应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 使用Pymol进行蛋白质分子结构的比较
141/2返回列表12下一页
查看: 10300  |  回复: 13
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

allmessup

铜虫 (初入文坛)

[求助] 使用Pymol进行蛋白质分子结构的比较

请问诸位结构生物学的高手~~是不是可以用pymol将两个蛋白（同一family的）的某一个α-helix重叠以比较其他部分的差异呢~？

PS：我在coot上面实现了这个，但是把文件用pymol打开之后发现两个α-helix是平行的而没有重叠……好吧大囧~该怎么办呢。。。。？
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

1号文摘

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
Ipsascientiapotestasest.
1楼 2011-12-02 18:37:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

nnxqwei

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
wanhscn(金币+1): 不错，鼓励应助！ 2011-12-17 09:46:53
把将两个蛋白用pymol打开，先选择要重叠的不同α-helix并重新分别命名（如α-helix1和α-helix2），在右上角的α-helix1顶目中选A>align> to selection>α-helix2，就可以了吧！
赞一下(2人) 回复此楼
3楼2011-12-15 12:31:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nnxqwei

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

allmessup(金币+4): ★★★很有帮助 2011-12-23 09:43:00
引用回帖:
5楼: Originally posted by allmessup at 2011-12-17 19:24:36:
还是不行。。。就是两个会并排排列而非完全重叠、、、、、、、、、、

怎么会这样呢？你把α-helix1和α-helix2先保存下来，再用pymol只打开α-helix1和α-helix2，进行A>align>α-helix2，还不行的话，你就把PDB发给我试试看吧。。。
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2011-12-18 15:34:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nnxqwei

至尊木虫 (职业作家)
引用回帖:
9楼: Originally posted by allmessup at 2011-12-19 22:39:25:
难道是因为我的pymol是教育版的所以不行么~~~~~

我在本论坛发了最新版的pymol，安装试看吧。。。
赞一下(1人) 回复此楼
10楼2011-12-20 02:57:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

dolphin100

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

DS, VMD 轻松实现
赞一下 回复此楼
Constanteffortscanyieldsuresuccess!
2楼2011-12-06 10:06:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nnxqwei

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by nnxqwei at 2011-12-15 12:31:32:
把将两个蛋白用pymol打开，先选择要重叠的不同α-helix并重新分别命名（如α-helix1和α-helix2），在右上角的α-helix1顶目中选A>align> to selection>α-helix2，就可以了吧！

楼主你的问题解决了吗！
赞一下 回复此楼
4楼2011-12-17 09:11:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

allmessup

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by nnxqwei at 2011-12-17 09:11:42:
楼主你的问题解决了吗！

还是不行。。。就是两个会并排排列而非完全重叠、、、、、、、、、、
赞一下 回复此楼
Ipsascientiapotestasest.
5楼2011-12-17 19:24:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

月月大可

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
allmessup(金币+6): ★★★★★最佳答案 2011-12-23 09:42:39
我对比的时候在coot中讲要比对的两个分子或者两端进行锁定，然后保存叠合后的新pdb文件，在pymol中打开观察对比。
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

allmessup
7楼2011-12-19 20:28:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

allmessup

铜虫 (初入文坛)
送鲜花一朵
引用回帖:
楼: Originally posted by 月月大可 at 2011-12-19 20:28:52:
我对比的时候在coot中讲要比对的两个分子或者两端进行锁定，然后保存叠合后的新pdb文件，在pymol中打开观察对比。

是的。师姐就是教我用的这种方法可是两个cylinder就是合并不到一起去。
赞一下 回复此楼
Ipsascientiapotestasest.
8楼2011-12-19 22:38:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

allmessup

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
楼: Originally posted by nnxqwei at 2011-12-18 15:34:11:
怎么会这样呢？你把α-helix1和α-helix2先保存下来，再用pymol只打开α-helix1和α-helix2，进行A>align>α-helix2，还不行的话，你就把PDB发给我试试看吧。。。

难道是因为我的pymol是教育版的所以不行么~~~~~
赞一下 回复此楼
Ipsascientiapotestasest.
9楼2011-12-19 22:39:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 allmessup 的主题更新
141/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[硕博家园] 极限拉扯，如何抉择 +7 Isak0320 2026-10-12 10/500 2026-10-12 22:38 by 大飞鱼鱼鱼
[基金申请] 入职后第一次管课题组的专利缴费，对账才发现官费比别人多掏了一倍 +6 13108017953 2026-10-08 6/300 2026-10-12 20:07 by w3w3y3
[有机交流] OpenAI又攻克数学难题了，离AI做有机合成还有多远？ +4 wangyl_123 2026-10-10 8/400 2026-10-12 18:09 by wangyl_123
[教师之家] 课题组会帮你通过考核么？ +3 好运来～9527 2026-10-10 6/300 2026-10-12 14:55 by 简单化xn
[公派出国] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 9/450 2026-10-11 22:34 by XQNyDCa1Tk5n
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 22:26 by XQNyDCa1Tk5n
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 22:26 by XQNyDCa1Tk5n
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 9/450 2026-10-11 22:15 by XQNyDCa1Tk5n
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 22:11 by XQNyDCa1Tk5n
[教师之家] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 (EPI+-1)(金币-50) +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 22:06 by XQNyDCa1Tk5n
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 (EPI+-1)(金币-50) +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 14:25 by VOMexwnDzOFZ
[教师之家] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 (EPI+-1)(金币-50) +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 14:05 by VOMexwnDzOFZ
[考研] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 13:51 by VOMexwnDzOFZ
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 13:45 by VOMexwnDzOFZ
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 10:54 by VOMexwnDzOFZ
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 10:34 by VOMexwnDzOFZ
[考博] 招收博士生一名 +3 mandolin 2026-10-10 3/150 2026-10-11 10:21 by 不是山谷！
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 4/200 2026-10-11 03:14 by M0zrYVSAnxpE
[有机交流] 各位大佬，路线设计求助 +6 zapen 2026-10-08 8/400 2026-10-10 15:59 by zapen
[有机交流] 我应该选哪条合成路线让实验成功率高一些？ +5 jing816y 2026-10-08 9/450 2026-10-10 09:05 by zapen
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭