应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 使用Pymol进行蛋白质分子结构的比较
141/2返回列表12下一页
查看: 10160  |  回复: 13
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

allmessup

铜虫 (初入文坛)

[求助] 使用Pymol进行蛋白质分子结构的比较

请问诸位结构生物学的高手~~是不是可以用pymol将两个蛋白（同一family的）的某一个α-helix重叠以比较其他部分的差异呢~？

PS：我在coot上面实现了这个，但是把文件用pymol打开之后发现两个α-helix是平行的而没有重叠……好吧大囧~该怎么办呢。。。。？
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

1号文摘

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
Ipsascientiapotestasest.
1楼 2011-12-02 18:37:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

nnxqwei

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
wanhscn(金币+1): 不错，鼓励应助！ 2011-12-17 09:46:53
把将两个蛋白用pymol打开，先选择要重叠的不同α-helix并重新分别命名（如α-helix1和α-helix2），在右上角的α-helix1顶目中选A>align> to selection>α-helix2，就可以了吧！
赞一下(2人) 回复此楼
3楼2011-12-15 12:31:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nnxqwei

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

allmessup(金币+4): ★★★很有帮助 2011-12-23 09:43:00
引用回帖:
5楼: Originally posted by allmessup at 2011-12-17 19:24:36:
还是不行。。。就是两个会并排排列而非完全重叠、、、、、、、、、、

怎么会这样呢？你把α-helix1和α-helix2先保存下来，再用pymol只打开α-helix1和α-helix2，进行A>align>α-helix2，还不行的话，你就把PDB发给我试试看吧。。。
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2011-12-18 15:34:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nnxqwei

至尊木虫 (职业作家)
引用回帖:
9楼: Originally posted by allmessup at 2011-12-19 22:39:25:
难道是因为我的pymol是教育版的所以不行么~~~~~

我在本论坛发了最新版的pymol，安装试看吧。。。
赞一下(1人) 回复此楼
10楼2011-12-20 02:57:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

dolphin100

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

DS, VMD 轻松实现
赞一下 回复此楼
Constanteffortscanyieldsuresuccess!
2楼2011-12-06 10:06:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nnxqwei

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by nnxqwei at 2011-12-15 12:31:32:
把将两个蛋白用pymol打开，先选择要重叠的不同α-helix并重新分别命名（如α-helix1和α-helix2），在右上角的α-helix1顶目中选A>align> to selection>α-helix2，就可以了吧！

楼主你的问题解决了吗！
赞一下 回复此楼
4楼2011-12-17 09:11:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

allmessup

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by nnxqwei at 2011-12-17 09:11:42:
楼主你的问题解决了吗！

还是不行。。。就是两个会并排排列而非完全重叠、、、、、、、、、、
赞一下 回复此楼
Ipsascientiapotestasest.
5楼2011-12-17 19:24:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

月月大可

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
allmessup(金币+6): ★★★★★最佳答案 2011-12-23 09:42:39
我对比的时候在coot中讲要比对的两个分子或者两端进行锁定，然后保存叠合后的新pdb文件，在pymol中打开观察对比。
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

allmessup
7楼2011-12-19 20:28:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

allmessup

铜虫 (初入文坛)
送鲜花一朵
引用回帖:
楼: Originally posted by 月月大可 at 2011-12-19 20:28:52:
我对比的时候在coot中讲要比对的两个分子或者两端进行锁定，然后保存叠合后的新pdb文件，在pymol中打开观察对比。

是的。师姐就是教我用的这种方法可是两个cylinder就是合并不到一起去。
赞一下 回复此楼
Ipsascientiapotestasest.
8楼2011-12-19 22:38:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

allmessup

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
楼: Originally posted by nnxqwei at 2011-12-18 15:34:11:
怎么会这样呢？你把α-helix1和α-helix2先保存下来，再用pymol只打开α-helix1和α-helix2，进行A>align>α-helix2，还不行的话，你就把PDB发给我试试看吧。。。

难道是因为我的pymol是教育版的所以不行么~~~~~
赞一下 回复此楼
Ipsascientiapotestasest.
9楼2011-12-19 22:39:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 allmessup 的主题更新
141/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] filecode，4个jtjc了 +14 ziyangfang 2026-08-19 17/850 2026-08-24 18:37 by 哈哈蛤？
[基金申请] 人气不行了 +9 fansofjerry 2026-08-21 9/450 2026-08-24 17:48 by zhaozhengxin
[基金申请] 2026国自然函评费到账 +17 羊腰板 2026-08-21 19/950 2026-08-24 16:52 by iaeyuan
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +13 kulium 2026-08-21 16/800 2026-08-24 16:27 by superceng
[基金申请] 估计是周四 +4 archvillain 2026-08-18 4/200 2026-08-24 13:53 by zzuzxg
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +6 炎黄贵胄 2026-08-22 7/350 2026-08-24 11:58 by 6543yes
[基金申请] 朋友圈看到的 +7 wangzilk 2026-08-18 9/450 2026-08-24 10:50 by cmrandy
[基金申请] 让我中一个面上吧！ +13 大萍1987 2026-08-20 16/800 2026-08-24 10:23 by 太傻了
[基金申请] 放榜前的不淡定 20+4 snowwithsea 2026-08-19 17/850 2026-08-24 10:20 by echo8914667
[基金申请] 科研孤儿太难了 +18 我4大白菜 2026-08-20 19/950 2026-08-24 09:47 by 凯恩广盛催化分�
[基金申请] 明天应该可查了！？ +4 chengyan1220 2026-08-23 4/200 2026-08-24 08:47 by gloomy6159
[基金申请] 今天放榜吗？ +15 布布和一二 2026-08-19 16/800 2026-08-23 09:55 by 张春生
[基金申请] 今天基金会出结果吗？20260819 +16 kkkl_v 2026-08-19 17/850 2026-08-22 16:12 by 阿布Abu
[基金申请] 看来今天不会放榜了？ +8 chengyan1220 2026-08-21 11/550 2026-08-21 17:52 by dcqxinyang
[基金申请] 时间戳又变了 +13 wuchongjun 2026-08-20 19/950 2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧？ +4 哈哈蛤？ 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[论文投稿] 投稿咨询 +5 wwm09 2026-08-17 7/350 2026-08-21 10:11 by 期刊论文帮手
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
[基金申请] 明天放榜？ +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭