24小时热门版块排行榜    

查看: 859  |  回复: 5

yjr

铁杆木虫 (正式写手)

[求助] gromacs中genion报错

gromacs 命令为genion -s em.tpr -p temp.top -o sol_ion.gro -pname CU -np6 -nname CL- -nn 12 -random
我的temp.top文件:
; The force field files to be include
#include "oplsaa.ff/forcefield.itp"
#include "CH122cooh4.itp"
#include "oplsaa.ff/spce.itp"
[ system ]
; Name
Graphite_sheets_in water


[ molecules ]
; Compound        #mols
DND               1

SOL              3618

命令报错
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-11-29 12:04:28
SOL 是钠离子吧?
你似乎应该检查一下你的力场文件(.itp) 中有没有钠离子的力场?然后力场中的钠离子名字和你帖子中是否一致。
2楼2011-11-28 21:26:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yjr

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2011-11-28 21:26:19:
SOL 是钠离子吧?
你似乎应该检查一下你的力场文件(.itp) 中有没有钠离子的力场?然后力场中的钠离子名字和你帖子中是否一致。

SOL是水分子,力场中有NA的
3楼2011-11-28 21:39:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

.

[ Last edited by jiaoyixiong on 2012-10-18 at 13:59 ]
4楼2012-10-18 13:58:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2011-11-28 21:26:19
SOL 是钠离子吧?
你似乎应该检查一下你的力场文件(.itp) 中有没有钠离子的力场?然后力场中的钠离子名字和你帖子中是否一致。

有点奇怪,这哥们加的阴离子是氯,阳离子是铜,是不是在itp里都没有写进去啊?
5楼2012-10-18 14:08:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

★ ★
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-10-19 09:08:04
引用回帖:
5楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-10-18 14:08:09
有点奇怪,这哥们加的阴离子是氯,阳离子是铜,是不是在itp里都没有写进去啊?...

可能是他截图没有截下来,他这样的问题我也遇到过,就是在XP下编辑的 .top 文件,上传到linux下运行,就会提示出错,用个dos2unix 命令转换一下就行了
6楼2012-10-18 14:30:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 yjr 的主题更新
信息提示
请填处理意见