应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 在DPD中如何计算获得均方末端距？
51/1返回列表
查看: 2555  |  回复: 11
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

jolly1987

金虫 (小有名气)

[求助] 在DPD中如何计算获得均方末端距？

请问在DPD中如何计算获得均方末端距？在Analysis里有看到End-to-end distribution,帮助软件说：“End-point distribution: returns a histogram of the end-to-end distance of a molecule for each of the frames selected. The histogram is accumulated over all molecules and all steps up until the previous frame. Also returned is the corresponding radial distribution, which is the histogram divided by the total bin count and the volume of each bin."
没太明白什么意思，能用来计算均方末端距吗？望高人指点~谢谢！
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

xuexijisuan

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2011-09-05 14:40:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jolly1987

金虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by yahoohoo at 2011-09-05 17:31:51:
在使用很多bins的条件下，图1应该是图2归一化的结果。
完整的计算均方末端矩的公式是 \langle R_e^2 \rangle = {\int P(R_e) R_e^2 d R_e} \over {\int P(R_e) R_e^2 d R_e}。不明白为什么你用两个图计算的结果 ...

不好意思，大侠，刚学习MS，想再问一句，\langle R_e^2 \rangle = {\int P(R_e) R_e^2 d R_e} \over {\int P(R_e) R_e^2 d R_e}这个公式是可以直接写到MS里，然后给出结果的吗？谢谢！
赞一下 回复此楼
8楼2011-09-05 22:31:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 12 个回答

yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
jolly1987(金币+1): 2011-09-05 16:22:07
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-09-05 18:00:30
引用回帖:
1楼: Originally posted by jolly1987 at 2011-09-05 14:40:55:
请问在DPD中如何计算获得均方末端距？在Analysis里有看到End-to-end distribution,帮助软件说：“End-point distribution: returns a histogram of the end-to-end distance of a molecule for each of the frame ...

这段话的意思是：先建立末端矩的分布，也就是P(R_e)。那么均方末端矩$\sqrt \langle R_e^2 \rangle = \int P(R_e) R_e^2 d R_e$。
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2011-09-05 16:06:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jolly1987

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by yahoohoo at 2011-09-05 16:06:11:
这段话的意思是：先建立末端矩的分布，也就是P(R_e)。那么均方末端矩$\sqrt \langle R_e^2 \rangle = \int P(R_e) R_e^2 d R_e$。

不好意思，请问“$\sqrt \langle R_e^2 \rangle = \int P(R_e) R_e^2 d R_e$“是什么？
请问图中Distribution的单位是什么？Bin Count是什么？单位是什么？谢谢！
赞一下 回复此楼
3楼2011-09-05 16:21:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yahoohoo

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
jolly1987(金币+1): 2011-09-05 16:52:29
ghcacj(金币+4): 谢谢 2011-09-05 18:00:41
引用回帖:
3楼: Originally posted by jolly1987 at 2011-09-05 16:21:39:
不好意思，请问“$\sqrt \langle R_e^2 \rangle = \int P(R_e) R_e^2 d R_e$“是什么？
请问图中Distribution的单位是什么？Bin Count是什么？单位是什么？谢谢！

“$\sqrt \langle R_e^2 \rangle = \int P(R_e) R_e^2 d R_e$“是求均方末端矩的公式啊

自己思考思考distribution表示什么，那你就该知道单位是什么。在分子模拟中我们一般用离散的histogram来近似连续的distribution，那么我们需要用到bins，例如Re的范围在1－10，我们可以用100个bins，第一个bin对应的Re范围就是［1，1.1］。顾名思义，bin count就是落在特定bin中的样本数目。
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2011-09-05 16:27:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 12 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭