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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Abinit » abinit 建模无解~~~ 求助！！
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大果子2010

新虫 (初入文坛)

[求助] abinit 建模无解~~~ 求助！！

我的ms建模 Si6.cif部分输出是：
data_Si6xy
_audit_creation_date              2011-09-08
_audit_creation_method            'Materials Studio'
_symmetry_space_group_name_H-M    'P1'
_symmetry_Int_Tables_number       1
_symmetry_cell_setting            triclinic
loop_
_symmetry_equiv_pos_as_xyz
  x,y,z
_cell_length_a                    15.0000
_cell_length_b                    15.0000
_cell_length_c                    3.8407
_cell_angle_alpha                 90.0000
_cell_angle_beta                  90.0000
_cell_angle_gamma                 90.0000
loop_
_atom_site_label
_atom_site_type_symbol
_atom_site_fract_x
_atom_site_fract_y
_atom_site_fract_z
_atom_site_U_iso_or_equiv
_atom_site_adp_type
_atom_site_occupancy
Si1    Si    0.61468   0.50103   0.70324   0.00000  Uiso   1.00
Si2    Si    0.43366   0.37302   0.20332   0.00000  Uiso   1.00
Si3    Si    0.43366   0.62903   0.20332   0.00000  Uiso   1.00
Si4    Si    0.34314   0.50103   0.20332   0.00000  Uiso   1.00
Si5    Si    0.52417   0.37302   0.70324   0.00000  Uiso   1.00
Si6    Si    0.52417   0.62903   0.70324   0.00000  Uiso   1.00
H7     H     0.67395   0.50103   0.37585   0.00000  Uiso   1.00
H8     H     0.67395   0.50103   1.03063   0.00000  Uiso   1.00
H9     H     0.37438   0.28920   0.20334   0.00000  Uiso   1.00
H10    H     0.37438   0.71285   0.20334   0.00000  Uiso   1.00
H11    H     0.28387   0.50103   0.53071   0.00000  Uiso   1.00
H12    H     0.28387   0.50103  -0.12407   0.00000  Uiso   1.00
H13    H     0.58344   0.28920   0.70323   0.00000  Uiso   1.00
H14    H     0.58344   0.71285   0.70323   0.00000  Uiso   1.00
在小木虫上看了关于abinit 建模的大部分帖子，好像都不太适合我的情况。不知道这种情况下，如何建模？？？？
？？？？？？？？？？？？？
只要Definition of the unit cell 部分就可以了。
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1楼 2011-09-11 17:35:04
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大果子2010

新虫 (初入文坛)
补充一下，这是一个si纳米线加H的模型，要不要定义空间群227？如果需要，应高如何做？？
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2楼2011-09-11 17:37:10
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大果子2010

新虫 (初入文坛)
自己再顶一下，免得沉了
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3楼2011-09-11 17:38:42
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大果子2010

新虫 (初入文坛)
加油
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4楼2011-09-11 17:38:51
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mazuju028

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
ben_ladeng(金币+2): 谢谢提醒 2011-09-12 00:21:51
acell, angdeg, xred这几个参数设置完不行么？
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锐气藏于胸，和气浮于脸，才气见于事，义气施与人
5楼2011-09-11 22:45:17
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mazuju028

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

acell, angdeg, xred这几个参数设置完不行么？
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锐气藏于胸，和气浮于脸，才气见于事，义气施与人
6楼2011-09-11 22:46:09
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大果子2010

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by mazuju028 at 2011-09-11 22:46:09:
acell, angdeg, xred这几个参数设置完不行么？

我确实用过这几个参数设置了，但是不给力呀，我把我的INP贴上来吧，看看是什么情况？？
ndtset 2

#Dataset 1 : usual self-consistent calculation
kptopt1 1          # Option for the automatic generation of k points,
                   # taking into account the symmetry
nshiftk1 4
shiftk1  0.5 0.5 0.5  # These shifts will be the same for all grids
         0.5 0.0 0.0
         0.0 0.5 0.0
         0.0 0.0 0.5
ngkpt1  10 10 10
  
prtden1  1         # Print the density, for use by dataset 2
toldfe1  1.0d-12

#Dataset 2 : the band structure
iscf2    -2
getden2  -1
kptopt2  -3
nband2   16
ndivk2   1 1 16      # 10, 12 and 17 divisions of the 3 segments, delimited
                       # by 4 points.
kptbounds2  0.5  0.0  0.0 # L point
            0.0  0.0  0.0 # Gamma point
            0.0  0.5  0.5 # X point
            1.0  1.0  1.0 # Gamma point in another cell.
tolwfr2  1.0d-12
enunit2  1             # Will output the eigenenergies in eV

#Definition of the unit cell
chkprim 0

acell    28.345890  28.345890 7.257870 # the primitive AB supercell(2 2 2) a= 11.61992783 Bohr
angdeg 90 90 90
#spgroup 227
#rprim
#0.0 0.5 0.5
#0.5 0.0 0.5
#0.5 0.5 0.0

#Definition of the atom types
ntypat 2          # There is two types of atoms
znucl 14  1        # The keyword "znucl" refers to the atomic number of the
                  # possible type(s) of atom. The pseudopotential(s)
                  # mentioned in the "files" file must correspond
                 
                        

#Definition of the atoms
natom 14          # There are 14 atoms in the 2*2*2 supercell
typat 1 1 1 1 1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 #
xred              # This keyword indicate that the location of the atoms
                  # will follow, one triplet of number for each atom
0.61468   0.50103   0.70324
0.43366   0.37302   0.20332
0.43366   0.62903   0.20332
0.34314   0.50103   0.20332
0.52417   0.37302   0.70324
0.52417   0.62903   0.70324
0.67395   0.50103   0.37585
0.67395   0.50103   1.03063
0.37438   0.28920   0.20334
0.37438   0.71285   0.20334
0.28387   0.50103   0.53071
0.28387   0.50103  -0.12407
0.58344   0.28920   0.70323
0.58344   0.71285   0.70323
#Definition of the planewave basis set
ecut  10          # Maximal kinetic energy cut-off, in Hartree


#Definition of the SCF procedure
nstep 100          # Maximal number of SCF cycles
toldfe 1.0d-6     # Will stop when, twice in a row, the difference
                  # between two consecutive evaluations of total energy
                  # differ by less than toldfe (in Hartree)
diemac 12.0       # Although this is not mandatory, it is worth to
                  # precondition the SCF cycle. The model dielectric
                  # function used as the standard preconditioner
                  # is described in the "dielng" input variable section.
                  # Here, we follow the prescription for bulk silicon.
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7楼2011-09-11 23:11:58
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大果子2010

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by mazuju028 at 2011-09-11 22:46:09:
acell, angdeg, xred这几个参数设置完不行么？

还有out file的

.Version 6.2.3  of ABINIT
.(MPI version, prepared for a i686_cygwin_gnu4.3 computer)

.Copyright (C) 1998-2010 ABINIT group .
ABINIT comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
It is free software, and you are welcome to redistribute it
under certain conditions (GNU General Public License,
see ~abinit/COPYING or http://www.gnu.org/copyleft/gpl.txt).

ABINIT is a project of the Universite Catholique de Louvain,
Corning Inc. and other collaborators, see ~abinit/doc/developers/contributors.txt .
Please read ~abinit/doc/users/acknowledgments.html for suggested
acknowledgments of the ABINIT effort.
For more information, see http://www.abinit.org .

.Starting date : Sun 11 Sep 2011.
  
- input  file    -> INP
- output file    -> si.out
- root for input  files -> edcf
- root for output files -> wef


DATASET    1 : space group P1 (#  1); Bravais aP (primitive triclinic)
================================================================================
Values of the parameters that define the memory need for DATASET  1.
   intxc =         0  ionmov =         0    iscf =         7 xclevel =         1
  lmnmax =         2   lnmax =         2   mband =        18  mffmem =         1
P  mgfft =        90   mkmem =      2000 mpssoang=         3     mpw =      8862
  mqgrid =      3001   natom =        14    nfft =    194400    nkpt =      2000
  nloalg =         4  nspden =         1 nspinor =         1  nsppol =         1
    nsym =         1  n1xccc =      2501  ntypat =         2  occopt =         1
================================================================================
P This job should need less than                    5139.332 Mbytes of memory.
  Rough estimation (10% accuracy) of disk space for files :
  WF disk file :    772.044 Mbytes ; DEN or POT disk file :      1.485 Mbytes.
================================================================================

忘记说明，我用的是for windos 做的测试。
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8楼2011-09-11 23:14:55
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fzx2008

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主
我看了一下你ms的坐标图，根本不是si纳米线的模型啊？
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9楼2011-09-12 10:51:32
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大果子2010

新虫 (初入文坛)
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9楼: Originally posted by fzx2008 at 2011-09-12 10:51:32:
我看了一下你ms的坐标图，根本不是si纳米线的模型啊？

这个可以是，有图为证
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10楼2011-09-12 13:06:44
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