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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » Sybyl 3D-QSAR Q^2为负
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thunderay

铁杆木虫 (小有名气)

[求助] Sybyl 3D-QSAR Q^2为负

在用Sybyl进行3D-QSAR拟合时
IC50与Comfa值做PLS分析
Q^2总是小于零
之前已进行过分子优化和叠合
应该如何调整？
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1楼 2011-11-30 19:46:12
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

bbslover

金虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by sunmuer at 2012-01-08 20:08:55:
基于分子对接 的定量构效关系？能否举个例子？

就是你docking之后，所有分子自动叠合到一起，就用这个叠合来做comfa，而不需要sybyl的database alignment了。
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8楼2012-01-08 20:32:37
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普通回帖

景宿

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
chaizhm(金币+2): 谢谢 2011-11-30 20:37:21
thunderay(金币+1): 电荷在结构优化的时候加上了（G-H），化合物有公共骨架的，以此为基础进行的叠合 2011-11-30 20:44:13
电荷有没有加上，然后你可以重新换骨架再叠合下，你选择的分子结构是不是比较相似
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2楼2011-11-30 20:35:01
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ky96998

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
御剑江湖(金币+5): 谢谢，欢迎常来分子模拟板块。 2011-12-21 18:42:58
thunderay(金币+2): ★★★很有帮助 谢谢，我做的是基于骨架的叠合，可能是叠合时都已经用了之前优化好的构象，但是在叠合的时候不能用多构象进行叠合；数据都是自己实验室近期做出来的，也可能本身就不是很好。 2011-12-22 08:54:41
1、造成这种结果主要是分子叠合的问题，不知道楼主是基于骨架的叠合还是基于分子对接的叠合，分子叠合不仅基本骨架要叠合好，每一个分子的基团构象都非常重要，主要药效元素基团要尽量和配体分子相近。
2、活性数据关系也很大，首先检验数据转换有没有问题，其次要考虑原始活性数据有没有出错（这个不太容易，如果文献较多时可以多方面参考来分析原始活性数据的可靠性）；另外，你找的活性数据是不是同一实验室的同一实验方法同一实验条件下做出来的，也就是说活性数据必须具有可比性。
根据经验，主要还是叠合的问题，建议多换构象，多做叠合，多做几次
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3楼2011-12-21 16:16:34
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ky96998

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+5): 鼓励交流 2012-01-04 19:17:00
引用回帖:
3楼: Originally posted by ky96998 at 2011-12-21 16:16:34:
1、造成这种结果主要是分子叠合的问题，不知道楼主是基于骨架的叠合还是基于分子对接的叠合，分子叠合不仅基本骨架要叠合好，每一个分子的基团构象都非常重要，主要药效元素基团要尽量和配体分子相近。
2、活性数 ...

如果有受体蛋白结构，而且药效元素作用关系明确的情况下建议楼主做基于分子对接的定量构效关系研究，基于分子能量优化来选取构象本来就不太合适，基于骨架的叠合也不合理，因为分子根据基团体积、电性等因素基本骨架不可能固定在一个位置上，从目前的论文来看，基于骨架叠合的研究已经很少了，基本都是基于分子对接的研究。
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4楼2012-01-04 15:47:57
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bbslover

金虫 (正式写手)
建议：多学一些分子动力学方面的知识吧。Comfa和Comsia现在有点过时了，发文章比较苦难了。
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5楼2012-01-07 20:48:13
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thunderay

铁杆木虫 (小有名气)
引用回帖:
楼: Originally posted by bbslover at 2012-01-07 20:48:13:
建议：多学一些分子动力学方面的知识吧。Comfa和Comsia现在有点过时了，发文章比较苦难了。

谢谢
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6楼2012-01-08 12:41:42
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sunmuer

木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by ky96998 at 2012-01-04 15:47:57:
如果有受体蛋白结构，而且药效元素作用关系明确的情况下建议楼主做基于分子对接的定量构效关系研究，基于分子能量优化来选取构象本来就不太合适，基于骨架的叠合也不合理，因为分子根据基团体积、电性等因素基本 ...

基于分子对接 的定量构效关系？能否举个例子？
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出清水而不染
7楼2012-01-08 20:08:55
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ky96998

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by bbslover at 2012-01-07 20:48:13:
建议：多学一些分子动力学方面的知识吧。Comfa和Comsia现在有点过时了，发文章比较苦难了。

我觉得Comfa和Comsia做定量构效关系很有用，从事药物研发的目的是为了发明新药、改进药物，有用的方法我们都应该掌握，而不是为了发表几篇论文。
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9楼2012-01-08 20:45:59
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bbslover

金虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by ky96998 at 2012-01-08 20:45:59:
我觉得Comfa和Comsia做定量构效关系很有用，从事药物研发的目的是为了发明新药、改进药物，有用的方法我们都应该掌握，而不是为了发表几篇论文。

你说的是有道理！
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10楼2012-01-08 23:41:38
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