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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs中genion报错
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yjr

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] gromacs中genion报错

gromacs 命令为genion -s em.tpr -p temp.top -o sol_ion.gro -pname CU -np6 -nname CL- -nn 12 -random
我的temp.top文件：
; The force field files to be include
#include "oplsaa.ff/forcefield.itp"
#include "CH122cooh4.itp"
#include "oplsaa.ff/spce.itp"
[ system ]
; Name
Graphite_sheets_in water


[ molecules ]
; Compound        #mols
DND               1

SOL              3618

命令报错
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1楼 2011-11-20 21:21:25
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-11-29 12:04:28
SOL 是钠离子吧？
你似乎应该检查一下你的力场文件（.itp） 中有没有钠离子的力场？然后力场中的钠离子名字和你帖子中是否一致。
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2楼2011-11-28 21:26:19
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yjr

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2011-11-28 21:26:19:
SOL 是钠离子吧？
你似乎应该检查一下你的力场文件（.itp） 中有没有钠离子的力场？然后力场中的钠离子名字和你帖子中是否一致。

SOL是水分子，力场中有NA的
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3楼2011-11-28 21:39:11
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

.

[ Last edited by jiaoyixiong on 2012-10-18 at 13:59 ]
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4楼2012-10-18 13:58:19
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2011-11-28 21:26:19
SOL 是钠离子吧？
你似乎应该检查一下你的力场文件（.itp） 中有没有钠离子的力场？然后力场中的钠离子名字和你帖子中是否一致。

有点奇怪，这哥们加的阴离子是氯，阳离子是铜，是不是在itp里都没有写进去啊？
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5楼2012-10-18 14:08:09
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-10-19 09:08:04
引用回帖:
5楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-10-18 14:08:09
有点奇怪，这哥们加的阴离子是氯，阳离子是铜，是不是在itp里都没有写进去啊？...

可能是他截图没有截下来，他这样的问题我也遇到过，就是在XP下编辑的 .top 文件，上传到linux下运行，就会提示出错，用个dos2unix 命令转换一下就行了
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6楼2012-10-18 14:30:38
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