应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs中genion报错
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
61/1返回列表
查看: 930  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

yjr

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] gromacs中genion报错

gromacs 命令为genion -s em.tpr -p temp.top -o sol_ion.gro -pname CU -np6 -nname CL- -nn 12 -random
我的temp.top文件：
; The force field files to be include
#include "oplsaa.ff/forcefield.itp"
#include "CH122cooh4.itp"
#include "oplsaa.ff/spce.itp"
[ system ]
; Name
Graphite_sheets_in water


[ molecules ]
; Compound        #mols
DND               1

SOL              3618

命令报错
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2011-11-20 21:21:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-11-29 12:04:28
SOL 是钠离子吧？
你似乎应该检查一下你的力场文件（.itp） 中有没有钠离子的力场？然后力场中的钠离子名字和你帖子中是否一致。
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2011-11-28 21:26:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yjr

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2011-11-28 21:26:19:
SOL 是钠离子吧？
你似乎应该检查一下你的力场文件（.itp） 中有没有钠离子的力场？然后力场中的钠离子名字和你帖子中是否一致。

SOL是水分子，力场中有NA的
赞一下 回复此楼
3楼2011-11-28 21:39:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

.

[ Last edited by jiaoyixiong on 2012-10-18 at 13:59 ]
赞一下 回复此楼
4楼2012-10-18 13:58:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2011-11-28 21:26:19
SOL 是钠离子吧？
你似乎应该检查一下你的力场文件（.itp） 中有没有钠离子的力场？然后力场中的钠离子名字和你帖子中是否一致。

有点奇怪，这哥们加的阴离子是氯，阳离子是铜，是不是在itp里都没有写进去啊？
赞一下 回复此楼
5楼2012-10-18 14:08:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-10-19 09:08:04
引用回帖:
5楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-10-18 14:08:09
有点奇怪，这哥们加的阴离子是氯，阳离子是铜，是不是在itp里都没有写进去啊？...

可能是他截图没有截下来，他这样的问题我也遇到过，就是在XP下编辑的 .top 文件，上传到linux下运行，就会提示出错，用个dos2unix 命令转换一下就行了
赞一下 回复此楼
6楼2012-10-18 14:30:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 yjr 的主题更新
61/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 290求调剂 +3 dfffsar 2026-03-29 3/150 2026-03-29 22:38 by 毛毛毛阿莫2
[考研] 327求调剂 +3 小卡不卡. 2026-03-29 3/150 2026-03-29 22:29 by 无际的草原
[考研] 085601材料工程找调剂 +14 oatmealR 2026-03-29 15/750 2026-03-29 21:48 by plmuchong
[考研] 化学工程085602 305分求调剂 +22 RichLi_ 2026-03-25 22/1100 2026-03-29 19:51 by 无际的草原
[考研] 070300化学354求调剂 +6 101次希望 2026-03-28 6/300 2026-03-29 12:57 by 无际的草原
[考研] 本科新能源科学与工程，一志愿华理能动285求调剂 +7 AZMK 2026-03-28 11/550 2026-03-28 21:01 by xxxsssccc
[考研] 083000学硕274求调剂 +8 Li李鱼 2026-03-26 8/400 2026-03-28 20:33 by 加油向未来啊
[考研] 一志愿北化085600材料专硕275|有文章专利｜求调剂 +7 Micky11223 2026-03-25 7/350 2026-03-28 18:34 by 无际的草原
[考研] 压国家一区线，求导师收留，有恩必谢！ +7 迷人的哈哈 2026-03-28 7/350 2026-03-28 16:47 by 催化大白
[考研] 求调剂 +6 芦lty 2026-03-25 7/350 2026-03-28 13:13 by 唐沐儿
[考研] 291求调剂 +15 hhhhxn.. 2026-03-23 21/1050 2026-03-28 11:26 by self2008
[考研] 311求调剂 +3 希望上岸阿小杨 2026-03-23 3/150 2026-03-28 07:57 by 热情沙漠
[考研] 求调剂推荐 材料 304 +15 荷包蛋hyj 2026-03-26 15/750 2026-03-28 04:13 by fmesaito
[考研] 279 分 求调剂 +4 睡个好觉_16 2026-03-24 4/200 2026-03-27 15:05 by 醉在风里
[考研] 284求调剂 +11 junqihahaha 2026-03-26 12/600 2026-03-27 04:37 by wxiongid
[考研] 325求调剂 +5 李嘉图·S·路 2026-03-23 5/250 2026-03-27 00:42 by wxiongid
[考研] 一志愿河工大 081700 276求调剂 +4 地球绕着太阳转 2026-03-23 4/200 2026-03-26 14:27 by zzll406
[考研] 309求调剂 +4 gajsj 2026-03-25 5/250 2026-03-26 00:27 by Dyhoer
[考研] 285求调剂 +3 AZMK 2026-03-24 3/150 2026-03-25 12:23 by userper
[论文投稿] 急发核心期刊论文 +3 贤达问津 2026-03-23 5/250 2026-03-23 17:13 by 妹子不好惹
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭