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chendong0625

银虫 (小有名气)

[求助] 分子动力学模拟如何设定初始距离?

例如,我要走的是碳纳米管和蛋白之间相互作用的分子动力学。
我看到文献上说的,一般设定二者中心距离为8A

我想知道,这个距离在什么地方可以设置?怎么控制
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让我们面对现实,让我们忠于理想。
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yyuan8658

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-11-14 22:11:52
一般都是靠初始构象啊
2楼2011-11-14 19:06:40
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chendong0625

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by yyuan8658 at 2011-11-14 19:06:40:
一般都是靠初始构象啊

能说具体点嘛?
让我们面对现实,让我们忠于理想。
3楼2011-11-14 20:52:57
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yyuan8658

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-11-17 13:21:06
chendong0625(金币+20): 2011-11-18 10:28:29
选择一个比较合适的构象作为初始构象
控制的话,比如amber中有nmropt这个关键词,可以控制距离
4楼2011-11-17 09:08:37
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chendong0625

银虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by yyuan8658 at 2011-11-17 09:08:37:
选择一个比较合适的构象作为初始构象
控制的话,比如amber中有nmropt这个关键词,可以控制距离

可能是我研究的还不够深入。你说的这些我都是稀里糊涂的。
让我们面对现实,让我们忠于理想。
5楼2011-11-18 10:27:21
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chendong0625

银虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by yyuan8658 at 2011-11-17 09:08:37:
选择一个比较合适的构象作为初始构象
控制的话,比如amber中有nmropt这个关键词,可以控制距离

你做过碳纳米管或者石墨烯这方面的东西吗
让我们面对现实,让我们忠于理想。
6楼2011-11-18 10:29:43
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