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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 请教amber中的一些问题，刚接触不太明白
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落雁双飞

银虫 (小有名气)

[求助] 请教amber中的一些问题，刚接触不太明白

我想计算一个蛋白质中两个残基链的距离，应该怎么编写相关程序呀？
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1楼 2011-10-19 20:03:41
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yyuan8658

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-10-20 09:39:19
落雁双飞(金币+3): 这个应该是计算的残基和具体原子之间的距离吧？ 2011-10-20 18:38:10
用ptraj命令，
脚本如下
trajin md.crd
distance D1 :1@H :2@O out d1.dis

不知道是不是你想要的。
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2楼2011-10-19 22:31:04
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落雁双飞

银虫 (小有名气)
这个应该是计算的原子之间的距离吧？
赞一下 回复此楼
3楼2011-10-20 18:35:02
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