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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » vasp并行出错，急于求助！！！
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daidai~

铁虫 (小有名气)

[求助] vasp并行出错，急于求助！！！

我在进行vasp的ENCUT值验证时，调用了一个并行的脚本，但是我对脚本是一无所知，运行后几秒就出现了以下的报错信息，麻烦各位帮忙看看问题是在什么地方？
running /opt/vasp/bin/vasp52-intel.mpich on 16 LINUX ch_p4 processors
Created /home/liaoy271/vasp/ENCUT/ENCUT-PBE/PI14610
Error reading item 'IMAGES' from file INCAR.
Error reading item 'IMAGES' from file INCAR.
Error reading item 'IMAGES' from file INCAR.
Error reading item 'IMAGES' from file INCAR.
Error reading item 'IMAGES' from file INCAR.
Error reading item 'IMAGES' from file INCAR.


运行的脚本内容如下：
#!/bin/sh -f
#PBS -N test
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -o stdout.inf
#PBS -e stderr.inf
#PBS -j oe
#PBS -q workq

EXEC=/opt/vasp/bin/vasp52-intel.mpich
MPI_HOME=/opt/mpich

NCPU=`wc -l < $PBS_NODEFILE`
echo ">>StartRunning " `date`
cd ${PBS_O_WORKDIR}
echo Runing on host `hostname`
echo Starting Time is `date`
echo Directory is `pwd`
echo This jobs runs on the following processors:
echo `cat $PBS_NODEFILE`
NPROCS=`wc -l < $PBS_NODEFILE`
echo This job has allocated $NPROCS nodes

## 512 MB
export P4_GLOBMEMSIZE=536870912

######### User Parallel Program ###########

$MPI_HOME/bin/mpirun -v -machinefile $PBS_NODEFILE -np $NPROCS $EXEC > out

###########################################

echo ">>StopRunning  " `date`







请大家帮忙看看是不是脚本的问题？？谢谢谢谢，着急找原因的小虫~~~·
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1楼2011-09-24 16:03:58
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uuv2010

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主
你做的NEB计算？
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2楼2011-09-24 16:07:34
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daidai~

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by uuv2010 at 2011-09-24 16:07:34:
你做的NEB计算？

NEB 计算是指什么计算？我只是听说过，不知道具体指的是什么。
我是在算一种物质的能带，就是用vasp进行能带计算的，计算之前要进行参数的验证，现在出错的步骤就是在验证ENCUT值时出现的，麻烦您帮我看看是怎么回事呀？
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3楼2011-09-24 16:12:34
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uuv2010

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主

【答案】应助回帖

★
daidai~(金币+2): 2011-09-24 16:35:53
daidai~(金币+2): 2011-09-24 16:55:28
youzhizhe(金币+1): 谢谢参与。 2011-09-29 13:34:38
您可以把INCAR的内容贴上来让大家一起分析
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4楼2011-09-24 16:15:19
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daidai~

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by uuv2010 at 2011-09-24 16:07:34:
你做的NEB计算？

还想麻烦您帮我看看下面的这个脚本和问题中用的那个脚本有什么区别，我觉得好像都是vasp并行计算时用到的脚本，但是还不清楚分别是什么情况下使用的：
#!/bin/sh -f
#PBS -N Q8-opt
#PBS -l nodes=2:ppn=8
#PBS -o stdout.inf
#PBS -e stderr.inf
#PBS -q workq

NCPU=`wc -l < $PBS_NODEFILE`
echo ">>StartRunning " `date`
cd ${PBS_O_WORKDIR}
echo Runing on host `hostname`
echo Starting Time is `date`
echo Directory is `pwd`
echo This jobs runs on the following processors:
echo `cat $PBS_NODEFILE`
NPROCS=`wc -l < $PBS_NODEFILE`
echo This job has allocated $NPROCS nodes

mpirun -v -machinefile $PBS_NODEFILE -np $NPROCS /opt/vasp/bin/vasp-intel.mpich > out

echo ">>StopRunning  " `date`
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5楼2011-09-24 16:15:30
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uuv2010

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主
这个不是INCAR，这是交作业的脚本
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6楼2011-09-24 16:16:56
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daidai~

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by uuv2010 at 2011-09-24 16:15:19:
您可以把INCAR的内容贴上来让大家一起分析

没有现成的INCAR文件，在进行这个参数的验证时，INCAR文件是用一下的一个.SH文件代替的：
#!/bin/bash
rm WAVECAR
for i in 100  150  200  250  300  350  400  450  500 550 600
do
cat > INCAR < SYSTEM = bcc Fe        
ENCUT = $i
ISTART = 0 ; ICHARG = 2
ISMEAR = -5
PREC = Accurate
!
echo "ENCUT = $i eV" ; time /opt/vasp/bin/vasp-intel
E=$(grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1| awk '{printf "%12.6f \n", $5}')
echo $i $E >> comment
done





然后运行脚本之后就会自动产生INCAR文件，这个报错的时候，INCAR文件还没产生……
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7楼2011-09-24 16:17:32
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uuv2010

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主
★
youzhizhe(金币+1): 谢谢交流。 2011-09-29 13:34:52
需要先建立一个INCAR文件，哪怕是空白的内容也可以。
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8楼2011-09-24 16:19:43
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daidai~

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by uuv2010 at 2011-09-24 16:19:43:
需要先建立一个INCAR文件，哪怕是空白的内容也可以。

那个.SH文件中的
cat > INCAR < SYSTEM = bcc Fe        
ENCUT = $i
ISTART = 0 ; ICHARG = 2
ISMEAR = -5
PREC = Accurate
!
部分是不是创建并编辑了一个INCAR文件？
您再帮我看看两个运行脚本的差别吧！
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9楼2011-09-24 16:27:15
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uuv2010

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主
★
zzy870720z(金币+1): 谢谢提示，好像楼主使用脚本建立的INCAR 2011-09-24 17:25:43
首先在当前目录至少建好4个文件，INCAR,POSCAR,POTCAR,KPOINTS，然后再进行计算，特别是INCAR，所有参数都有默认值，所以可是里面什么都不写，但是一定要有这个文件存在
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10楼2011-09-24 16:48:56
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