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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 使用Pymol进行蛋白质分子结构的比较
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allmessup

铜虫 (初入文坛)

[求助] 使用Pymol进行蛋白质分子结构的比较

请问诸位结构生物学的高手~~是不是可以用pymol将两个蛋白（同一family的）的某一个α-helix重叠以比较其他部分的差异呢~？

PS：我在coot上面实现了这个，但是把文件用pymol打开之后发现两个α-helix是平行的而没有重叠……好吧大囧~该怎么办呢。。。。？
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Ipsascientiapotestasest.
1楼 2011-12-02 18:37:38
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

nnxqwei

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
wanhscn(金币+1): 不错，鼓励应助！ 2011-12-17 09:46:53
把将两个蛋白用pymol打开，先选择要重叠的不同α-helix并重新分别命名（如α-helix1和α-helix2），在右上角的α-helix1顶目中选A>align> to selection>α-helix2，就可以了吧！
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3楼2011-12-15 12:31:32
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nnxqwei

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

allmessup(金币+4): ★★★很有帮助 2011-12-23 09:43:00
引用回帖:
5楼: Originally posted by allmessup at 2011-12-17 19:24:36:
还是不行。。。就是两个会并排排列而非完全重叠、、、、、、、、、、

怎么会这样呢？你把α-helix1和α-helix2先保存下来，再用pymol只打开α-helix1和α-helix2，进行A>align>α-helix2，还不行的话，你就把PDB发给我试试看吧。。。
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6楼2011-12-18 15:34:11
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nnxqwei

至尊木虫 (职业作家)
引用回帖:
9楼: Originally posted by allmessup at 2011-12-19 22:39:25:
难道是因为我的pymol是教育版的所以不行么~~~~~

我在本论坛发了最新版的pymol，安装试看吧。。。
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10楼2011-12-20 02:57:33
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普通回帖

dolphin100

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

DS, VMD 轻松实现
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Constanteffortscanyieldsuresuccess!
2楼2011-12-06 10:06:56
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nnxqwei

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by nnxqwei at 2011-12-15 12:31:32:
把将两个蛋白用pymol打开，先选择要重叠的不同α-helix并重新分别命名（如α-helix1和α-helix2），在右上角的α-helix1顶目中选A>align> to selection>α-helix2，就可以了吧！

楼主你的问题解决了吗！
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4楼2011-12-17 09:11:42
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allmessup

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by nnxqwei at 2011-12-17 09:11:42:
楼主你的问题解决了吗！

还是不行。。。就是两个会并排排列而非完全重叠、、、、、、、、、、
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Ipsascientiapotestasest.
5楼2011-12-17 19:24:36
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月月大可

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
allmessup(金币+6): ★★★★★最佳答案 2011-12-23 09:42:39
我对比的时候在coot中讲要比对的两个分子或者两端进行锁定，然后保存叠合后的新pdb文件，在pymol中打开观察对比。
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allmessup
7楼2011-12-19 20:28:52
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allmessup

铜虫 (初入文坛)
送鲜花一朵
引用回帖:
楼: Originally posted by 月月大可 at 2011-12-19 20:28:52:
我对比的时候在coot中讲要比对的两个分子或者两端进行锁定，然后保存叠合后的新pdb文件，在pymol中打开观察对比。

是的。师姐就是教我用的这种方法可是两个cylinder就是合并不到一起去。
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Ipsascientiapotestasest.
8楼2011-12-19 22:38:27
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allmessup

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
楼: Originally posted by nnxqwei at 2011-12-18 15:34:11:
怎么会这样呢？你把α-helix1和α-helix2先保存下来，再用pymol只打开α-helix1和α-helix2，进行A>align>α-helix2，还不行的话，你就把PDB发给我试试看吧。。。

难道是因为我的pymol是教育版的所以不行么~~~~~
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Ipsascientiapotestasest.
9楼2011-12-19 22:39:25
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