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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 在DPD中如何计算获得均方末端距？
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jolly1987

金虫 (小有名气)

[求助] 在DPD中如何计算获得均方末端距？

请问在DPD中如何计算获得均方末端距？在Analysis里有看到End-to-end distribution,帮助软件说：“End-point distribution: returns a histogram of the end-to-end distance of a molecule for each of the frames selected. The histogram is accumulated over all molecules and all steps up until the previous frame. Also returned is the corresponding radial distribution, which is the histogram divided by the total bin count and the volume of each bin."
没太明白什么意思，能用来计算均方末端距吗？望高人指点~谢谢！
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1楼 2011-09-05 14:40:55
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-09-05 18:00:51
引用回帖:
5楼: Originally posted by jolly1987 at 2011-09-05 16:59:55:
谢谢大侠指！
Distribution是概率密度，是吗？我一开始迷惑的是，这两幅图应该是对同一结果的不同表达方式，那么他们的图不应该是一样的吗？但有时输出的结果分布曲线不同。
另外，左图的 P(R_e)太小，积分得到 ...

在使用很多bins的条件下，图1应该是图2归一化的结果。
完整的计算均方末端矩的公式是 \langle R_e^2 \rangle = {\int P(R_e) R_e^2 d R_e} \over {\int P(R_e) R_e^2 d R_e}。不明白为什么你用两个图计算的结果不同。
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6楼2011-09-05 17:31:51
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
jolly1987(金币+1): 2011-09-05 16:22:07
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-09-05 18:00:30
引用回帖:
1楼: Originally posted by jolly1987 at 2011-09-05 14:40:55:
请问在DPD中如何计算获得均方末端距？在Analysis里有看到End-to-end distribution,帮助软件说：“End-point distribution: returns a histogram of the end-to-end distance of a molecule for each of the frame ...

这段话的意思是：先建立末端矩的分布，也就是P(R_e)。那么均方末端矩$\sqrt \langle R_e^2 \rangle = \int P(R_e) R_e^2 d R_e$。
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2楼2011-09-05 16:06:11
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jolly1987

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by yahoohoo at 2011-09-05 16:06:11:
这段话的意思是：先建立末端矩的分布，也就是P(R_e)。那么均方末端矩$\sqrt \langle R_e^2 \rangle = \int P(R_e) R_e^2 d R_e$。

不好意思，请问“$\sqrt \langle R_e^2 \rangle = \int P(R_e) R_e^2 d R_e$“是什么？
请问图中Distribution的单位是什么？Bin Count是什么？单位是什么？谢谢！
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3楼2011-09-05 16:21:39
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
jolly1987(金币+1): 2011-09-05 16:52:29
ghcacj(金币+4): 谢谢 2011-09-05 18:00:41
引用回帖:
3楼: Originally posted by jolly1987 at 2011-09-05 16:21:39:
不好意思，请问“$\sqrt \langle R_e^2 \rangle = \int P(R_e) R_e^2 d R_e$“是什么？
请问图中Distribution的单位是什么？Bin Count是什么？单位是什么？谢谢！

“$\sqrt \langle R_e^2 \rangle = \int P(R_e) R_e^2 d R_e$“是求均方末端矩的公式啊

自己思考思考distribution表示什么，那你就该知道单位是什么。在分子模拟中我们一般用离散的histogram来近似连续的distribution，那么我们需要用到bins，例如Re的范围在1－10，我们可以用100个bins，第一个bin对应的Re范围就是［1，1.1］。顾名思义，bin count就是落在特定bin中的样本数目。
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4楼2011-09-05 16:27:05
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jolly1987

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by yahoohoo at 2011-09-05 16:27:05:
“$\sqrt \langle R_e^2 \rangle = \int P(R_e) R_e^2 d R_e$“是求均方末端矩的公式啊

自己思考思考distribution表示什么，那你就该知道单位是什么。在分子模拟中我们一般用离散的histogram来近似连续的dist ...

谢谢大侠指！
Distribution是概率密度，是吗？我一开始迷惑的是，这两幅图应该是对同一结果的不同表达方式，那么他们的图不应该是一样的吗？但有时输出的结果分布曲线不同。
另外，左图的 P(R_e)太小，积分得到的均方末端矩很小，不太符合实际；将右图转换成概率密度分布图后积分的结果还比较靠谱~
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5楼2011-09-05 16:59:55
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jolly1987

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by yahoohoo at 2011-09-05 17:31:51:
在使用很多bins的条件下，图1应该是图2归一化的结果。
完整的计算均方末端矩的公式是 \langle R_e^2 \rangle = {\int P(R_e) R_e^2 d R_e} \over {\int P(R_e) R_e^2 d R_e}。不明白为什么你用两个图计算的结果 ...

明白了，谢谢！
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7楼2011-09-05 18:54:22
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jolly1987

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by yahoohoo at 2011-09-05 17:31:51:
在使用很多bins的条件下，图1应该是图2归一化的结果。
完整的计算均方末端矩的公式是 \langle R_e^2 \rangle = {\int P(R_e) R_e^2 d R_e} \over {\int P(R_e) R_e^2 d R_e}。不明白为什么你用两个图计算的结果 ...

不好意思，大侠，刚学习MS，想再问一句，\langle R_e^2 \rangle = {\int P(R_e) R_e^2 d R_e} \over {\int P(R_e) R_e^2 d R_e}这个公式是可以直接写到MS里，然后给出结果的吗？谢谢！
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8楼2011-09-05 22:31:07
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yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by jolly1987 at 2011-09-05 22:31:07:
不好意思，大侠，刚学习MS，想再问一句，\langle R_e^2 \rangle = {\int P(R_e) R_e^2 d R_e} \over {\int P(R_e) R_e^2 d R_e}这个公式是可以直接写到MS里，然后给出结果的吗？谢谢！

我没用ms。公式是latex格式的，
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9楼2011-09-06 00:18:11
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jolly1987

金虫 (小有名气)
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9楼: Originally posted by yahoohoo at 2011-09-06 00:18:11:
我没用ms。公式是latex格式的，

哦~好吧，非常感谢！
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10楼2011-09-06 08:24:56
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