| 查看: 1786 | 回复: 5 | ||
wangcui2011金虫 (小有名气)
|
[求助]
关于cpmd2cube的问题
|
|
弱弱地问一下，我使用命令 cpmd2cube.x -dens -center --DENSITY 对文件DENSITY进行格式转换时，出现错误提示： could not find file --DENSITY 同样，用cpmd2cube.x -wave -center --WAVEFUNCTION.4对WAVEFUNCTION.4进行转换时，也出现错误： could not find file --WAVEFUNCTION.4 而以上文件确实存在。不知道究竟哪儿出错了。。。 是我的cpmd2cube程序未正确编译吗？ 希望高手给予指点，先谢谢啦！ |
回复此楼» 猜你喜欢
推荐一本书
已经有10人回复
-
纳米粒子粒径的测量
已经有6人回复
-
国自然申请面上模板最新2026版出了吗？
已经有6人回复
-
溴的反应液脱色
已经有4人回复
-
参与限项
已经有5人回复
-
有没有人能给点建议
已经有5人回复
-
假如你的研究生提出不合理要求
已经有12人回复
-
全日制（定向）博士
已经有5人回复
-
萌生出自己或许不适合搞科研的想法，现在跑or等等看？
已经有4人回复
-
Materials Today Chemistry审稿周期
已经有4人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 同学问了个关于信号抽样的问题，纠结了，请教各路达人，不知道该放哪个分类~~
已经有9人回复
- 请教几个关于透析袋使用的问题
已经有8人回复
- 菜鸟求助液相色谱简单问题！！！求关注！！！求围观
已经有13人回复
- 求助关于炔烃偶联的问题
已经有11人回复
- 关于制成盐酸盐的问题
已经有14人回复
- 关于焊后回火的问题
已经有7人回复
- 求助高效液相色谱全波长扫描的问题
已经有7人回复
- 请教关于活泼氢的问题
已经有4人回复
- Offer格式与签名问题
已经有8人回复
- 关于付克酰基化的问题
已经有10人回复
- 关于表达的问题
已经有4人回复
- 求助：ATRP反应问题
已经有6人回复
- 求助-基因克隆及引物设计的问题
已经有6人回复
- 引物设计的问题
已经有13人回复
- 细胞实验的问题，关于水凝胶的。
已经有17人回复
- 关于高压静电纺丝的问题
已经有8人回复
- dynaform 软件模拟问题，三通管成形的冲头怎么设置
已经有5人回复
- 关于新买电脑的硬盘区分导致的问题求解
已经有6人回复
- 关于四面体快报投稿的一些问题
已经有3人回复
- 【原创】CPMD3.15.1 和3.13.2在Ubuntu下的自动下载，安装，测试脚本 （Gfortran）
已经有12人回复
ChemiAndy
木虫 (正式写手)
- 模拟EPI: 40
- 应助: 52 (初中生)
- 金币: 2573.3
- 散金: 18
- 红花: 104
- 帖子: 590
- 在线: 553.8小时
- 虫号: 836907
- 注册: 2009-08-30
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
wangcui2011(金币+2): 等了好久，终于有了一个明确的解答~太感谢了！再次谢谢指点 2011-09-16 10:15:54
ghcacj(金币+8): 谢谢 2011-09-16 13:09:48
wangcui2011(金币+2): 等了好久，终于有了一个明确的解答~太感谢了！再次谢谢指点 2011-09-16 10:15:54
ghcacj(金币+8): 谢谢 2011-09-16 13:09:48
|
兄弟，去掉 -- cpmd2cube是这样用的： $cpmd2cube.x -dens -center DENSITY .read input file ... done I think you stored a density (sum^2 = 0.73398078E-03) .building g vectors ... done create pdb file DENSITY.pdb... done .handling file DENSITY real-space grid was: 70 70 70; using: 70 70 70 .calculate density ... done Integral|| = 1219.8565648868585 6748.3344962837027 343000 Integral() = 1219.8565648868585 6748.3344962837027 343000 creating cube file DENSITY.cube... done 然后， $ vmd DENSITY.cube 然后 菜单 - Graphics - representation - create rep - Drawing method选isosurface - siovalue选择0.01什么的，就可以看到华丽的盒子和电子云。  |
2楼2011-09-16 07:08:21
wangcui2011
金虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 564.8
- 红花: 1
- 帖子: 104
- 在线: 40.7小时
- 虫号: 1328325
- 注册: 2011-06-22
- 专业: 理论和计算化学
3楼2011-09-16 10:53:05
海韵315
银虫 (小有名气)
- 应助: 4 (幼儿园)
- 金币: 306.2
- 帖子: 101
- 在线: 47.7小时
- 虫号: 707696
- 注册: 2009-02-24
- 性别: MM
- 专业: 半导体微纳机电器件与系统
4楼2014-10-19 16:08:22
ChemiAndy
木虫 (正式写手)
- 模拟EPI: 40
- 应助: 52 (初中生)
- 金币: 2573.3
- 散金: 18
- 红花: 104
- 帖子: 590
- 在线: 553.8小时
- 虫号: 836907
- 注册: 2009-08-30
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
5楼2014-10-20 10:11:37
6楼2016-01-19 20:17:21