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suyrain

金虫 (小有名气)

[求助] autodock中溶剂化效应及对接后的数据处理

请问autodock能进行溶剂化效应计算吗?如果不能,是要在对接前还是对接后考虑溶剂化效应呢?
另外,对接完成后,cluster show中,存在最多的不是最低能量的那簇,我该选择构象最多的还是能量最低的?选择完成后,binding energy等如下图,与最终想得到的结合自由能G有什么关系,要如何转化计算?
这些问题困扰多时,无法解决,希望帮忙解决下~~~不甚感激……


[ Last edited by suyrain on 2011-9-26 at 21:42 ]
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langlee

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【答案】应助回帖

★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-09-28 09:38:59
suyrain(金币+10): 多谢啊!!那请问溶剂化效应参数要如何设置啊?我的是甲醇水溶液。计算自由能的公式是什么啊? 2011-10-04 23:40:00
显然能啊,不能算溶剂化效应的打分,还能叫打分吗?desolv那一项就是的。

能量最低的对接构象,和聚类最大的最低能量构象,你都可以用眼睛看一看。以经验来讲,后者靠谱性大一些。

你这个能量才个位数吗,太弱了吧。。对接能量算的是焓变,如果要换成自由能,需要考虑熵变,一般就略去了。
2楼2011-09-27 16:34:46
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suyrain

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by langlee at 2011-09-27 16:34:46:
显然能啊,不能算溶剂化效应的打分,还能叫打分吗?desolv那一项就是的。

能量最低的对接构象,和聚类最大的最低能量构象,你都可以用眼睛看一看。以经验来讲,后者靠谱性大一些。

你这个能量才个位数吗,太 ...

请问溶剂化效应要如何设置参数?我的溶剂是甲醇水溶液。
自由能的计算公式是什么啊?binding energy不是已经是结合自由能了吗?
3楼2011-10-05 11:16:13
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