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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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allmessup

铜虫 (初入文坛)

[求助] 使用Pymol进行蛋白质分子结构的比较

请问诸位结构生物学的高手~~是不是可以用pymol将两个蛋白(同一family的)的某一个α-helix重叠以比较其他部分的差异呢~?

PS:我在coot上面实现了这个,但是把文件用pymol打开之后发现两个α-helix是平行的而没有重叠……好吧大囧~该怎么办呢。。。。?
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Ipsascientiapotestasest.
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nnxqwei

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
wanhscn(金币+1): 不错,鼓励应助! 2011-12-17 09:46:53
把将两个蛋白用pymol打开,先选择要重叠的不同α-helix并重新分别命名(如α-helix1和α-helix2),在右上角的α-helix1顶目中选A>align> to selection>α-helix2,就可以了吧!
3楼2011-12-15 12:31:32
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nnxqwei

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

allmessup(金币+4): ★★★很有帮助 2011-12-23 09:43:00
引用回帖:
5楼: Originally posted by allmessup at 2011-12-17 19:24:36:
还是不行。。。就是两个会并排排列而非完全重叠、、、、、、、、、、

怎么会这样呢?你把α-helix1和α-helix2先保存下来,再用pymol只打开α-helix1和α-helix2,进行A>align>α-helix2,还不行的话,你就把PDB发给我试试看吧。。。
6楼2011-12-18 15:34:11
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nnxqwei

至尊木虫 (职业作家)

引用回帖:
9楼: Originally posted by allmessup at 2011-12-19 22:39:25:
难道是因为我的pymol是教育版的所以不行么~~~~~

我在本论坛发了最新版的pymol,安装试看吧。。。
10楼2011-12-20 02:57:33
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普通回帖

dolphin100

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

DS, VMD 轻松实现
Constanteffortscanyieldsuresuccess!
2楼2011-12-06 10:06:56
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nnxqwei

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by nnxqwei at 2011-12-15 12:31:32:
把将两个蛋白用pymol打开,先选择要重叠的不同α-helix并重新分别命名(如α-helix1和α-helix2),在右上角的α-helix1顶目中选A>align> to selection>α-helix2,就可以了吧!

楼主你的问题解决了吗!
4楼2011-12-17 09:11:42
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allmessup

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by nnxqwei at 2011-12-17 09:11:42:
楼主你的问题解决了吗!

还是不行。。。就是两个会并排排列而非完全重叠、、、、、、、、、、
Ipsascientiapotestasest.
5楼2011-12-17 19:24:36
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月月大可

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
allmessup(金币+6): ★★★★★最佳答案 2011-12-23 09:42:39
我对比的时候在coot中讲要比对的两个分子或者两端进行锁定,然后保存叠合后的新pdb文件,在pymol中打开观察对比。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

7楼2011-12-19 20:28:52
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allmessup

铜虫 (初入文坛)

送鲜花一朵
引用回帖:
: Originally posted by 月月大可 at 2011-12-19 20:28:52:
我对比的时候在coot中讲要比对的两个分子或者两端进行锁定,然后保存叠合后的新pdb文件,在pymol中打开观察对比。

是的。师姐就是教我用的这种方法可是两个cylinder就是合并不到一起去。
Ipsascientiapotestasest.
8楼2011-12-19 22:38:27
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allmessup

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
: Originally posted by nnxqwei at 2011-12-18 15:34:11:
怎么会这样呢?你把α-helix1和α-helix2先保存下来,再用pymol只打开α-helix1和α-helix2,进行A>align>α-helix2,还不行的话,你就把PDB发给我试试看吧。。。

难道是因为我的pymol是教育版的所以不行么~~~~~
Ipsascientiapotestasest.
9楼2011-12-19 22:39:25
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