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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 求助 土壤基因组 PCR 扩增问题
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bear0329

金虫 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
19楼: Originally posted by 老夏853 at 2011-09-04 18:22:48:
很有道理。目前我们用但是是溶菌酶。但是我怀疑溶菌酶在这种复杂条件下的效率何如？ 听说sigma 有一种细胞壁崩溃酶 我去 这个名字~~  我用同学用来做霉菌感受态，据说去壁 效果不错 想用来试试

确实，要做土壤的总DNA,破壁很重要，针对不同微生物的细胞壁特点进行，溶菌酶对细菌有效，而对真菌就没什么效果了，就要加像纤维素酶、蜗牛酶等破真菌细胞壁的酶。还有就是物理机械破壁和化学破壁相结合。
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以马内利！
21楼2011-09-05 21:38:28
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wanhscn

木虫 (职业作家)

哲学@草根
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=334193
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真相是最大的奢侈品
22楼2011-09-05 22:06:01
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老夏853

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
21楼: Originally posted by bear0329 at 2011-09-05 21:38:28:
确实，要做土壤的总DNA,破壁很重要，针对不同微生物的细胞壁特点进行，溶菌酶对细菌有效，而对真菌就没什么效果了，就要加像纤维素酶、蜗牛酶等破真菌细胞壁的酶。还有就是物理机械破壁和化学破壁相结合。

恩是的  我们是石英砂或者液氮研磨
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23楼2011-09-06 07:20:08
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老夏853

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
22楼: Originally posted by wanhscn at 2011-09-05 22:06:01:
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=334193

谢谢
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24楼2011-09-06 07:24:16
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lukeshuai001

新虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
楼主，我也做微生物多样性，实验室没有师哥师姐带，都是自己摸索，你能把你们提DNA方法发给我么，还有就是用什么试剂，怎么配置，前几天配了试剂提不出来DNA，郁闷，谢谢了，也在考虑买试剂盒，不知道老板会不会同意
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加油，期待实验顺利
25楼2011-10-19 09:28:10
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老夏853

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
25楼: Originally posted by lukeshuai001 at 2011-10-19 09:28:10:
楼主，我也做微生物多样性，实验室没有师哥师姐带，都是自己摸索，你能把你们提DNA方法发给我么，还有就是用什么试剂，怎么配置，前几天配了试剂提不出来DNA，郁闷，谢谢了，也在考虑买试剂盒，不知道老板会不会同意

介个   恕我不能给你呀 这个去年是报的专利 还在保护期内
不过 提取土壤DNA 的方法 基本大同小异 大致两类  CTAB
或者 SDS 的方法，这方面的硕士论文很多 你可以查来看看。

[ Last edited by 老夏853 on 2011-10-19 at 09:57 ]
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26楼2011-10-19 09:52:35
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Axililiy

金虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
西瓜(金币+2): 鼓励交流 2011-10-19 19:00:41
引用回帖:
1楼: Originally posted by 老夏853 at 2011-08-29 20:35:13:
跟很多人一样 做的是土壤微生物多样性
这里，我觉得有一个很大的瓶颈 就是提取基因组之后的PCR扩增问题。因为后面的所有分子水平的分析都建立在PCR 扩增的基础上。可是 我做了很久，这个扩增效果总是不理想。
在 ...

OMEGA的soil DNA Kit挺好用的，我以前提土壤DNA的时候就是用这个牌子的，提出来的很亮，它里面含有一种可以去除腐殖质的试剂，至于后期的PCR，有时候受抑制剂的影响，提的好的DNA不一定能P出来呢，试着稀释试试吧，其它的遵循PCR注意事项就是了！
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27楼2011-10-19 13:00:26
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yiyibajiu18000

新虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
请问一下，加5%的BSA怎么加，是指终浓度吗？还是说加几微升的量？谢谢
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28楼2012-03-01 13:14:32
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Lipingqin

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
1017102楼: Originally posted by 老夏853 at 2011-09-03 22:54:38:
首先 很感谢您的无私交流精神和耐心的打字以及负责任的再次编辑！！小木虫应该就像这样的回帖多一点 而不是日发帖量最多的是什么虫友互识什么云云~~

结合我一直的实验经验，我感觉有以下几点值得注意：
...

已经过去那么久了，不过还是想麻烦楼主能不能把你说的那篇偶然中发现的加BSA 5%的文献传给我一下。。。
我目前在做的也是比较复杂背景的土壤中真菌的多样性实验，后续的分子实验也是遇到了些麻烦。。。
先谢谢了。。。
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滚蛋吧，这操蛋的人生
29楼2012-03-27 11:34:26
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lethebai

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
老夏853: 回帖置顶 2012-10-25 16:03:20
引用回帖:
1001142楼: Originally posted by cexoihtydx at 2011-09-03 13:51:39
1 土壤宏基因组提取，腐质酸对后续PCR影响较大，没有比较好的解决办法。
2 我们组有中国70多个不同地理环境采集的土壤，土壤DNA做PCR时模板投入量常为20 ng每50 ul反应体系。
3 引物的种类不同，差异也很大。我们 ...

请问高手有提过红土的DNA吗？我现在用mobio的powersoil来提，但总是有浓度跑不出条带，求指教O(∩_∩)O~
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30楼2012-10-25 13:55:17
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