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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » vasp中如何查看优化完晶体结构的键长等相关信息
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gougou531

禁虫 (正式写手)
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1楼 2011-10-28 21:46:24
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stractor

金虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
uuv2010(金币+1): 多谢提示 2011-11-01 10:08:15
uuv2010: 专家考核存档 2011-11-01 10:08:22
gougou531(金币+1): VESTA打开时原子与原子之间不显示键啊，这怎么弄？ 2011-11-02 09:59:34
借助第三方软件，比如VESTA。
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2011-11-01 05:05:19
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主

【答案】应助回帖

★
uuv2010(金币+1): 多谢提示 2011-11-01 10:08:33
gougou531(金币+1): 谢谢区长，呵呵，我试试 2011-11-02 10:00:23
优化完结构，再跑一边静态总能计算，然后在OUTCAR里面有任意相近原子的距离数据。

在OUTCAR文件中：

>vi OUTCAR
>:nearest
下面就是Z坐标文件
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2011-11-01 07:29:02
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主

【答案】应助回帖

★
uuv2010(金币+1): 多谢提示 2011-11-01 10:08:45
gougou531(金币+2): 这个方法应该更方便 2011-11-02 10:00:57
gougou531(金币+1): 区长，有这个文件，是在linux上运行吗？需要编译吗？这个小程序怎么运行啊？谢谢 2011-11-02 10:25:09
引用回帖:
3楼: Originally posted by cenwanglai at 2011-11-01 07:29:02:
优化完结构，再跑一边静态总能计算，然后在OUTCAR里面有任意相近原子的距离数据。

在OUTCAR文件中：

>vi OUTCAR
>:nearest
下面就是Z坐标文件

也可以运行脚本转换软件，这个似乎在emuch上有下载的：getcif.

>getcif CONTCAR

生成out.cif文件。用MS打开之。
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4楼2011-11-01 07:30:23
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fzx2008

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

★
uuv2010(金币+1): 多谢提示 2011-11-01 10:09:00
gougou531(金币+1): 但是在vesta不显示键啊，那怎么弄 2011-11-02 10:10:27
引用回帖:
2楼: Originally posted by stractor at 2011-11-01 05:05:19:
借助第三方软件，比如VESTA。

同意，POSCAR、CONTCAR直接拖入VESTA窗口。
(非5.2版本请手动添加CONTCAR一行元素符号)
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5楼2011-11-01 08:18:07
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cenwanglai

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优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★
贺仪(金币+2): 谢谢指导！ 2011-11-02 14:06:55
gougou531(金币+1): 谢谢区长，我已经搞定了，呵呵 2011-11-02 15:21:28
引用回帖:
4楼: Originally posted by cenwanglai at 2011-11-01 07:30:23:
也可以运行脚本转换软件，这个似乎在emuch上有下载的：getcif.

>getcif CONTCAR

生成out.cif文件。用MS打开之。

我忘记了呢，如果是fortran的，那需要编译后运行。如果是shell脚本，就不用编译了。
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6楼2011-11-02 10:38:31
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fzx2008

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

★
贺仪(金币+1): 多谢指教！ 2011-11-02 21:09:52
gougou531(金币+1): 谢谢 2011-11-03 08:34:03
gougou531(金币+1): 有个问题想问你，掺杂之后并优化用vesta查看晶体结构，发现阴离子少了。这是怎么回事？ 2011-11-03 08:36:02
VESTA中的键需要手动添加，这个跟Crystal Maker是一样的
Edit中有个bond选项，手动填写键长范围，我感觉这样设计更好
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7楼2011-11-02 17:13:24
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阚敏

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

gougou531(金币+1): 谢谢，对，就是这样，呵呵 2011-11-03 08:34:26
引用回帖:
1楼: Originally posted by gougou531 at 2011-10-28 21:46:24:
如题：vasp中如何查看优化完晶体结构的键长等相关信息，谢谢。急用，敬请大家指导。

我的方法是：编个小程序把CONTCAR文件，转换为MS可以识别的car文件。MS很简单~~~大家应该都会。
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8楼2011-11-02 23:09:35
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