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sunmuer

木虫 (小有名气)

[交流] AMBER中小分子建立了FRCMOD,但是读入leap,依然不能保存参数 已有2人参与

我有个小分子,83个原子,用如下命令:
>antecharmber -i lig.pdb -fi pdb -o lig.prepin -fo prepi -c bcc -s 2
>parmchk -i lig.prepin -f prepi -o lig.frcmod

得到frcmod以后
在Tleap中读入参数:
>loadamberprep lig.prepin
>loadamberparams lig.frcmod
>lig =loadpdb lig.pdb

接着保存:
>saveamberparm lig lig.prmtop lig.inpcrd
但是提示一大串的错误,类似:
For atom: .R<**** 1>.A Could not find type: C.ar
For atom: .R<**** 1>.A Could not find type: C.ar
For atom: .R<**** 1>.A Could not find type: C.ar
For atom: .R<**** 1>.A Could not find type: C.ar
For atom: .R<**** 1>.A Could not find type: C.ar
For atom: .R<**** 1>.A Could not find type: C.ar
Parameter file was not saved.
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sqfn

金虫 (正式写手)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-11-05 23:38:34
你loadpdb 用的还是原来那个把,你用antecharmber -i lig.pdb -fi pdb -o lig.prepin -fo prepi -c bcc -s 2这一步会生成一个NEWPDB.PDB你加载这个试试
2楼2011-11-04 22:30:45
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jawang

木虫 (正式写手)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-11-05 23:38:40
你要先适用source leaprc.gaff
把gaff力场导进去
3楼2011-11-05 12:51:50
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