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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 关于转录因子调控的下游基因
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qurande

金虫 (小有名气)

[求助] 关于转录因子调控的下游基因

目前有一个转录因子，但是其调控的下游基因不清楚，请教大家有什么技术能够定位其下游基因，或者有什么生物信息学的方法来预测一下，青霉菌的
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1楼 2011-11-09 16:44:30
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

angie8610

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
转录因子的体内验证（chip）和体外验证（EMSA）
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新手上路，多多关照！
8楼2012-02-24 10:04:34
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wen1023tao

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
体内验证（chip）和体外验证（EMSA
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9楼2012-02-24 13:57:38
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普通回帖

brightfuture01

木虫之王 (文坛精英)

我爱打老虎

文献杰出贡献

【答案】应助回帖

★ ★
看天(金币+2): 鼓励回答 2011-11-09 17:06:05
我觉得可以先做一个类似凝胶阻滞迁移试验，看看其结合的DNA序列。然后设计引物向下游测序，测上几十KB就差不多了。
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The world is a fine place and worth fighting for. I agree with the second part.
2楼2011-11-09 16:55:38
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linyingjia

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

蛋白与dna相互作用的实验呢
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3楼2011-11-09 19:08:33
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xenopus

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

可以敲除该转录因子，大规模测序看基因表达量变化。不过这样有很多会是假阳性，并且直接和间接的靶基因可能都有变化，需要继续实验验证吧。
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4楼2011-11-10 08:36:22
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cy0708040

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

参考ChIP-seq技术
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Survive, Strive, Thrive
5楼2011-11-10 12:38:49
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rfengyi

禁虫 (正式写手)
本帖内容被屏蔽
6楼2011-11-13 10:18:50
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terry130

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

转录因子一半都结合在被调控基因的promoter区域，你可以做一个chip-seq实验，然后在基因组数据库中定位这些与该转录因子结合的DNA区域，那么这些区域的下游附近的基因就很可能是受该转录因子调控的基因。然后在针对这些疑似基因做转录因子KO之后的该基因mRNA水平检测（realtimePCR）确定是否受其调控。
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摒气动方息，宁神心自明。
7楼2011-11-13 20:36:52
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piaoyidetian

新虫 (初入文坛)
我也正面临这个问题，想寻找转录因子调控的下游基因
你已经解决问题了吗？期待。。。
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10楼2013-09-16 20:56:47
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