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thunderay铁杆木虫 (小有名气)
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[求助]
Sybyl 3D-QSAR Q^2为负
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在用Sybyl进行3D-QSAR拟合时 IC50与Comfa值做PLS分析 Q^2总是小于零 之前已进行过分子优化和叠合 应该如何调整？ |
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【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
御剑江湖(金币+5): 谢谢，欢迎常来分子模拟板块。 2011-12-21 18:42:58
thunderay(金币+2): ★★★很有帮助 谢谢，我做的是基于骨架的叠合，可能是叠合时都已经用了之前优化好的构象，但是在叠合的时候不能用多构象进行叠合；数据都是自己实验室近期做出来的，也可能本身就不是很好。 2011-12-22 08:54:41
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御剑江湖(金币+5): 谢谢，欢迎常来分子模拟板块。 2011-12-21 18:42:58
thunderay(金币+2): ★★★很有帮助 谢谢，我做的是基于骨架的叠合，可能是叠合时都已经用了之前优化好的构象，但是在叠合的时候不能用多构象进行叠合；数据都是自己实验室近期做出来的，也可能本身就不是很好。 2011-12-22 08:54:41
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1、造成这种结果主要是分子叠合的问题，不知道楼主是基于骨架的叠合还是基于分子对接的叠合，分子叠合不仅基本骨架要叠合好，每一个分子的基团构象都非常重要，主要药效元素基团要尽量和配体分子相近。 2、活性数据关系也很大，首先检验数据转换有没有问题，其次要考虑原始活性数据有没有出错（这个不太容易，如果文献较多时可以多方面参考来分析原始活性数据的可靠性）；另外，你找的活性数据是不是同一实验室的同一实验方法同一实验条件下做出来的，也就是说活性数据必须具有可比性。 根据经验，主要还是叠合的问题，建议多换构象，多做叠合，多做几次 |
3楼2011-12-21 16:16:34
4楼2012-01-04 15:47:57
9楼2012-01-08 20:45:59