求助土壤基因组 PCR 扩增问题 - 分子生物 - 综合其他 - 第3页小木虫论坛-学术科研互动平台

以马内利！

21楼2011-09-05 21:38:28

http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=334193

wanhscn

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真相是最大的奢侈品

22楼2011-09-05 22:06:01

老夏853

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21楼: Originally posted by bear0329 at 2011-09-05 21:38:28:
确实，要做土壤的总DNA,破壁很重要，针对不同微生物的细胞壁特点进行，溶菌酶对细菌有效，而对真菌就没什么效果了，就要加像纤维素酶、蜗牛酶等破真菌细胞壁的酶。还有就是物理机械破壁和化学破壁相结合。

恩是的我们是石英砂或者液氮研磨

23楼2011-09-06 07:20:08

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22楼: Originally posted by wanhscn at 2011-09-05 22:06:01:
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=334193

谢谢

24楼2011-09-06 07:24:16

lukeshuai001

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楼主，我也做微生物多样性，实验室没有师哥师姐带，都是自己摸索，你能把你们提DNA方法发给我么，还有就是用什么试剂，怎么配置，前几天配了试剂提不出来DNA，郁闷，谢谢了，也在考虑买试剂盒，不知道老板会不会同意

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加油，期待实验顺利

25楼2011-10-19 09:28:10

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引用回帖:

25楼: Originally posted by lukeshuai001 at 2011-10-19 09:28:10:
楼主，我也做微生物多样性，实验室没有师哥师姐带，都是自己摸索，你能把你们提DNA方法发给我么，还有就是用什么试剂，怎么配置，前几天配了试剂提不出来DNA，郁闷，谢谢了，也在考虑买试剂盒，不知道老板会不会同意

介个恕我不能给你呀这个去年是报的专利还在保护期内
不过提取土壤DNA 的方法基本大同小异大致两类 CTAB
或者 SDS 的方法，这方面的硕士论文很多你可以查来看看。

[ Last edited by 老夏853 on 2011-10-19 at 09:57 ]

26楼2011-10-19 09:52:35

Axililiy

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引用回帖:

1楼: Originally posted by 老夏853 at 2011-08-29 20:35:13:
跟很多人一样做的是土壤微生物多样性
这里，我觉得有一个很大的瓶颈就是提取基因组之后的PCR扩增问题。因为后面的所有分子水平的分析都建立在PCR 扩增的基础上。可是我做了很久，这个扩增效果总是不理想。
在 ...

OMEGA的soil DNA Kit挺好用的，我以前提土壤DNA的时候就是用这个牌子的，提出来的很亮，它里面含有一种可以去除腐殖质的试剂，至于后期的PCR，有时候受抑制剂的影响，提的好的DNA不一定能P出来呢，试着稀释试试吧，其它的遵循PCR注意事项就是了！

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27楼2011-10-19 13:00:26

yiyibajiu18000

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请问一下，加5%的BSA怎么加，是指终浓度吗？还是说加几微升的量？谢谢

28楼2012-03-01 13:14:32

Lipingqin

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引用回帖:

1017102楼: Originally posted by 老夏853 at 2011-09-03 22:54:38:
首先很感谢您的无私交流精神和耐心的打字以及负责任的再次编辑！！小木虫应该就像这样的回帖多一点而不是日发帖量最多的是什么虫友互识什么云云~~

结合我一直的实验经验，我感觉有以下几点值得注意：
...

已经过去那么久了，不过还是想麻烦楼主能不能把你说的那篇偶然中发现的加BSA 5%的文献传给我一下。。。
我目前在做的也是比较复杂背景的土壤中真菌的多样性实验，后续的分子实验也是遇到了些麻烦。。。
先谢谢了。。。

滚蛋吧，这操蛋的人生

29楼2012-03-27 11:34:26

lethebai

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老夏853: 回帖置顶 2012-10-25 16:03:20

引用回帖:

1001142楼: Originally posted by cexoihtydx at 2011-09-03 13:51:39
1 土壤宏基因组提取，腐质酸对后续PCR影响较大，没有比较好的解决办法。
2 我们组有中国70多个不同地理环境采集的土壤，土壤DNA做PCR时模板投入量常为20 ng每50 ul反应体系。
3 引物的种类不同，差异也很大。我们 ...

请问高手有提过红土的DNA吗？我现在用mobio的powersoil来提，但总是有浓度跑不出条带，求指教O(∩_∩)O~

30楼2012-10-25 13:55:17