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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » 求助一个比较菜的问题：游离的水分子上的氢怎么加？
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cxydujuan

金虫 (小有名气)

[求助] 求助一个比较菜的问题：游离的水分子上的氢怎么加？

请教高人们，游离的水分子上面的氢分子怎么加啊？
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1楼2011-11-24 22:57:40
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zjchen

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
lichun1210(金币+1): 感谢交流~ 2011-11-25 02:12:26
cxydujuan(金币+2): 2011-11-26 08:27:25
用dfix命令，注意键长，键角。
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每天都很痛苦
2楼2011-11-24 23:53:38
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Giji521

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
drg1984(金币+1): 欢迎来晶体版发帖交流问题！ 2011-11-25 08:44:42
cxydujuan(金币+2): 2011-11-25 15:57:14
可以把与O连接的Q峰命名为H原子，不过要根据键长判断哪个可能是O-H键，然后将其命名H 就行了
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3楼2011-11-25 08:35:40
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cxydujuan

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by Giji521 at 2011-11-25 08:35:40:
可以把与O连接的Q峰命名为H原子，不过要根据键长判断哪个可能是O-H键，然后将其命名H 就行了

想要理论加氢怎么办？
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4楼2011-11-25 09:13:19
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cxydujuan

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zjchen at 2011-11-24 23:53:38:
用dfix命令，注意键长，键角。

是在.res文件里加上dfix命令再计算吗？这样就可以理论加氢了？我真的不太懂。还得麻烦你
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5楼2011-11-25 09:15:03
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Giji521

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
木瓜少爷(金币+1): 鼓励回帖交流～ 2011-11-25 16:19:12
引用回帖:
4楼: Originally posted by cxydujuan at 2011-11-25 09:13:19:
想要理论加氢怎么办？

直接输入HADD就好了~~
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6楼2011-11-25 14:00:07
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cxydujuan

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by Giji521 at 2011-11-25 14:00:07:
直接输入HADD就好了~~

是在.res里输入吗？
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7楼2011-11-25 15:58:54
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jinhongguang

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

cxydujuan(金币+5): 2011-11-26 08:19:14
cxydujuan(金币+5): 2011-11-26 08:19:51
我一般是Q峰加氢 在游离水的O原子附近找两个Q峰（距离，角度适宜），然后再在RES里用DFIX限制键长，键角就可以了
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Jeson
8楼2011-11-25 17:18:51
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zhonggao18

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

cxydujuan(金币+10): 2011-11-26 08:20:04
木瓜少爷(CMEI+1): 奖励CMEI一枚~ 2011-11-26 12:54:46
这个比较麻烦，你要是加上的氢没有受体的话就会有错误，如果是结晶水的可以不加。
要加的话，先计算一下氢键，然后Xp里面hadd加氢。
但是要在ins文件中进行键长夹角的限定。而且氢的震动参数要改成-1.5
以o1w为例
dfix 0.85 0.01 o1w h1wa
dfix 0.85 0.01 o1w h1wb
dfix 1.34 0.01  h1wa h1wb
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9楼2011-11-25 18:08:38
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