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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » autodock中溶剂化效应及对接后的数据处理
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suyrain

金虫 (小有名气)

[求助] autodock中溶剂化效应及对接后的数据处理

请问autodock能进行溶剂化效应计算吗？如果不能，是要在对接前还是对接后考虑溶剂化效应呢？
另外，对接完成后，cluster show中，存在最多的不是最低能量的那簇，我该选择构象最多的还是能量最低的？选择完成后，binding energy等如下图，与最终想得到的结合自由能G有什么关系，要如何转化计算？
这些问题困扰多时，无法解决，希望帮忙解决下～～～不甚感激……


[ Last edited by suyrain on 2011-9-26 at 21:42 ]
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1楼 2011-09-26 10:44:26
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suyrain

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by langlee at 2011-09-27 16:34:46:
显然能啊，不能算溶剂化效应的打分，还能叫打分吗？desolv那一项就是的。

能量最低的对接构象，和聚类最大的最低能量构象，你都可以用眼睛看一看。以经验来讲，后者靠谱性大一些。

你这个能量才个位数吗，太 ...

请问溶剂化效应要如何设置参数？我的溶剂是甲醇水溶液。
自由能的计算公式是什么啊？binding energy不是已经是结合自由能了吗？
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3楼2011-10-05 11:16:13
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langlee

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【答案】应助回帖

★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-09-28 09:38:59
suyrain(金币+10): 多谢啊！！那请问溶剂化效应参数要如何设置啊？我的是甲醇水溶液。计算自由能的公式是什么啊？ 2011-10-04 23:40:00
显然能啊，不能算溶剂化效应的打分，还能叫打分吗？desolv那一项就是的。

能量最低的对接构象，和聚类最大的最低能量构象，你都可以用眼睛看一看。以经验来讲，后者靠谱性大一些。

你这个能量才个位数吗，太弱了吧。。对接能量算的是焓变，如果要换成自由能，需要考虑熵变，一般就略去了。
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2楼2011-09-27 16:34:46
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