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ms中导入含几个氨基酸残基的文件，用discover做minimization出错
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下面是输出文件，貌似是说立场参数找不到，我应该怎么添加立场参数啊，在哪里添加呢？ --------------------------------------------------------------- Checked out license feature: MS_discover_MP --------------------------------------------------------------- randomSeed is set to 653317 Line 7:BTCL> autoEcho off --------------------------------------------------------------- Checked out license feature: MS_compass_MP --------------------------------------------------------------- INPUT FILES ___________ File Type Name --------- ---- Forcefield /home/xmpu208/Accelrys/MaterialsStudio50/etc/Gateway/../../share/Discover/res/compass.frc Molecular data 559_412_516.mdf Coordinate 559_412_516.car Error: Energy expression: cannot find parameters for bond: C(c)-O(o1-) Error: Energy expression: cannot find parameters for bond: C(c)-O(o1-) Error: Energy expression: cannot find parameters for bond: CD(c)-OE1(o1-) Error: Energy expression: cannot find parameters for bond: CD(c)-OE2(o1-) Error: Energy expression: cannot find parameters for bond: C(c)-O(o1-) invoked from within "minimize \ method = newton \ iteration_limit = 5000 \ sd \ convergence = 1000.0000000 \ line_search_precision ..." Total time used by DISCOVER: 0.09 secs Completion date: Thu Aug 18 15:41:57 2011 Exiting Discover: An ERROR has occurred! |
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wzbhit
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2楼2011-08-18 18:26:36
3楼2011-08-18 20:47:26
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4楼2011-08-18 23:31:05
youzhizhe: 祝你好运。 2011-08-19 16:40:10
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第一，我自己画的一个甲烷分子可以用discover模块进行minimization，而且默认的也应该是COMPASS力场，可以算，结果正确。第二，我也换力场，但是在进行minimization计算时候没有涉及到选择力场的问题，也不知道在哪里换啊，而且我想试一下setup计算（因为里面可以换力场），却保存不了，具体情况在我的下一个求助帖子：http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3498694，唉，这些问题真是难倒我了，身边就我一个人在用这个软件，目前是前无古人，不知道后有无来着呢！！希望多指教了 |
5楼2011-08-19 08:45:27