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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » ms中导入含几个氨基酸残基的文件，用discover做minimization出错
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量化新手

新虫 (正式写手)

[求助] ms中导入含几个氨基酸残基的文件，用discover做minimization出错

下面是输出文件，貌似是说立场参数找不到，我应该怎么添加立场参数啊，在哪里添加呢？
---------------------------------------------------------------
Checked out license feature: MS_discover_MP [for msi] (1 copy)
---------------------------------------------------------------
randomSeed is set to 653317
Line   7:BTCL> autoEcho off
---------------------------------------------------------------
Checked out license feature: MS_compass_MP [for msi] (1 copy)
---------------------------------------------------------------
INPUT FILES
___________
File Type  Name
---------  ----
Forcefield  /home/xmpu208/Accelrys/MaterialsStudio50/etc/Gateway/../../share/Discover/res/compass.frc
Molecular data  559_412_516.mdf
Coordinate  559_412_516.car
Error: Energy expression: cannot find parameters for bond: C(c)-O(o1-)
Error: Energy expression: cannot find parameters for bond: C(c)-O(o1-)
Error: Energy expression: cannot find parameters for bond: CD(c)-OE1(o1-)
Error: Energy expression: cannot find parameters for bond: CD(c)-OE2(o1-)
Error: Energy expression: cannot find parameters for bond: C(c)-O(o1-)
    invoked from within
"minimize \
    method = newton \
    iteration_limit = 5000 \
         sd \
            convergence = 1000.0000000 \
            line_search_precision ..."
Total time used by DISCOVER: 0.09 secs
Completion date: Thu Aug 18 15:41:57 2011
Exiting Discover: An ERROR has occurred!
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1楼2011-08-18 15:38:55
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wzbhit

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
uuv2010(金币+1): 多谢提示 2011-08-18 23:45:27
引用回帖:
3楼: Originally posted by 量化新手 at 2011-08-18 20:47:26:
那我这个问题就没办法解决了哇？好像就是找不到某两个原子之间的力场参数呢，那我要是换力场可以吧，做minimization时没看到哪里可以选择力场啊，还请多指教！！

我认为还是换力场，不要在Compass这个力场上花太多时间。
赞一下(1人) 回复此楼
从明天开始坚持吃早饭呀！
4楼2011-08-18 23:31:05
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wzbhit

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
uuv2010(金币+1): 多谢提示 2011-08-18 23:45:17
量化新手(金币+4): 2011-08-22 09:49:59
引用回帖:
1楼: Originally posted by 量化新手 at 2011-08-18 15:38:55:
下面是输出文件，貌似是说立场参数找不到，我应该怎么添加立场参数啊，在哪里添加呢？
---------------------------------------------------------------
Checked out license feature: MS_discover_MP <v2 ...

Compass力场是加密的，添加不了的
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从明天开始坚持吃早饭呀！
2楼2011-08-18 18:26:36
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量化新手

新虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wzbhit at 2011-08-18 18:26:36:
Compass力场是加密的，添加不了的

那我这个问题就没办法解决了哇？好像就是找不到某两个原子之间的力场参数呢，那我要是换力场可以吧，做minimization时没看到哪里可以选择力场啊，还请多指教！！
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新手上路，请多关照
3楼2011-08-18 20:47:26
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量化新手

新虫 (正式写手)
youzhizhe: 祝你好运。 2011-08-19 16:40:10
引用回帖:
4楼: Originally posted by wzbhit at 2011-08-18 23:31:05:
我认为还是换力场，不要在Compass这个力场上花太多时间。

第一，我自己画的一个甲烷分子可以用discover模块进行minimization，而且默认的也应该是COMPASS力场，可以算，结果正确。第二，我也换力场，但是在进行minimization计算时候没有涉及到选择力场的问题，也不知道在哪里换啊，而且我想试一下setup计算（因为里面可以换力场），却保存不了，具体情况在我的下一个求助帖子：http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3498694，唉，这些问题真是难倒我了，身边就我一个人在用这个软件，目前是前无古人，不知道后有无来着呢！！希望多指教了
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新手上路，请多关照
5楼2011-08-19 08:45:27
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