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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » 计算原子配位成键时如何考虑周期性边界？
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hongyesies

金虫 (正式写手)

[交流] 计算原子配位成键时如何考虑周期性边界？

比如一个体系，盒子的空间向量为：
a1   a2   a3
b1   b2   b3
c1   c2   c3

我想编程计算配位数，需要考虑周期性边界，对于边界上的原子该如何处理呢？
我知道只要两原子距离超过盒子半长就可以做一个镜像变换来计算距离，但对于上面的向量，具体该如何编程实现？
比如计算到p(x1,y1,z1)和q(x2,y2,z2)两个原子的距离时，先要判断是否需要做镜像变换，该怎么判断，如何处理？

我画了半小时头都晕了，还请指教！
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1楼 2011-11-15 01:04:33
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xys008

金虫 (小有名气)
★
hongyesies(金币+1):谢谢参与
路过支持，共同探讨。
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4楼2011-11-15 20:49:24
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rongocean

新虫 (初入文坛)
★
hongyesies(金币+1):谢谢参与
任意向量的盒子，都可以有周期性边界条件
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2011-11-16 10:21:05
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hongyesies

金虫 (正式写手)
期待高手出现……
PS.  金币就这样被水走了..
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7楼2011-11-16 10:37:42
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gswylq

木虫 (正式写手)
★
hongyesies(金币+1): 谢谢参与
楼主，问题解决了吗？能否给我指点一下，计算配位数如何考虑周期性边界条件？
赞一下 回复此楼
9楼2013-09-12 17:11:10
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ira_yuan2楼
2011-11-15 09:44   回复  
hongyesies(金币+1):谢谢参与
8399677813楼
2011-11-15 10:46   回复  
hongyesies(金币+1):谢谢参与
hongyesies5楼
2011-11-15 23:08   回复  
hill2005388楼
2012-04-20 11:26   回复  
hongyesies(金币+1): 谢谢参与
引用回帖:
4000074楼: Originally posted by hongyesies at 2011-11-16 10:37:42: 期待高手出现…… PS. 金币就这样被水走了..

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