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MS金属氧化物表面吸附有机物平衡问题
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我用MS模拟金属氧化物表面吸附有机物分子时，切割一个表面，然后将有机分子用建层的方法放在表面，然后再加上0.3nm的真空层，盒子的尺寸为1.1*1.1*6.3nm，优化好结构后，再进行200ps的动力学模拟，温度为338K，NVT系综，可最后的输出文件中，温度上下波动有30K，能量波动有20kcal/mol左右 ，加大模拟时间也不能平衡 这是不是表示体系没有达到平衡状态，如何改才能平衡？ 另外计算有机分子的RMSD，最后出没有成直线。 |
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4楼2012-01-01 14:09:15
beibeichem
铁虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 679.6
- 帖子: 62
- 在线: 39.9小时
- 虫号: 1452237
- 注册: 2011-10-20
- 性别: GG
- 专业: 金属基复合材料
2楼2011-11-25 10:48:26
3楼2011-11-25 11:13:58
5楼2012-02-20 16:22:14