）来处理丢失的residue、atom。
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6楼2011-12-08 16:31:51
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
★
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-12-08 20:28:09
VMD 也可以啊
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7楼2011-12-08 19:21:12
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13488143026

金虫 (著名写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2011-12-08 19:21:12
VMD 也可以啊

vmd怎么处理啊，谢谢
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8楼2017-08-14 14:36:50
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