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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » vasp并行出错，急于求助！！！
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abdoman

木虫 (著名写手)
★ ★
zzy870720z(金币+2): 谢谢讲解，辛苦了 2011-09-28 15:59:13
引用回帖:
9楼: Originally posted by daidai~ at 2011-09-24 16:27:15:
那个.SH文件中的
cat > INCAR <<!
SYSTEM = bcc Fe        
ENCUT = $i
ISTART = 0 ; ICHARG = 2
ISMEAR = -5
PREC = Accurate
!
部分是不是创建并编辑了一个INCAR文件？
您再帮我看看两个运行 ...

这2个脚本没有太大区别，主要差别是：
实际差别：
pbs 任务的时候请求的node和cpu 数目不一样多。
#PBS -l nodes=1:ppn=4   
====
#PBS -l nodes=2:ppn=8

另外有个表观差别：
$MPI_HOME/bin/mpirun -v -machinefile $PBS_NODEFILE -np $NPROCS $EXEC > out
就是 $EXEC 和 /opt/vasp/bin/vasp52-intel.mpich 不同。
因为之前已经定义 EXEC=/opt/vasp/bin/vasp52-intel.mpich
所以，这个地方2者表达式一致。
所以说是表观差别。
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Youcompleteme.
11楼2011-09-27 16:17:34
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daidai~

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
11楼: Originally posted by abdoman at 2011-09-27 16:17:34:
这2个脚本没有太大区别，主要差别是：
实际差别：
pbs 任务的时候请求的node和cpu 数目不一样多。
#PBS -l nodes=1:ppn=4   
====
#PBS -l nodes=2:ppn=8

另外有个表观差别：
$MPI_HOME/bin/mpirun -v ...

好，您一说我就明白多了，麻烦您帮我看一下这个脚本运行之后为什么会调用34个核呢？
#!/bin/bash
echo "#!/bin/sh -f
#PBS -N $1
#PBS -l nodes=$1:ppn=4
#PBS -o stdout.inf
#PBS -e stderr.inf
#PBS -q workq              
cd \$PBS_O_WORKDIR
/home/liaoy271/vasp/ENCUT/ENCUT-PBE/optencut.sh& > submit.job

qsub submit.job

# The method of summiting jobs as below
#  rungadget
#  e.g. rungadget C3CN 2

调用34个核的时候我的提交方式是qsub runvasp
后来我看它后面给我了一个提交的例子，就试了qsub runvasp 2，结果是没法运行了。。。
麻烦大侠帮我看看吧，苦恼了好多天了，谢谢谢谢
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12楼2011-09-28 09:34:03
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abdoman

木虫 (著名写手)
★ ★
zzy870720z(金币+2): 谢谢指教 2011-09-29 14:25:41
你这个有点疑问：
1.echo "#!/bin/sh -f
为什么没有反引号？

2。 你的pbs 要node数目是 runvasp 因为是$1 的实际内容
所以 你如果还是这个脚本，试试把 #PBS -l nodes=$1:ppn=4 改成 #PBS -l nodes=$2:ppn=4
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Youcompleteme.
13楼2011-09-29 09:30:54
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daidai~

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
13楼: Originally posted by abdoman at 2011-09-29 09:30:54:
你这个有点疑问：
1.echo "#!/bin/sh -f
为什么没有反引号？

2。 你的pbs 要node数目是 runvasp 因为是$1 的实际内容
所以 你如果还是这个脚本，试试把 #PBS -l nodes=$1:ppn=4 改成 #PBS -l nodes=$ ...

太谢谢您的帮忙了，我找了一个懂脚本语言的师兄帮我看了看，结果发现这个
.sh文件和脚本存在着很大的问题，然后他又给我写了一个新的脚本，把原来的这个脚本改动了好多地方，呵呵，谢谢谢谢
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14楼2011-09-29 10:04:53
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