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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » vasp并行出错，急于求助！！！
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daidai~

铁虫 (小有名气)

[求助] vasp并行出错，急于求助！！！

我在进行vasp的ENCUT值验证时，调用了一个并行的脚本，但是我对脚本是一无所知，运行后几秒就出现了以下的报错信息，麻烦各位帮忙看看问题是在什么地方？
running /opt/vasp/bin/vasp52-intel.mpich on 16 LINUX ch_p4 processors
Created /home/liaoy271/vasp/ENCUT/ENCUT-PBE/PI14610
Error reading item 'IMAGES' from file INCAR.
Error reading item 'IMAGES' from file INCAR.
Error reading item 'IMAGES' from file INCAR.
Error reading item 'IMAGES' from file INCAR.
Error reading item 'IMAGES' from file INCAR.
Error reading item 'IMAGES' from file INCAR.


运行的脚本内容如下：
#!/bin/sh -f
#PBS -N test
#PBS -l nodes=1:ppn=4
#PBS -o stdout.inf
#PBS -e stderr.inf
#PBS -j oe
#PBS -q workq

EXEC=/opt/vasp/bin/vasp52-intel.mpich
MPI_HOME=/opt/mpich

NCPU=`wc -l < $PBS_NODEFILE`
echo ">>StartRunning " `date`
cd ${PBS_O_WORKDIR}
echo Runing on host `hostname`
echo Starting Time is `date`
echo Directory is `pwd`
echo This jobs runs on the following processors:
echo `cat $PBS_NODEFILE`
NPROCS=`wc -l < $PBS_NODEFILE`
echo This job has allocated $NPROCS nodes

## 512 MB
export P4_GLOBMEMSIZE=536870912

######### User Parallel Program ###########

$MPI_HOME/bin/mpirun -v -machinefile $PBS_NODEFILE -np $NPROCS $EXEC > out

###########################################

echo ">>StopRunning  " `date`







请大家帮忙看看是不是脚本的问题？？谢谢谢谢，着急找原因的小虫~~~·
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1楼2011-09-24 16:03:58
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daidai~

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
13楼: Originally posted by abdoman at 2011-09-29 09:30:54:
你这个有点疑问：
1.echo "#!/bin/sh -f
为什么没有反引号？

2。 你的pbs 要node数目是 runvasp 因为是$1 的实际内容
所以 你如果还是这个脚本，试试把 #PBS -l nodes=$1:ppn=4 改成 #PBS -l nodes=$ ...

太谢谢您的帮忙了，我找了一个懂脚本语言的师兄帮我看了看，结果发现这个
.sh文件和脚本存在着很大的问题，然后他又给我写了一个新的脚本，把原来的这个脚本改动了好多地方，呵呵，谢谢谢谢
赞一下 回复此楼
14楼2011-09-29 10:04:53
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
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daidai~

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by uuv2010 at 2011-09-24 16:07:34:
你做的NEB计算？

NEB 计算是指什么计算？我只是听说过，不知道具体指的是什么。
我是在算一种物质的能带，就是用vasp进行能带计算的，计算之前要进行参数的验证，现在出错的步骤就是在验证ENCUT值时出现的，麻烦您帮我看看是怎么回事呀？
赞一下 回复此楼
3楼2011-09-24 16:12:34
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uuv2010

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主

【答案】应助回帖

★
daidai~(金币+2): 2011-09-24 16:35:53
daidai~(金币+2): 2011-09-24 16:55:28
youzhizhe(金币+1): 谢谢参与。 2011-09-29 13:34:38
您可以把INCAR的内容贴上来让大家一起分析
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2011-09-24 16:15:19
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

daidai~

铁虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by uuv2010 at 2011-09-24 16:07:34:
你做的NEB计算？

还想麻烦您帮我看看下面的这个脚本和问题中用的那个脚本有什么区别，我觉得好像都是vasp并行计算时用到的脚本，但是还不清楚分别是什么情况下使用的：
#!/bin/sh -f
#PBS -N Q8-opt
#PBS -l nodes=2:ppn=8
#PBS -o stdout.inf
#PBS -e stderr.inf
#PBS -q workq

NCPU=`wc -l < $PBS_NODEFILE`
echo ">>StartRunning " `date`
cd ${PBS_O_WORKDIR}
echo Runing on host `hostname`
echo Starting Time is `date`
echo Directory is `pwd`
echo This jobs runs on the following processors:
echo `cat $PBS_NODEFILE`
NPROCS=`wc -l < $PBS_NODEFILE`
echo This job has allocated $NPROCS nodes

mpirun -v -machinefile $PBS_NODEFILE -np $NPROCS /opt/vasp/bin/vasp-intel.mpich > out

echo ">>StopRunning  " `date`
赞一下 回复此楼
5楼2011-09-24 16:15:30
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