24小时热门版块排行榜    

查看: 3082  |  回复: 11
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

jolly1987

金虫 (小有名气)

[求助] 在DPD中如何计算获得均方末端距?

请问在DPD中如何计算获得均方末端距?在Analysis里有看到End-to-end distribution,帮助软件说:“End-point distribution: returns a histogram of the end-to-end distance of a molecule for each of the frames selected. The histogram is accumulated over all molecules and all steps up until the previous frame. Also returned is the corresponding radial distribution, which is the histogram divided by the total bin count and the volume of each bin."
没太明白什么意思,能用来计算均方末端距吗?望高人指点~谢谢!
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

xuexijisuan

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jolly1987

金虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by yahoohoo at 2011-09-05 16:27:05:
“$\sqrt \langle R_e^2 \rangle = \int P(R_e) R_e^2 d R_e$“是求均方末端矩的公式啊

自己思考思考distribution表示什么,那你就该知道单位是什么。在分子模拟中我们一般用离散的histogram来近似连续的dist ...

谢谢大侠指!
Distribution是概率密度,是吗?我一开始迷惑的是,这两幅图应该是对同一结果的不同表达方式,那么他们的图不应该是一样的吗?但有时输出的结果分布曲线不同。
另外,左图的 P(R_e)太小,积分得到的均方末端矩很小,不太符合实际;将右图转换成概率密度分布图后积分的结果还比较靠谱~
5楼2011-09-05 16:59:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 12 个回答

yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
jolly1987(金币+1): 2011-09-05 16:22:07
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-09-05 18:00:30
引用回帖:
1楼: Originally posted by jolly1987 at 2011-09-05 14:40:55:
请问在DPD中如何计算获得均方末端距?在Analysis里有看到End-to-end distribution,帮助软件说:“End-point distribution: returns a histogram of the end-to-end distance of a molecule for each of the frame ...

这段话的意思是:先建立末端矩的分布,也就是P(R_e)。那么均方末端矩$\sqrt \langle R_e^2 \rangle = \int P(R_e) R_e^2 d R_e$。
2楼2011-09-05 16:06:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jolly1987

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by yahoohoo at 2011-09-05 16:06:11:
这段话的意思是:先建立末端矩的分布,也就是P(R_e)。那么均方末端矩$\sqrt \langle R_e^2 \rangle = \int P(R_e) R_e^2 d R_e$。

不好意思,请问“$\sqrt \langle R_e^2 \rangle = \int P(R_e) R_e^2 d R_e$“是什么?
请问图中Distribution的单位是什么?Bin Count是什么?单位是什么?谢谢!

3楼2011-09-05 16:21:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
jolly1987(金币+1): 2011-09-05 16:52:29
ghcacj(金币+4): 谢谢 2011-09-05 18:00:41
引用回帖:
3楼: Originally posted by jolly1987 at 2011-09-05 16:21:39:
不好意思,请问“$\sqrt \langle R_e^2 \rangle = \int P(R_e) R_e^2 d R_e$“是什么?
请问图中Distribution的单位是什么?Bin Count是什么?单位是什么?谢谢!

“$\sqrt \langle R_e^2 \rangle = \int P(R_e) R_e^2 d R_e$“是求均方末端矩的公式啊

自己思考思考distribution表示什么,那你就该知道单位是什么。在分子模拟中我们一般用离散的histogram来近似连续的distribution,那么我们需要用到bins,例如Re的范围在1-10,我们可以用100个bins,第一个bin对应的Re范围就是[1,1.1]。顾名思义,bin count就是落在特定bin中的样本数目。
4楼2011-09-05 16:27:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 投票:  有多少人是今天查系统知道结果的? +16 爱看书的可乐 2026-08-26 18/900 2026-08-28 17:09 by winsaint
[教师之家] 导师吐槽:我怎么摊上了这么个极品研究生! +8 苏东坡二世 2026-08-23 8/400 2026-08-28 14:41 by lkforward
[基金申请] 国自然面上复盘~欢迎讨论 (金币+5) +12 晴天加油 2026-08-26 13/650 2026-08-28 11:32 by skyjudy
[基金申请] 申请删除本帖 +6 lyz123lyz 2026-08-27 7/350 2026-08-27 17:31 by 宁静致远sy
[基金申请] 看板上这么多中的,有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉…… +5 a089 2026-08-26 6/300 2026-08-27 14:05 by jonewore
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +5 叶九微 2026-08-26 5/250 2026-08-27 10:35 by l_zh2008
[文学芳草园] 梦想 +3 myrtle 2026-08-26 3/150 2026-08-27 10:01 by angelyueyi
[基金申请] 我不理解! +15 Edward_pc 2026-08-26 23/1150 2026-08-26 20:34 by zzuzxg
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +9 炎黄贵胄 2026-08-22 10/500 2026-08-26 15:40 by semaglutide
[基金申请] 2026年8月25日国自然放榜前突然收到列入评审专家邮件,有关系吗? +25 木水思豆 2026-08-25 28/1400 2026-08-26 14:53 by draco1987
[基金申请] 出来了 +9 trojank 2026-08-26 9/450 2026-08-26 14:25 by 宝贝虫子
[基金申请] 国际合作可查了,中了面上 (EPI+1)(金币+50) +18 Ldrop2023 2026-08-26 18/900 2026-08-26 11:15 by cmrandy
[基金申请] 系统进不去 +4 yanglien 2026-08-26 5/250 2026-08-26 11:10 by wenfengw83
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
[基金申请] 今天务委会开完了,明天出结果吗 +19 angus9576 2026-08-25 23/1150 2026-08-26 10:03 by zp519
[基金申请] 国合现在查不到了吗? +10 chengyan1220 2026-08-24 20/1000 2026-08-26 08:57 by peasantsprig
[基金申请] 在坚冰还盖着北海的时候,我看到了怒放的梅花。 (金币+10) +6 ziyangfang 2026-08-25 9/450 2026-08-25 20:26 by huagongfeihu
[基金申请] 某些机构,以效率低为荣,以效率低作为存在感 +9 yuleib84 2026-08-25 10/500 2026-08-25 17:14 by alexon
[基金申请] 如果此刻你正在为国基感到焦虑,不妨来听听这首《基金之外》 +8 scalable 2026-08-24 8/400 2026-08-25 12:52 by jnhyjjm
[基金申请] 没有任何消息-是不是就凉了 +9 图啦图啦 2026-08-24 10/500 2026-08-25 11:59 by 南海小哥
信息提示
请填处理意见