应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 计算原子配位成键时如何考虑周期性边界？
91/1返回列表
查看: 1234  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

hongyesies

金虫 (正式写手)

[交流] 计算原子配位成键时如何考虑周期性边界？

比如一个体系，盒子的空间向量为：
a1   a2   a3
b1   b2   b3
c1   c2   c3

我想编程计算配位数，需要考虑周期性边界，对于边界上的原子该如何处理呢？
我知道只要两原子距离超过盒子半长就可以做一个镜像变换来计算距离，但对于上面的向量，具体该如何编程实现？
比如计算到p(x1,y1,z1)和q(x2,y2,z2)两个原子的距离时，先要判断是否需要做镜像变换，该怎么判断，如何处理？

我画了半小时头都晕了，还请指教！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2011-11-15 01:04:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xys008

金虫 (小有名气)
★
hongyesies(金币+1):谢谢参与
路过支持，共同探讨。
回复此楼
4楼2011-11-15 20:49:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

rongocean

新虫 (初入文坛)
★
hongyesies(金币+1):谢谢参与
任意向量的盒子，都可以有周期性边界条件
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2011-11-16 10:21:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hongyesies

金虫 (正式写手)
期待高手出现……
PS.  金币就这样被水走了..
赞一下 回复此楼
7楼2011-11-16 10:37:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gswylq

木虫 (正式写手)
★
hongyesies(金币+1): 谢谢参与
楼主，问题解决了吗？能否给我指点一下，计算配位数如何考虑周期性边界条件？
赞一下 回复此楼
9楼2013-09-12 17:11:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
ira_yuan2楼
2011-11-15 09:44   回复  
hongyesies(金币+1):谢谢参与
8399677813楼
2011-11-15 10:46   回复  
hongyesies(金币+1):谢谢参与
hongyesies5楼
2011-11-15 23:08   回复  
hill2005388楼
2012-04-20 11:26   回复  
hongyesies(金币+1): 谢谢参与
引用回帖:
4000074楼: Originally posted by hongyesies at 2011-11-16 10:37:42: 期待高手出现…… PS. 金币就这样被水走了..

相关版块跳转 我要订阅楼主 hongyesies 的主题更新
91/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 uKOSCocCb6Fm 2026-11-12 7/350 2026-11-15 03:32 by xSrQNSSjcgoX
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 uKOSCocCb6Fm 2026-11-12 5/250 2026-11-15 03:21 by xSrQNSSjcgoX
[公派出国] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 uKOSCocCb6Fm 2026-11-12 7/350 2026-11-15 02:48 by xSrQNSSjcgoX
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 G2rhSvqvhNzl 2026-11-10 6/300 2026-11-15 00:24 by Equinoxhua
[基金申请] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 TZqyNTBa07NP 2026-11-13 3/150 2026-11-14 20:11 by KXypaGgBBlw7
[考研] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +8 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 9/450 2026-11-13 11:11 by Equinoxhua
[考博] 27博士申请（市政/环境） +3 ladf 2026-11-12 3/150 2026-11-13 08:19 by Equinoxhua
[教师之家] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +6 C6CRn66RYYXS 2026-11-10 6/300 2026-11-13 04:21 by Equinoxhua
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 TgvkbZZl9tqB 2026-11-11 4/200 2026-11-12 12:51 by ECLTXnJnRSXf
[考博] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 cdqGD6ftHmbl 2026-11-11 5/250 2026-11-12 12:28 by ECLTXnJnRSXf
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-10 4/200 2026-11-12 11:22 by HajghKOMynmz
[基金申请] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 czAiolzR0IJC 2026-11-10 9/450 2026-11-12 11:11 by HajghKOMynmz
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 czAiolzR0IJC 2026-11-10 7/350 2026-11-12 11:11 by HajghKOMynmz
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 gRND4NVAZ8VG 2026-11-11 3/150 2026-11-12 07:42 by HajghKOMynmz
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +6 FChKX8meu1ds 2026-11-09 9/450 2026-11-12 05:19 by 9fOTqj074tIg
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 FChKX8meu1ds 2026-11-09 7/350 2026-11-12 05:19 by 9fOTqj074tIg
[基金申请] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 FChKX8meu1ds 2026-11-09 7/350 2026-11-12 05:19 by 9fOTqj074tIg
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 8/400 2026-11-12 04:57 by 9fOTqj074tIg
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +6 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 9/450 2026-11-12 04:57 by 9fOTqj074tIg
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +6 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 7/350 2026-11-12 00:44 by 9fOTqj074tIg
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭