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计算原子配位成键时如何考虑周期性边界?
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比如一个体系,盒子的空间向量为: a1 a2 a3 b1 b2 b3 c1 c2 c3 我想编程计算配位数,需要考虑周期性边界,对于边界上的原子该如何处理呢? 我知道只要两原子距离超过盒子半长就可以做一个镜像变换来计算距离,但对于上面的向量,具体该如何编程实现? 比如计算到p(x1,y1,z1)和q(x2,y2,z2)两个原子的距离时,先要判断是否需要做镜像变换,该怎么判断,如何处理? 我画了半小时头都晕了,还请指教! |
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4楼2011-11-15 20:49:24
6楼2011-11-16 10:21:05
7楼2011-11-16 10:37:42
9楼2013-09-12 17:11:10
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ira_yuan2楼
2011-11-15 09:44
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hongyesies(金币+1):谢谢参与
2011-11-15 10:46
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hongyesies(金币+1):谢谢参与
2011-11-15 23:08
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2012-04-20 11:26
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hongyesies(金币+1): 谢谢参与










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