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[求助]
vasp并行出错，急于求助！！！
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我在进行vasp的ENCUT值验证时，调用了一个并行的脚本，但是我对脚本是一无所知，运行后几秒就出现了以下的报错信息，麻烦各位帮忙看看问题是在什么地方？ running /opt/vasp/bin/vasp52-intel.mpich on 16 LINUX ch_p4 processors Created /home/liaoy271/vasp/ENCUT/ENCUT-PBE/PI14610 Error reading item 'IMAGES' from file INCAR. Error reading item 'IMAGES' from file INCAR. Error reading item 'IMAGES' from file INCAR. Error reading item 'IMAGES' from file INCAR. Error reading item 'IMAGES' from file INCAR. Error reading item 'IMAGES' from file INCAR. 运行的脚本内容如下： #!/bin/sh -f #PBS -N test #PBS -l nodes=1:ppn=4 #PBS -o stdout.inf #PBS -e stderr.inf #PBS -j oe #PBS -q workq EXEC=/opt/vasp/bin/vasp52-intel.mpich MPI_HOME=/opt/mpich NCPU=`wc -l < $PBS_NODEFILE` echo ">>StartRunning " `date` cd ${PBS_O_WORKDIR} echo Runing on host `hostname` echo Starting Time is `date` echo Directory is `pwd` echo This jobs runs on the following processors: echo `cat $PBS_NODEFILE` NPROCS=`wc -l < $PBS_NODEFILE` echo This job has allocated $NPROCS nodes ## 512 MB export P4_GLOBMEMSIZE=536870912 ######### User Parallel Program ########### $MPI_HOME/bin/mpirun -v -machinefile $PBS_NODEFILE -np $NPROCS $EXEC > out ########################################### echo ">>StopRunning " `date` 请大家帮忙看看是不是脚本的问题？？谢谢谢谢，着急找原因的小虫~~~· |
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好，您一说我就明白多了，麻烦您帮我看一下这个脚本运行之后为什么会调用34个核呢？ #!/bin/bash echo "#!/bin/sh -f #PBS -N $1 #PBS -l nodes=$1:ppn=4 #PBS -o stdout.inf #PBS -e stderr.inf #PBS -q workq cd \$PBS_O_WORKDIR /home/liaoy271/vasp/ENCUT/ENCUT-PBE/optencut.sh& > submit.job qsub submit.job # The method of summiting jobs as below # rungadget # e.g. rungadget C3CN 2 调用34个核的时候我的提交方式是qsub runvasp 后来我看它后面给我了一个提交的例子，就试了qsub runvasp 2，结果是没法运行了。。。 麻烦大侠帮我看看吧，苦恼了好多天了，谢谢谢谢 |
12楼2011-09-28 09:34:03
3楼2011-09-24 16:12:34
uuv2010
荣誉版主 (职业作家)
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- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
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4楼2011-09-24 16:15:19
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还想麻烦您帮我看看下面的这个脚本和问题中用的那个脚本有什么区别，我觉得好像都是vasp并行计算时用到的脚本，但是还不清楚分别是什么情况下使用的： #!/bin/sh -f #PBS -N Q8-opt #PBS -l nodes=2:ppn=8 #PBS -o stdout.inf #PBS -e stderr.inf #PBS -q workq NCPU=`wc -l < $PBS_NODEFILE` echo ">>StartRunning " `date` cd ${PBS_O_WORKDIR} echo Runing on host `hostname` echo Starting Time is `date` echo Directory is `pwd` echo This jobs runs on the following processors: echo `cat $PBS_NODEFILE` NPROCS=`wc -l < $PBS_NODEFILE` echo This job has allocated $NPROCS nodes mpirun -v -machinefile $PBS_NODEFILE -np $NPROCS /opt/vasp/bin/vasp-intel.mpich > out echo ">>StopRunning " `date` |
5楼2011-09-24 16:15:30
