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墨池

银虫 (小有名气)

[求助] RAPD标记有问题,虚心请教。。。。

条件优化结束,确定体系后,已经开始做多态性了。但做了几个引物就出问题了,找了很久,也不知道是什么原因,求教高手。
图1(做的比较好)
图2 (从某一天开始,所有的多态性都跟这个差不错,背景特别亮)


紧急呼救啊。。。
图2



图1

[ Last edited by 墨池 on 2011-11-30 at 10:11 ]
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阳光暖暖的,心情暖暖的,努力做个精致的女人!
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航航宝贝

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
amisking(金币+3, MolEPI+1): 鼓励发帖交流。 2011-11-30 18:28:57
RAPD技术是建立在PCR技术的基础上,它用一系列(通常数百个)不同的随机排列碱基序列的寡核苷酸单链(一般为10个bp)作为引物,对所研究的基因组DNA进行单引物扩增。模板DNA经90—94变性 解链后在较低温度(36~37℃)下退火,这时形成的单链模板会有许多位点与引物互补配对,在 72℃下,通过链延伸,形成双链结构,完成DNA合成。重复上述过程,即可产生片段大小不等的扩增产物,通过电泳分离和显色便可得到许多不同的条带,从中 筛选出特征性条带。扩增产物片段的多态性反映了基因组DNA的多态性。如果基因组在这些区域内发生DNA片段插入、缺失或碱基突变就可能导致这些特定结合 位点的分布发生相应的变化,而使PCR产物增加、缺少或发生分子量的改变。因此,通过对PCR产物的检测即可测出基因组DNA在这些区域的多态性。进行 RAPD分析时,可用引物的数量很大,虽然对每个引物而言,其检测基因组DNA多态性的区域是有限的,但是利用一系列引物则可以使检测区域几乎覆盖整个基 因组。因此,RAPD可以对整个基因组DNA进行多态性检测。

RAPD技术的优点:
①不使用同位素,减少了对工作人员健康的危害;
②可以在物种没有任何分子生物学研究 的情况下分析其DNA多态性;
③对模板 DNA的纯度要求不高;
④技术简单,无需克隆DNA探针,无需进行分子杂交;
⑤灵敏度高,可提供丰富的多态性;
⑥RAPD引物没有严格的种属界限,同一套 引物可以应用于任何一种生物的研究,因而具有广泛性、通用性。

但是,RAPD技术较易受到各种因素的影响。无论是模板的质量和浓度,短的引物序列,PCR的循环次数,基因组DNA的复杂性,技术设备等,都有可 能是RAPD技术重复性差的直接原因。目前,多从以下几个方面来提高反应的稳定性:
①操作规范,反应体系的组成要力求一致,尽可能地使RAPD反应标准 化;
②提高扩增片段的分辨率;
③将RAPD标记转化为SCAR标记后再进行常规的PCR分析,可以提高反应的稳定性及可靠性。
加油,博友们
3楼2011-11-30 10:45:40
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航航宝贝

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
wanhscn(金币+4): 鼓励应助! 2011-11-30 16:39:31
胶没问题,应该是PCR的问题,模板浓度调低点,酶的浓度也低点,做个梯度试试
加油,博友们
2楼2011-11-30 10:43:03
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bluysky0902

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


wanhscn(金币+1): 有道理! 2011-11-30 16:39:52
试剂全换成新的试试,或者把新配的引物拿来试试,2种方案都试试看能不能解决~
4楼2011-11-30 10:50:45
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星晴xinqing

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
wanhscn(金币+1): 有一定的道理! 2011-12-01 12:45:15
wanhscn(金币+4): 鼓励新虫友回帖!很好! 2011-12-01 12:45:32
成像检测的时候把光圈调小一点,电泳液也换一下再看看?
5楼2011-11-30 16:44:47
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