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求助amber的pdb格式
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最近刚开始学习amber,但自建分子的pdb格式老是不对，还请各位帮忙看一下，应该怎么设置pdb格式。下面是我的一个例子ACE-GLY-ALA-GLY-NME。给出的是用hyperchem构建的pdb。适合amber格式的pdb应该是什么样的呢。请给位高手给一个准确的pdb格式。谢谢了！ ATOM 1 1H ACE 1 0.022 0.000 -0.001 ATOM 2 CH3 ACE 1 0.022 1.090 -0.001 ATOM 3 2H ACE 1 1.049 1.453 0.006 ATOM 4 3H ACE 1 -0.486 1.453 -0.894 ATOM 5 C ACE 1 -0.708 1.600 1.244 ATOM 6 O ACE 1 -0.827 2.806 1.447 ATOM 7 N GLY 2 -1.219 0.728 2.116 ATOM 8 H GLY 2 -1.115 -0.261 1.939 ATOM 9 CA GLY 2 -1.919 1.159 3.309 ATOM 10 1HA GLY 2 -2.810 1.719 3.026 ATOM 11 2HA GLY 2 -2.204 0.281 3.887 ATOM 12 C GLY 2 -1.017 2.039 4.164 ATOM 13 O GLY 2 -1.434 3.101 4.622 ATOM 14 N ALA 3 0.223 1.594 4.378 ATOM 15 H ALA 3 0.505 0.713 3.974 ATOM 16 CA ALA 3 1.177 2.339 5.175 ATOM 17 HA ALA 3 0.759 2.410 6.179 ATOM 18 C ALA 3 1.399 3.732 4.602 ATOM 19 O ALA 3 1.381 4.718 5.335 ATOM 20 CB ALA 3 2.527 1.632 5.218 ATOM 21 1HB ALA 3 3.223 2.214 5.823 ATOM 22 2HB ALA 3 2.405 0.642 5.657 ATOM 23 3HB ALA 3 2.919 1.535 4.206 ATOM 24 N GLY 4 1.610 3.810 3.286 ATOM 25 H GLY 4 1.613 2.962 2.738 ATOM 26 CA GLY 4 1.835 5.078 2.621 ATOM 27 1HA GLY 4 2.746 5.534 3.007 ATOM 28 2HA GLY 4 1.936 4.901 1.550 ATOM 29 C GLY 4 0.659 6.016 2.855 ATOM 30 O GLY 4 0.850 7.182 3.194 ATOM 31 N NME 5 -0.560 5.503 2.675 ATOM 32 H NME 5 -0.649 4.537 2.396 ATOM 33 CA NME 5 -1.759 6.294 2.866 ATOM 34 1HA NME 5 -1.484 7.306 3.163 ATOM 35 2HA NME 5 -2.324 6.329 1.935 ATOM 36 3HA NME 5 -2.372 5.841 3.646 CONECT 1 2 CONECT 2 1 3 4 5 CONECT 3 2 CONECT 4 2 CONECT 5 2 6 7 CONECT 6 5 CONECT 7 8 5 9 CONECT 8 7 CONECT 9 7 10 11 12 CONECT 10 9 CONECT 11 9 CONECT 12 9 13 14 CONECT 13 12 CONECT 14 15 12 16 CONECT 15 14 CONECT 16 14 17 18 20 CONECT 17 16 CONECT 18 16 19 24 CONECT 19 18 CONECT 20 16 21 22 23 CONECT 21 20 CONECT 22 20 CONECT 23 20 CONECT 24 25 18 26 CONECT 25 24 CONECT 26 24 27 28 29 CONECT 27 26 CONECT 28 26 CONECT 29 26 30 31 CONECT 30 29 CONECT 31 32 29 33 CONECT 32 31 CONECT 33 31 34 35 36 CONECT 34 33 CONECT 35 33 CONECT 36 33 END |
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