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蓝紫色玻璃心

新虫 (小有名气)

[求助] pdb蛋白的处理

在对接之前要确定pdb文件里面的残基是否缺失,或者残基的突变之类的,但是这个要怎么看?谢谢
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jumper158

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
chaizhm(金币+2): 谢谢 2011-12-06 15:28:03
任何一个软件都有蛋白准备,这个模块,在这里面看,
游走于牛A与牛C之间,谁的青春不苦憋
2楼2011-12-06 11:12:16
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蓝紫色玻璃心

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by jumper158 at 2011-12-06 11:12:16:
任何一个软件都有蛋白准备,这个模块,在这里面看,

你说的是DS里面的吧?但是我的DS中的PP不能用,还有其他软件也有这样的功能没有了呢?
3楼2011-12-06 15:54:00
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libaowei

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


chaizhm(金币+1): 2011-12-07 09:42:24
蓝紫色玻璃心(金币+5): 2011-12-07 09:49:18
ds中,你找到原始序列,然后你直接比对序列就可以了呀
漫漫人生路
4楼2011-12-07 09:12:51
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jumper158

金虫 (正式写手)

★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-12-08 20:27:11
引用回帖:
3楼: Originally posted by 蓝紫色玻璃心 at 2011-12-06 15:54:00:
你说的是DS里面的吧?但是我的DS中的PP不能用,还有其他软件也有这样的功能没有了呢?

薛定谔软件,autodock,gold 中都会有的,sybyl中也有
游走于牛A与牛C之间,谁的青春不苦憋
5楼2011-12-07 18:35:55
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wnzhao

银虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-12-08 20:27:20
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-12-08 20:27:22
可以文本打开pdb文件,搜索missing可以找到丢失的residue、atom,然后使用软件(如sybyl、ds等)来处理丢失的residue、atom。
6楼2011-12-08 16:31:51
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)


御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-12-08 20:28:09
VMD 也可以啊
7楼2011-12-08 19:21:12
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13488143026

金虫 (著名写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2011-12-08 19:21:12
VMD 也可以啊

vmd怎么处理啊,谢谢
8楼2017-08-14 14:36:50
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